More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2164 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2164  50S ribosomal protein L23  100 
 
 		 98 aa  196  7e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.561642 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2442  50S ribosomal protein L23  100 
 
 		 98 aa  196  7e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.369477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2125  50S ribosomal protein L23  96.94 
 
 		 98 aa  193  8.000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.966187  normal  0.432558 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2220  50S ribosomal protein L23  92.86 
 
 		 98 aa  183  8e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0351  50S ribosomal protein L23  87.76 
 
 		 98 aa  174  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1910  50S ribosomal protein L23  86.73 
 
 		 98 aa  173  7e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000483337  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3446  50S ribosomal protein L23  75.79 
 
 		 99 aa  144  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.947767  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1356  ribosomal protein L25/L23  71.43 
 
 		 103 aa  140  5e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.385939  normal  0.0499735 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5068  50S ribosomal protein L23  71.58 
 
 		 99 aa  139  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.509861  normal  0.304969 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2297  50S ribosomal protein L23  72.16 
 
 		 99 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3182  50S ribosomal protein L23  72.16 
 
 		 99 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1616  50S ribosomal protein L23  72.45 
 
 		 98 aa  138  3e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129787 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1366  50S ribosomal protein L23  70.41 
 
 		 98 aa  136  7.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.263915  normal  0.542737 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0578  Ribosomal protein L25/L23  67.35 
 
 		 102 aa  136  8.999999999999999e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1547  50S ribosomal protein L23  69.39 
 
 		 98 aa  135  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3665  50S ribosomal protein L23  70.1 
 
 		 99 aa  135  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1676  50S ribosomal protein L23  72.63 
 
 		 97 aa  135  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.62104  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1681  50S ribosomal protein L23  70.53 
 
 		 102 aa  134  4e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0570438  hitchhiker  0.0000115816 
 
 
-
 
NC_004310  BR1231  50S ribosomal protein L23  71.58 
 
 		 97 aa  132  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244915  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1194  50S ribosomal protein L23  71.58 
 
 		 97 aa  132  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.79866  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2738  ribosomal protein L25/L23  70.53 
 
 		 96 aa  132  9.999999999999999e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.217238  normal  0.259663 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1958  50S ribosomal protein L23  71.58 
 
 		 97 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0171198  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2816  50S ribosomal protein L23  68.04 
 
 		 102 aa  130  7.999999999999999e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.947427  normal  0.439693 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1432  50S ribosomal protein L23  69.47 
 
 		 97 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11483  normal  0.0319487 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1334  50S ribosomal protein L23  69.47 
 
 		 97 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.212671  normal  0.17449 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1251  50S ribosomal protein L23  67.37 
 
 		 100 aa  127  5.0000000000000004e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.781143  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0988  50S ribosomal protein L23  68.42 
 
 		 97 aa  127  6e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.137365  normal  0.02544 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1842  50S ribosomal protein L23  67.37 
 
 		 97 aa  123  8.000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00948056  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0248  50S ribosomal protein L23  65.31 
 
 		 98 aa  123  9e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.529844  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0585  50S ribosomal protein L23  65.31 
 
 		 98 aa  122  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.720688 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1351  50S ribosomal protein L23  64.21 
 
 		 104 aa  122  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.144858 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1793  50S ribosomal protein L23  65.31 
 
 		 98 aa  121  3e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.346044  normal  0.0641385 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0761  50S ribosomal protein L23  62.24 
 
 		 98 aa  121  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0679128  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0668  50S ribosomal protein L23  62.11 
 
 		 97 aa  120  6e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000142276  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0700  50S ribosomal protein L23  62.11 
 
 		 97 aa  120  6e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000143862  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0278  50S ribosomal protein L23  64.29 
 
 		 98 aa  119  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2686  50S ribosomal protein L23  64.58 
 
 		 104 aa  118  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0258195  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2968  50S ribosomal protein L23  65.93 
 
 		 111 aa  116  7.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.307651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1718  50S ribosomal protein L23  67.35 
 
 		 98 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0786377  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0363  50S ribosomal protein L23  67.35 
 
 		 98 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.674139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1944  50S ribosomal protein L23  63.74 
 
 		 113 aa  108  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2532  50S ribosomal protein L23  67.35 
 
 		 98 aa  106  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2644  50S ribosomal protein L23  57.14 
 
 		 96 aa  97.8  4e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.302905  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4319  Ribosomal protein L25/L23  55.43 
 
 		 99 aa  97.4  5e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0769  50S ribosomal protein L23  54.95 
 
 		 94 aa  97.1  7e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000223701  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5126  Ribosomal protein L25/L23  55.68 
 
 		 96 aa  96.3  1e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0308  50S ribosomal protein L23P  51.06 
 
 		 98 aa  94.4  5e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193354 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3022  50S ribosomal protein L23  56.82 
 
 		 94 aa  93.6  8e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.395888  hitchhiker  0.00706162 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0325  Ribosomal protein L25/L23  51.72 
 
 		 97 aa  93.2  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000179883  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4505  Ribosomal protein L25/L23  50.53 
 
