More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2924 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_4534  putative TonB-dependent receptor protein  48.59 
 
 
797 aa  682    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.38874  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0571  TonB-dependent receptor  66.58 
 
 
778 aa  995    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2902  TonB-dependent receptor  48.36 
 
 
791 aa  709    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.119413 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3149  TonB-dependent receptor  98.07 
 
 
776 aa  1518    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0958639  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5661  TonB-dependent receptor  72.74 
 
 
769 aa  1088    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.303106  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1025  TonB-dependent receptor  49.81 
 
 
791 aa  705    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2924  TonB-dependent receptor  100 
 
 
776 aa  1547    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753718  normal  0.115907 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3048  TonB-dependent receptor  88.28 
 
 
774 aa  1340    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.20503  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  27.51 
 
 
688 aa  154  8.999999999999999e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 
709 aa  152  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 
717 aa  150  8e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  25.91 
 
 
715 aa  147  6e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 
713 aa  141  4.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  25.78 
 
 
702 aa  138  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 
700 aa  134  5e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  25.29 
 
 
700 aa  133  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  25.29 
 
 
700 aa  133  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 
700 aa  132  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 
700 aa  132  3e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 
700 aa  132  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  25.4 
 
 
700 aa  132  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  25.4 
 
 
700 aa  132  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 
700 aa  130  9.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2555  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 
702 aa  129  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  24.55 
 
 
721 aa  129  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  24.44 
 
 
706 aa  126  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  25.98 
 
 
715 aa  125  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  25.19 
 
 
716 aa  124  5e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  24.3 
 
 
706 aa  124  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  24.16 
 
 
706 aa  123  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  24.16 
 
 
706 aa  123  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 
734 aa  123  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  22.9 
 
 
728 aa  120  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4581  TonB-dependent receptor  25.09 
 
 
718 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 
705 aa  119  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1856  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 
688 aa  119  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.0244044 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1728  TonB-dependent receptor  26.2 
 
 
690 aa  114  9e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322796  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4137  outer membrane siderophore receptor, putative  26.35 
 
 
690 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  23.82 
 
 
712 aa  111  5e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 
706 aa  111  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 
675 aa  111  5e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2318  TonB-dependent receptor  25.85 
 
 
708 aa  110  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 
705 aa  109  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  36.77 
 
 
726 aa  107  9e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 
681 aa  103  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  23.31 
 
 
681 aa  103  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  34.63 
 
 
727 aa  103  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  23.47 
 
 
712 aa  102  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  23.3 
 
 
701 aa  102  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  23.37 
 
 
706 aa  100  9e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1994  TonB-dependent receptor  23.28 
 
 
698 aa  96.7  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  35.67 
 
 
678 aa  96.3  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  34.02 
 
 
737 aa  91.7  5e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1826  TonB-dependent receptor  32.57 
 
 
723 aa  91.3  6e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0185611 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  31.79 
 
 
736 aa  90.9  8e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  33 
 
 
742 aa  90.5  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  22.35 
 
 
694 aa  89  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 
692 aa  87  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  29.38 
 
 
681 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  24.57 
 
 
680 aa  85.5  0.000000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  32.26 
 
 
723 aa  84.3  0.000000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  31.37 
 
 
726 aa  83.6  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43940  TonB-dependent receptor family  23.53 
 
 
715 aa  81.3  0.00000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.204907  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1763  TonB-dependent receptor plug  23.4 
 
 
703 aa  80.9  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0187171  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  27.74 
 
 
700 aa  80.9  0.00000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  32.21 
 
 
700 aa  79.3  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2688  TonB-dependent receptor  22.79 
 
 
720 aa  78.6  0.0000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1076  iron transporter  30.88 
 
 
743 aa  77  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.337763 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 
730 aa  76.6  0.000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  32.05 
 
 
697 aa  76.3  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2714  TonB-dependent receptor  31.89 
 
 
856 aa  75.9  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.360758  normal  0.210323 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  24.16 
 
 
662 aa  75.5  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  21.24 
 
 
678 aa  74.7  0.000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  35.19 
 
 
701 aa  72.8  0.00000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  29.91 
 
 
720 aa  72  0.00000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  29.21 
 
 
733 aa  72  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  28.19 
 
 
698 aa  71.2  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2651  TonB-dependent receptor  21.53 
 
 
800 aa  70.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  34.1 
 
 
691 aa  70.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  31.76 
 
 
740 aa  70.1  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1468  TonB-dependent receptor  21.19 
 
 
682 aa  70.1  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 
742 aa  69.7  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3149  TonB-dependent receptor  27.38 
 
 
785 aa  68.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  29.66 
 
 
731 aa  68.6  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1141  TonB-dependent siderophore receptor  30.74 
 
 
736 aa  68.6  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3807  TonB-dependent receptor plug  24.74 
 
 
655 aa  68.6  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0732  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 
688 aa  66.2  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.244967  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  26.18 
 
 
710 aa  66.2  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5971  TonB-dependent receptor  23.71 
 
 
801 aa  65.5  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.900301  normal  0.0108971 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3353  TonB-dependent receptor plug  29.82 
 
 
736 aa  65.5  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130298  normal  0.417052 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4800  TonB-dependent receptor  29.37 
 
 
848 aa  65.1  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  26.02 
 
 
615 aa  65.1  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4265  TonB-dependent receptor  30.28 
 
 
868 aa  65.1  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.585484 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  26.07 
 
 
706 aa  65.1  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12568  probable TonB-dependent receptor YncD precursor  22.16 
 
 
762 aa  64.3  0.000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4602  TonB-dependent siderophore receptor  29.79 
 
 
784 aa  64.3  0.000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6086  TonB-dependent siderophore receptor  24.37 
 
 
829 aa  63.9  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.252964  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0718  hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  22.1 
 
 
724 aa  63.5  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3527  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 
694 aa  63.9  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1362  TonB-dependent siderophore receptor  29.68 
 
 
732 aa  63.2  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.619941  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>