44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3006 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_3006  hypothetical protein  100 
 
 
328 aa  641    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166518  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3231  protein of unknown function DUF1624  96.65 
 
 
328 aa  553  1e-156  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.356551 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3195  protein of unknown function DUF1624  87.3 
 
 
328 aa  477  1e-133  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.856715 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2737  hypothetical protein  65.18 
 
 
339 aa  328  7e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.891818 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1883  protein of unknown function DUF1624  58.23 
 
 
334 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2013  hypothetical protein  41.88 
 
 
326 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.777902  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2615  hypothetical protein  40 
 
 
322 aa  196  4.0000000000000005e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130361  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1035  hypothetical protein  40.92 
 
 
365 aa  186  5e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.138536  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1178  hypothetical protein  41.43 
 
 
328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0102548  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1137  hypothetical protein  41.44 
 
 
298 aa  165  8e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0118905  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1864  protein of unknown function DUF1624  36.89 
 
 
329 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.161953  normal  0.0500445 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1261  hypothetical protein  41.28 
 
 
335 aa  155  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2067  protein of unknown function DUF1624  35.47 
 
 
329 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1871  hypothetical protein  42.74 
 
 
263 aa  147  3e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0219449 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4134  hypothetical protein  38.63 
 
 
244 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1837  hypothetical protein  34.98 
 
 
258 aa  117  3e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2413  hypothetical protein  35.25 
 
 
258 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.248574  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2952  hypothetical protein  33.86 
 
 
264 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1829  hypothetical protein  33.74 
 
 
244 aa  107  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.390473 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1672  hypothetical protein  35 
 
 
256 aa  105  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00327  hypothetical protein  34.05 
 
 
232 aa  103  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2032  protein of unknown function DUF1624  33.75 
 
 
256 aa  102  7e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1683  hypothetical protein  33.19 
 
 
246 aa  102  1e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1538  hypothetical protein  34.73 
 
 
249 aa  99  1e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.00890695  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0347  hypothetical protein  33.73 
 
 
245 aa  97.4  3e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000605459  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1762  hypothetical protein  34.68 
 
 
243 aa  96.7  6e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.175449 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0380  hypothetical protein  68.6 
 
 
336 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.421494 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1147  hypothetical protein  29.58 
 
 
254 aa  91.7  2e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0143  hypothetical protein  26.95 
 
 
253 aa  84  0.000000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1385  hypothetical protein  24.37 
 
 
245 aa  82  0.00000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0665  hypothetical protein  24.9 
 
 
245 aa  81.6  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.646627  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2995  hypothetical protein  32.67 
 
 
241 aa  80.5  0.00000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.961096  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1820  protein of unknown function DUF1624  33.6 
 
 
261 aa  79.7  0.00000000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0080  protein of unknown function DUF1624  30.83 
 
 
237 aa  76.3  0.0000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000683778  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0429  hypothetical protein  30.43 
 
 
229 aa  76.3  0.0000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000311918  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2070  protein of unknown function DUF1624  28.92 
 
 
235 aa  73.9  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.250094  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0097  hypothetical protein  25.91 
 
 
254 aa  72.4  0.000000000009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1793  hypothetical protein  25.75 
 
 
234 aa  70.9  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1588  hypothetical protein  28.15 
 
 
270 aa  70.1  0.00000000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000117869  hitchhiker  0.00161321 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1291  hypothetical protein  24.41 
 
 
245 aa  69.7  0.00000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.687522 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0043  hypothetical protein  32.73 
 
 
263 aa  65.1  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1587  hypothetical protein  27 
 
 
277 aa  53.1  0.000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000110361  hitchhiker  0.00369303 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1589  hypothetical protein  26.27 
 
 
264 aa  52  0.00001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000654588  hitchhiker  0.00067208 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0098  hypothetical protein  29.03 
 
 
244 aa  50.8  0.00003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>