68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3516 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3516  hypothetical protein  100 
 
 		 346 aa  702    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4207  triple helix repeat-containing collagen  88.74 
 
 		 346 aa  404  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.532408 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4724  collagen triple helix repeat  78.57 
 
 		 342 aa  370  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.958299  normal  0.038222 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6773  hypothetical protein  68.22 
 
 		 308 aa  280  3e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6774  peptidase metallopeptidase  68.42 
 
 		 641 aa  275  7e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.486131  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1179  hypothetical protein  59.4 
 
 		 343 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.983645  normal  0.0540579 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2933  hypothetical protein  44.44 
 
 		 469 aa  181  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0258334 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2113  hypothetical protein  39.86 
 
 		 493 aa  158  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal  0.126619 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5397  hypothetical protein  55.26 
 
 		 465 aa  157  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4889  hypothetical protein  54.61 
 
 		 447 aa  157  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4881  Collagen triple helix repeat protein  43.01 
 
 		 743 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5071  triple helix repeat-containing collagen  42.25 
 
 		 465 aa  146  6e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0278582  normal  0.141411 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5751  hypothetical protein  48.88 
 
 		 363 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.357131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1987  hypothetical protein  40.82 
 
 		 499 aa  145  1e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2062  hypothetical protein  40.58 
 
 		 418 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1166  triple helix repeat-containing collagen  44.15 
 
 		 1050 aa  144  3e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  unclonable  0.000520628  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3487  triple helix repeat-containing collagen  47.46 
 
 		 848 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.18885 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1763  hypothetical protein  44.69 
 
 		 516 aa  136  5e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.85755  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2282  hypothetical protein  47.65 
 
 		 452 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2619  hypothetical protein  40.38 
 
 		 460 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0605452  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2422  hypothetical protein  38.42 
 
 		 283 aa  126  5e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.756462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0641  hypothetical protein  34.18 
 
 		 594 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00375147  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0421  hypothetical protein  36.11 
 
 		 738 aa  113  5e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0663  hypothetical protein  40.68 
 
 		 1503 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.994599  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3681  hemolysin-type calcium-binding protein  36.31 
 
 		 1462 aa  101  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0010  hypothetical protein  41.67 
 
 		 425 aa  99.8  7e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2490  hemolysin-type calcium-binding protein  33.72 
 
 		 833 aa  99.8  7e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0747804  normal  0.0246403 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0780  hypothetical protein  32.57 
 
 		 340 aa  99  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3940  hypothetical protein  39.86 
 
 		 273 aa  98.2  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2465  hemolysin-type calcium-binding region  37.22 
 
 		 561 aa  97.1  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.798132  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1434  type I secretion target repeat-containing protein  39.86 
 
 		 220 aa  96.7  5e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.27327  normal  0.163462 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4817  hypothetical protein  36.57 
 
 		 212 aa  95.9  9e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.542662 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2930  hypothetical protein  41.26 
 
 		 207 aa  95.5  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505078  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1574  hypothetical protein  41.26 
 
 		 207 aa  95.5  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.010056  normal  0.553816 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1066  hemolysin-type calcium-binding protein  35.37 
 
 		 950 aa  93.6  4e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0187032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3785  hemolysin-type calcium-binding region  40 
 
 		 792 aa  92.4  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0346171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1836  hypothetical protein  41.38 
 
 		 369 aa  92  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0294  hemolysin-type calcium-binding region  40.69 
 
 		 589 aa  91.3  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0722  hypothetical protein  39.16 
 
 		 266 aa  91.3  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3000  hypothetical protein  36.31 
 
 		 526 aa  91.7  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.37885 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0772  hypothetical protein  39.16 
 
 		 266 aa  91.3  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.585439  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0264  hypothetical protein  39.01 
 
 		 352 aa  91.3  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3178  hypothetical protein  38.19 
 
 		 292 aa  90.9  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.187373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0911  hypothetical protein  40.56 
 
 		 232 aa  89.4  8e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0645348 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0306  hypothetical protein  31.64 
 
 		 644 aa  88.6  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.919182  decreased coverage  0.00578351 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0953  hypothetical protein  33.92 
 
 		 364 aa  85.1  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.682232 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1272  hypothetical protein  40.56 
 
 		 351 aa  83.6  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.637281 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3159  hypothetical protein  35.86 
 
 		 322 aa  83.2  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0133  putative type I secretion target repeat protein  39.31 
 
 		 319 aa  82.4  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2108  hypothetical protein  38.19 
 
 		 353 aa  80.1  0.00000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3087  hypothetical protein  35.76 
 
 		 477 aa  78.6  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0232  hypothetical protein  37.76 
 
 		 356 aa  78.2  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1453  hypothetical protein  33.79 
 
 		 387 aa  78.6  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.445258 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3041  hemolysin-type calcium-binding region  31.18 
 
 		 1043 aa  77.4  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2690  hemolysin-type calcium-binding region  34.1 
 
 		 767 aa  77.4  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.969151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0353  hypothetical protein  35.85 
 
 		 530 aa  75.9  0.0000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1283  hypothetical protein  62.3 
 
 		 190 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00921825  normal  0.841233 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1206  hypothetical protein  27.65 
 
 		 332 aa  74.7  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0234  hypothetical protein  37.76 
 
 		 354 aa  75.1  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1505  hypothetical protein  33.33 
 
 		 398 aa  75.1  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0183734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1804  hypothetical protein  35.95 
 
 		 338 aa  71.2  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.269337  normal  0.0111784 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0807  hypothetical protein  34.39 
 
 		 342 aa  63.2  0.000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.219261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1488  hemolysin-type calcium-binding region  33.73 
 
 		 854 aa  60.8  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1159  hypothetical protein  36.7 
 
 		 172 aa  55.5  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0616  hypothetical protein  27.59 
 
 		 255 aa  50.8  0.00004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0352  hypothetical protein  34.27 
 
 		 348 aa  49.3  0.00009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2968  hypothetical protein  43.02 
 
 		 197 aa  48.9  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1097  hypothetical protein  33.59 
 
 		 208 aa  43.5  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.68714  decreased coverage  0.00547678 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>