60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2302 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_2259  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  93.82 
 
 		 469 aa  847    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.466386  normal  0.36502 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2577  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  99.79 
 
 		 469 aa  919    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.301233 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2302  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  100 
 
 		 474 aa  930    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.172272  hitchhiker  0.00762339 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3542  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  66.6 
 
 		 472 aa  569  1e-161  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.919124 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2036  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  60.51 
 
 		 463 aa  526  1e-148  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00372211 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0519  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  61.33 
 
 		 463 aa  499  1e-140  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5654  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  51.48 
 
 		 471 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4219  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  50.84 
 
 		 465 aa  378  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.340628 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0107  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  47.88 
 
 		 453 aa  353  5e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0184  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  45.76 
 
 		 453 aa  344  2e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.864216  normal  0.611675 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0239  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  45.52 
 
 		 453 aa  342  7e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4743  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  47.86 
 
 		 457 aa  316  6e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3025  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.86 
 
 		 441 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0342  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  35.61 
 
 		 423 aa  211  3e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0450847  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2265  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.01 
 
 		 442 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00194673 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0409  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.25 
 
 		 462 aa  196  9e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.309942  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3430  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.95 
 
 		 461 aa  185  2.0000000000000003e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0100  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.51 
 
 		 480 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2525  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.96 
 
 		 486 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.839724  normal  0.154925 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0702  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.18 
 
 		 480 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.871087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0249  hypothetical protein  28.64 
 
 		 448 aa  171  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1581  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.82 
 
 		 457 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.193293 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0899  hypothetical protein  26.32 
 
 		 437 aa  166  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.727607  normal  0.541745 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2753  hypothetical protein  29.95 
 
 		 433 aa  165  2.0000000000000002e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2929  hypothetical protein  29.19 
 
 		 443 aa  161  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0484025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2797  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  30.08 
 
 		 485 aa  160  4e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2760  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.02 
 
 		 433 aa  154  4e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1959  hypothetical protein  27.74 
 
 		 467 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2087  hypothetical protein  27.77 
 
 		 466 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.073016  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1545  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  27.87 
 
 		 468 aa  144  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3495  hypothetical protein  26.5 
 
 		 465 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0909  hypothetical protein  26.77 
 
 		 491 aa  137  5e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5694  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  26.02 
 
 		 477 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6537  hypothetical protein  25.85 
 
 		 467 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.866176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.02 
 
 		 454 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5881  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  27.06 
 
 		 440 aa  102  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.810377 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4573  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  20.6 
 
 		 446 aa  91.3  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4331  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.77 
 
 		 453 aa  89  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.794472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3511  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  27.2 
 
 		 179 aa  71.2  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2418  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  34.01 
 
 		 176 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0608  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.38 
 
 		 326 aa  55.8  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.516133  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  22.49 
 
 		 328 aa  52.8  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  22.12 
 
 		 324 aa  49.3  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.36 
 
 		 319 aa  49.3  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.76 
 
 		 327 aa  49.3  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.65 
 
 		 316 aa  47.8  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  21.66 
 
 		 323 aa  46.2  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  22.09 
 
 		 323 aa  46.6  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.59 
 
 		 318 aa  45.4  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  23.01 
 
 		 319 aa  45.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0549  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.09 
 
 		 441 aa  45.8  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.973361 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.96 
 
 		 325 aa  45.4  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  23.01 
 
 		 319 aa  45.8  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4400  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.25 
 
 		 315 aa  45.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478919  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  21.05 
 
 		 322 aa  45.1  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4226  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.93 
 
 		 317 aa  45.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0963703  normal  0.823727 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1473  hypothetical protein  29.17 
 
 		 268 aa  45.1  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.93 
 
 		 317 aa  44.7  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2712  putative TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic ligand binding protein  21.21 
 
 		 460 aa  44.3  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.784472  normal  0.536784 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  20.89 
 
 		 322 aa  43.9  0.006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>