173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3986 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_4355  porin  100 
 
 		 288 aa  560  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.64859 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3986  porin  100 
 
 		 288 aa  560  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0565804  normal  0.846216 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3108  porin  95.17 
 
 		 290 aa  482  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0475237 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2882  porin  95.17 
 
 		 290 aa  482  1e-135  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3005  porin  94.14 
 
 		 290 aa  478  1e-134  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1340  porin  95.79 
 
 		 289 aa  479  1e-134  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1182  porin  95.79 
 
 		 289 aa  479  1e-134  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.798606  normal  0.0724335 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4466  porin  95.14 
 
 		 288 aa  463  1e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.927137 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3292  porin  73.4 
 
 		 296 aa  365  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11718 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5256  porin  73.45 
 
 		 287 aa  361  7.0000000000000005e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4907  porin  71.62 
 
 		 296 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.279354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4443  porin  71.62 
 
 		 296 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.877928  normal  0.484649 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3321  porin  74.31 
 
 		 285 aa  354  1e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.2003  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4335  porin  74.24 
 
 		 294 aa  354  1e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.274353 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2044  porin  74.36 
 
 		 294 aa  347  1e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7845  porin  69.9 
 
 		 287 aa  334  1e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190915  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1624  porin  70.49 
 
 		 285 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4957  porin  60.65 
 
 		 302 aa  296  2e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.100669 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4191  porin  63.45 
 
 		 277 aa  282  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0474  porin  61.56 
 
 		 302 aa  280  2e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.682837  hitchhiker  0.00624927 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5409  porin  61.99 
 
 		 279 aa  277  2e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1001  porin  61.15 
 
 		 288 aa  271  9e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.221202  normal  0.319403 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4247  porin  64.71 
 
 		 278 aa  271  1e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.740101  normal  0.319403 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1415  porin  61.17 
 
 		 276 aa  263  3e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000118187 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1292  porin  61.72 
 
 		 276 aa  255  5e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1286  porin  61.15 
 
 		 288 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6124  porin  56.94 
 
 		 288 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3379  porin  57 
 
 		 299 aa  236  2e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.332912 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0513  porin  51.21 
 
 		 279 aa  228  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.263575  hitchhiker  0.00240622 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3299  porin  52.49 
 
 		 287 aa  216  5e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.466189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  47.32 
 
 		 274 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0125  porin  44.52 
 
 		 283 aa  194  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5028  porin  42.71 
 
 		 274 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.654238  normal  0.049005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  42.71 
 
 		 274 aa  172  5e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2428  porin  44.06 
 
 		 284 aa  170  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.799812  normal  0.536449 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2745  porin  40.66 
 
 		 285 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2972  porin  40.66 
 
 		 285 aa  163  3e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2867  porin  40.7 
 
 		 285 aa  152  5e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3848  porin  43.49 
 
 		 287 aa  143  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.698807 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6698  porin  45.17 
 
 		 246 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2142  porin  44.6 
 
 		 284 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.358073  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  36.45 
 
 		 258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7000  hypothetical protein  36.73 
 
 		 583 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.000000122606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3546  porin  41.67 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.949989 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  39.11 
 
 		 207 aa  109  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  36.86 
 
 		 248 aa  109  6e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  34.46 
 
 		 232 aa  108  8.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  35.4 
 
 		 244 aa  106  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  35.29 
 
 		 571 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  43.37 
 
 		 236 aa  103  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  35.93 
 
 		 452 aa  102  9e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4777  porin  38.49 
 
 		 243 aa  100  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  35.66 
 
 		 250 aa  100  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  33.22 
 
 		 240 aa  99  7e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  32.78 
 
 		 240 aa  99  8e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  33.99 
 
 		 261 aa  98.2  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0836  porin  40.8 
 
 		 254 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0404918  normal  0.853535 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  36.05 
 
 		 453 aa  95.9  6e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  35.49 
 
 		 447 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.09 
 
 		 206 aa  87.8  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  34.56 
 
 		 254 aa  86.7  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  37.39 
 
 		 710 aa  86.7  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  29.39 
 
 		 255 aa  86.7  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  36.99 
 
 		 250 aa  84  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  30.88 
 
 		 206 aa  82.8  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  36.04 
 
 		 255 aa  80.9  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.97 
 
 		 206 aa  80.9  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  33.03 
 
 		 228 aa  81.3  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  33.02 
 
 		 283 aa  81.3  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  31.37 
 
 		 230 aa  80.1  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.35 
 
 		 207 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  31.37 
 
 		 230 aa  80.1  0.00000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6126  putative outer membrane protein  31.09 
 
 		 577 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  31.27 
 
 		 225 aa  79.3  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  34.68 
 
 		 236 aa  78.6  0.0000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  35.94 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  31.42 
 
 		 454 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  30.85 
 
 		 237 aa  77.4  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  35.26 
 
 		 240 aa  76.6  0.0000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  34.72 
 
 		 245 aa  76.6  0.0000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  33.49 
 
 		 229 aa  76.6  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  33.72 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  31.08 
 
 		 237 aa  75.9  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  31.32 
 
 		 241 aa  75.5  0.0000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  31.82 
 
 		 449 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  30.74 
 
 		 236 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  28.9 
 
 		 570 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  34.29 
 
 		 212 aa  75.1  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.08 
 
 		 207 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  33.49 
 
 		 237 aa  74.7  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  28.89 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  36.02 
 
 		 449 aa  73.9  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  30.74 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3232  OmpA domain-containing protein  31.15 
 
 		 230 aa  73.6  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000209958  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  32.08 
 
 		 997 aa  73.2  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  31.19 
 
 		 251 aa  72  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  31.6 
 
 		 692 aa  70.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3164  porin  36.65 
 
 		 255 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.393923  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  31.27 
 
 		 254 aa  70.5  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  33.18 
 
 		 693 aa  70.1  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>