 		 100 aa  91.7  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3903  50S ribosomal protein L23  50.55 
 
 		 101 aa  91.7  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0856  50S ribosomal protein L23  53.76 
 
 		 98 aa  90.1  9e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.483725  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1183  50S ribosomal protein L23  53.33 
 
 		 94 aa  89.7  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1522  Ribosomal protein L25/L23  54.95 
 
 		 94 aa  89  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.800617  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0721  50S ribosomal protein L23  53.93 
 
 		 97 aa  89  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000131875  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3705  50S ribosomal protein L23  55.95 
 
 		 110 aa  88.2  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0758  50S ribosomal protein L23  45.36 
 
 		 99 aa  88.2  4e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000156644  normal  0.0173378 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0871  50S ribosomal protein L23  53.19 
 
 		 100 aa  87.4  5e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1709  50S ribosomal protein L23  51.11 
 
 		 98 aa  87  7e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.182173  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4024  50S ribosomal protein L23  52.22 
 
 		 94 aa  86.7  9e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.707217  hitchhiker  0.0000264859 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17631  50S ribosomal protein L23  53.85 
 
 		 100 aa  86.3  1e-16  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0564  Ribosomal protein L25/L23  54.35 
 
 		 100 aa  86.3  1e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1088  50S ribosomal protein L23  51.61 
 
 		 100 aa  86.7  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0934088 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4917  50S ribosomal protein L23  50.53 
 
 		 98 aa  86.3  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0776922  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01190  Ribosomal protein L25/L23  45.83 
 
 		 96 aa  86.3  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0110234  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3433  Ribosomal protein L25/L23  52.04 
 
 		 103 aa  85.5  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1648  50S ribosomal protein L23  52.75 
 
 		 100 aa  85.9  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6612  50S ribosomal protein L23  48.94 
 
 		 99 aa  85.5  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001740  LSU ribosomal protein L23p (L23Ae)  51.02 
 
 		 100 aa  85.5  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000423409  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0250  50S ribosomal protein L23  51.61 
 
 		 100 aa  85.5  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00732  50S ribosomal protein L23  51.02 
 
 		 100 aa  85.5  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17140  50S ribosomal protein L23  46.39 
 
 		 101 aa  85.5  2e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.538328  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0247  50S ribosomal protein L23  51.61 
 
 		 100 aa  85.5  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.925224  normal  0.80387 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0201  50S ribosomal protein L23  51.02 
 
 		 101 aa  85.5  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000118285  hitchhiker  0.00000000127878 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0215  50S ribosomal protein L23  53.19 
 
 		 100 aa  85.9  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000957762  unclonable  0.00000693674 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0288  Ribosomal protein L25/L23  53.33 
 
 		 94 aa  85.5  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0208072  normal  0.0234601 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0233  50S ribosomal protein L23  51.02 
 
 		 101 aa  85.1  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4168  50S ribosomal protein L23  51.02 
 
 		 101 aa  84.7  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000463544  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4054  50S ribosomal protein L23  51.02 
 
 		 101 aa  84.7  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000001282  unclonable  0.00000000000566696 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0202  50S ribosomal protein L23  51.02 
 
 		 101 aa  84.7  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000251497  unclonable  0.00000770372 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0297  ribosomal L23 protein  46.07 
 
 		 98 aa  84.3  4e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000230523  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0198  50S ribosomal protein L23  51.02 
 
 		 101 aa  84.7  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000795974  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6047  50S ribosomal protein L23  46.39 
 
 		 98 aa  84.7  4e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.201216 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0201  50S ribosomal protein L23  51.02 
 
 		 101 aa  84.7  4e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000698801  unclonable  0.0000000000184888 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0196  50S ribosomal protein L23  51.02 
 
 		 101 aa  84.7  4e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000848979  decreased coverage  0.000284829 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0460  50S ribosomal protein L23P  50.54 
 
 		 99 aa  84.7  4e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2167  Ribosomal protein L25/L23  47.87 
 
 		 98 aa  84.7  4e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00207145  normal  0.264777 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3757  50S ribosomal protein L23  51.02 
 
 		 101 aa  84.7  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000228479  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1294  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 105 aa  84.3  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000921122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17381  50S ribosomal protein L23  50.55 
 
 		 100 aa  84.3  5e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0257  ribosomal protein L23  49.45 
 
 		 98 aa  84  6e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0186  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 100 aa  83.6  9e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000102577  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17471  50S ribosomal protein L23  51.65 
 
 		 100 aa  83.6  9e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.576191  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0217  50S ribosomal protein L23  50.53 
 
 		 95 aa  82.8  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000142731  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2458  50S ribosomal protein L23  51.11 
 
 		 96 aa  83.2  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0767433 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0584  50S ribosomal protein L23  45.36 
 
 		 98 aa  83.2  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.746591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2172  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 100 aa  83.2  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000267938  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0172  50S ribosomal protein L23  51.02 
 
 		 100 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243767  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2838  50S ribosomal protein L23  51.65 
 
 		 104 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000238806  normal  0.241874 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0322  50S ribosomal protein L23  48.98 
 
 		 100 aa  82.8  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00637694  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>