More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2875 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 309 aa  620  1e-177  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  98.06 
 
 		 309 aa  609  1e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2998  periplasmic solute binding protein  85.57 
 
 		 311 aa  480  1e-134  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0528665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  68.46 
 
 		 301 aa  375  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5591  periplasmic solute binding protein  65.1 
 
 		 339 aa  362  4e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.462365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  62.95 
 
 		 301 aa  352  5e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  61.51 
 
 		 321 aa  342  4e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  54.43 
 
 		 305 aa  334  1e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  53.38 
 
 		 304 aa  333  3e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  56.19 
 
 		 302 aa  330  2e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  56.03 
 
 		 294 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  52.63 
 
 		 316 aa  316  3e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  51.82 
 
 		 313 aa  314  9.999999999999999e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  54.84 
 
 		 301 aa  305  4.0000000000000004e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  55 
 
 		 307 aa  305  5.0000000000000004e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1341  ABC transporter substrate-binding protein  52.38 
 
 		 291 aa  300  1e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.328207 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  48.15 
 
 		 303 aa  299  5e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0845  periplasmic solute binding protein  52.16 
 
 		 289 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0688938 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  49.66 
 
 		 291 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1142  periplasmic solute binding protein  51.84 
 
 		 307 aa  285  9e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.987303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.91 
 
 		 315 aa  279  6e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3500  periplasmic solute binding protein  55.56 
 
 		 312 aa  276  4e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.639001  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3392  periplasmic solute binding protein  51.54 
 
 		 320 aa  276  4e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00563427  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1597  periplasmic solute binding protein  49.83 
 
 		 309 aa  273  4.0000000000000004e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0220  periplasmic solute binding protein  46.1 
 
 		 333 aa  266  2.9999999999999995e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.732372  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2472  periplasmic solute binding protein  44.74 
 
 		 311 aa  266  4e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2051  periplasmic solute binding protein  43.75 
 
 		 303 aa  265  7e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0478383  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  45.99 
 
 		 292 aa  263  2e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  45.99 
 
 		 298 aa  262  4.999999999999999e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  45.26 
 
 		 292 aa  262  6e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  45.18 
 
 		 292 aa  261  8.999999999999999e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  46.91 
 
 		 307 aa  258  6e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  47.48 
 
 		 298 aa  258  6e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  43.05 
 
 		 301 aa  257  2e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  47.12 
 
 		 298 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2227  periplasmic solute binding protein  43.59 
 
 		 327 aa  247  2e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.82387 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  41.61 
 
 		 292 aa  246  3e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  41.69 
 
 		 292 aa  244  9.999999999999999e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1123  periplasmic solute binding protein  44.61 
 
 		 292 aa  242  6e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000244311  unclonable  0.0000000116493 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0678  periplasmic solute binding protein  45.21 
 
 		 299 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0630556 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0623  periplasmic solute binding protein  44.52 
 
 		 299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.917925 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1312  periplasmic solute binding protein  43.01 
 
 		 306 aa  224  2e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  33.44 
 
 		 311 aa  205  9e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1207  periplasmic solute binding protein  38.16 
 
 		 324 aa  201  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.773922  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3452  periplasmic solute binding protein  36.4 
 
 		 310 aa  198  7.999999999999999e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593558  normal  0.669669 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3280  periplasmic solute binding protein  36.98 
 
 		 326 aa  198  7.999999999999999e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.956978  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3698  periplasmic solute binding protein  36.61 
 
 		 300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3262  periplasmic solute binding protein  32.76 
 
 		 341 aa  196  3e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000710757  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2914  periplasmic solute binding protein  37.37 
 
 		 301 aa  197  3e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  33.89 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2964  adhesion lipoprotein  32.69 
 
 		 311 aa  196  6e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00274739  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3189  adhesion lipoprotein  32.69 
 
 		 311 aa  196  6e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0328  chelated iron ABC transporter, periplasmic-binding protein  34.91 
 
 		 286 aa  195  7e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000651268  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3066  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  35.33 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal  0.0719754 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3050  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  35.33 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0195762 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1010  ABC transporter substrate-binding protein  36.55 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.172647  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2067  manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein  32.05 
 
 		 311 aa  194  2e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2895  twin-arginine translocation pathway signal  36.33 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3171  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  35.33 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.866924 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3014  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  35.33 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0700149 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2983  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  35.33 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2211  periplasmic solute binding protein  34.55 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00443052  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2563  periplasmic solute binding protein  36.07 
 
 		 297 aa  192  5e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.97543 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1316  Mn transporter MntC  34.63 
 
 		 345 aa  192  6e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.832277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0904  ABC Mn+2/Fe+2 transporter, periplasmic substrate-binding protein SitA  36.07 
 
 		 297 aa  192  7e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.785043  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0036  adhesion lipoprotein  32.48 
 
 		 311 aa  192  8e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0129637  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  37.02 
 
 		 353 aa  191  1e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2600  periplasmic solute binding protein  36.76 
 
 		 316 aa  191  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0249  periplasmic solute binding protein  35.64 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.746971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0037  ABC transporter substrate-binding protein  35.13 
 
 		 321 aa  190  2e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  35.87 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0534  periplasmic solute binding protein  35.86 
 
 		 293 aa  191  2e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0953  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  34.98 
 
 		 313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1659  metal ABC transporter substrate-binding lipoprotein  34.16 
 
 		 296 aa  189  4e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160044 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31330  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  34.98 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06571  ABC transporter substrate-binding protein  34.41 
 
 		 321 aa  188  8e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.140221  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0370  periplasmic solute binding protein  37.38 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2176  periplasmic solute binding protein  38.06 
 
 		 320 aa  186  5e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1488  ABC transporter substrate-binding protein  37.28 
 
 		 337 aa  185  9e-46  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.520647  normal  0.191838 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3170  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  32.88 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.857236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1111  periplasmic solute binding protein  32.63 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  36.84 
 
 		 346 aa  184  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1259  periplasmic solute binding protein  35.4 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3728  periplasmic solute binding protein  37.1 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10491  ABC transporter substrate-binding protein  33.33 
 
 		 320 aa  183  3e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.232212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0084  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  31.13 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.224306  hitchhiker  0.0000000789185 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1612  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  33.45 
 
 		 294 aa  182  6e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0432091  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3624  periplasmic solute binding protein  37.9 
 
 		 303 aa  182  8.000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  36.62 
 
 		 309 aa  181  9.000000000000001e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1232  periplasmic solute binding protein  37.28 
 
 		 347 aa  181  1e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1311  iron chelate ABC transporter, periplasmic iron chelate-binding protein  34.71 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1705  chelated iron ABC transporter, periplasmic iron binding protein YfeA  33.46 
 
 		 311 aa  180  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2630  periplasmic-binding protein  33.46 
 
 		 322 aa  181  2e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00574815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0030  periplasmic solute binding protein  36.46 
 
 		 313 aa  179  4e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1663  putative ABC transporter substrate-binding protein  34.87 
 
 		 311 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.315809  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3168  periplasmic solute binding protein  34.56 
 
 		 313 aa  179  4.999999999999999e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.601869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0282  periplasmic solute binding protein  32.59 
 
 		 346 aa  179  5.999999999999999e-44  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000440667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3218  periplasmic solute binding protein  31.05 
 
 		 371 aa  179  5.999999999999999e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0863891  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2133  periplasmic solute binding protein  34.63 
 
 		 314 aa  179  7e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.501771 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2483  periplasmic solute binding protein  31.96 
 
 		 317 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>