More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2695 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  99.71 
 
 		 341 aa  678    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 341 aa  680    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  95.01 
 
 		 341 aa  607  1e-173  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  78.25 
 
 		 342 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  72.33 
 
 		 354 aa  472  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  77.81 
 
 		 335 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  60.79 
 
 		 368 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  62.24 
 
 		 412 aa  377  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  62.35 
 
 		 358 aa  373  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  61.7 
 
 		 366 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  60.23 
 
 		 366 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  60.49 
 
 		 351 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  60.06 
 
 		 387 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  63.14 
 
 		 299 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  60.54 
 
 		 300 aa  354  2e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  59.25 
 
 		 363 aa  337  1.9999999999999998e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  52.48 
 
 		 324 aa  315  9e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  52.48 
 
 		 324 aa  315  9e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  53.57 
 
 		 309 aa  311  1e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  51.86 
 
 		 324 aa  309  4e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  53.57 
 
 		 310 aa  307  2.0000000000000002e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  52.75 
 
 		 310 aa  306  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  52.43 
 
 		 310 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  52.08 
 
 		 318 aa  296  2e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  51.94 
 
 		 312 aa  293  3e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  51.63 
 
 		 310 aa  284  1.0000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  54.46 
 
 		 307 aa  284  2.0000000000000002e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  49.83 
 
 		 304 aa  277  1e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  50.34 
 
 		 301 aa  267  2e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  48.51 
 
 		 302 aa  266  5e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  44.13 
 
 		 320 aa  265  7e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  48.03 
 
 		 301 aa  265  8e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  48.68 
 
 		 301 aa  261  8.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  48.68 
 
 		 301 aa  255  7e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  47.45 
 
 		 306 aa  253  3e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  45.79 
 
 		 298 aa  247  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  46.93 
 
 		 311 aa  241  1e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  45.9 
 
 		 308 aa  241  2e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  44.37 
 
 		 324 aa  221  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  39.46 
 
 		 296 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  43.1 
 
 		 304 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  42.95 
 
 		 308 aa  216  5.9999999999999996e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  41.33 
 
 		 306 aa  215  8e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  41.41 
 
 		 305 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  42.76 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  43.65 
 
 		 307 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  41.08 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  40.74 
 
 		 305 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  40.72 
 
 		 307 aa  207  3e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  40.4 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  46.27 
 
 		 318 aa  202  7e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  39.73 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  41.75 
 
 		 305 aa  199  5e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3724  tRNA pseudouridine synthase B  38.87 
 
 		 319 aa  199  7.999999999999999e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  42.57 
 
 		 293 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  42.8 
 
 		 304 aa  198  1.0000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  42.57 
 
 		 293 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  38.64 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  41.12 
 
 		 308 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2484  tRNA pseudouridine synthase B  42.05 
 
 		 304 aa  196  5.000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468436  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  40.6 
 
 		 344 aa  196  6e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  40.61 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  39.6 
 
 		 315 aa  192  7e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  44.05 
 
 		 293 aa  192  8e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  38.31 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  36.11 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  39.94 
 
 		 311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  39.94 
 
 		 321 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  39.94 
 
 		 321 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1009  tRNA pseudouridine synthase B  40.6 
 
 		 317 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0101  tRNA pseudouridine synthase B  44.34 
 
 		 235 aa  188  1e-46  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.374766  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  40.45 
 
 		 328 aa  188  1e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  37.78 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  37.78 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  37.78 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2825  tRNA pseudouridine synthase B  38.19 
 
 		 315 aa  187  3e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.791691  hitchhiker  0.00423146 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  39.73 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  37.01 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  39.22 
 
 		 311 aa  186  4e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002611  tRNA pseudouridine synthase B  36.76 
 
 		 317 aa  186  6e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  44.5 
 
 		 291 aa  185  8e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  37.01 
 
 		 314 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  37.01 
 
 		 314 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  37.01 
 
 		 314 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  40.73 
 
 		 309 aa  185  1.0000000000000001e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  37.01 
 
 		 314 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  37.01 
 
 		 314 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  37.01 
 
 		 314 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  40.73 
 
 		 309 aa  185  1.0000000000000001e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  38.83 
 
 		 299 aa  185  1.0000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 299 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2832  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 318 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.478015  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  38.69 
 
 		 311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  36.69 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>