More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1948 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_0775  nucleotide sugar dehydrogenase  82.41 
 
 
452 aa  720    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1948  nucleotide sugar dehydrogenase  100 
 
 
434 aa  871    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.286781  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3551  UDP-glucose 6-dehydrogenase  73.61 
 
 
438 aa  664    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.792877 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3217  nucleotide sugar dehydrogenase  93.98 
 
 
438 aa  816    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3681  nucleotide sugar dehydrogenase  94.69 
 
 
433 aa  822    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.72238  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2329  nucleotide sugar dehydrogenase  74.07 
 
 
439 aa  666    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.129467 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3235  nucleotide sugar dehydrogenase  71.76 
 
 
442 aa  655    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4606  nucleotide sugar dehydrogenase  80.09 
 
 
456 aa  705    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.094228  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5192  nucleotide sugar dehydrogenase  80.88 
 
 
440 aa  721    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.602765  normal  0.0285875 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2639  nucleotide sugar dehydrogenase  75.93 
 
 
434 aa  687    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.404662  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0795  nucleotide sugar dehydrogenase  76.16 
 
 
434 aa  689    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3255  UDP-glucose 6-dehydrogenase  73.15 
 
 
434 aa  647    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.564317  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1839  nucleotide sugar dehydrogenase  94.47 
 
 
434 aa  822    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158743  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2987  nucleotide sugar dehydrogenase  71.53 
 
 
441 aa  652    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0273296  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1947  nucleotide sugar dehydrogenase  81.8 
 
 
463 aa  719    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.620289  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3028  nucleotide sugar dehydrogenase  96.3 
 
 
438 aa  840    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2224  nucleotide sugar dehydrogenase  98.39 
 
 
434 aa  857    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.339815 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2489  UDP-glucose 6-dehydrogenase  71.76 
 
 
436 aa  641    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.656583  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0953  nucleotide sugar dehydrogenase  80.73 
 
 
447 aa  711    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3252  nucleotide sugar dehydrogenase  96.06 
 
 
438 aa  838    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.597555 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0688  UDP-glucose 6-dehydrogenase  72.12 
 
 
437 aa  651    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7353  UDP-glucose 6-dehydrogenase  71.76 
 
 
439 aa  631  1e-180  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.870632  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4156  UDP-glucose 6-dehydrogenase  71.99 
 
 
438 aa  633  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2755  UDP-glucose 6-dehydrogenase  71.53 
 
 
436 aa  627  1e-178  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4548  nucleotide sugar dehydrogenase  71.53 
 
 
436 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1585  UDP-glucose 6-dehydrogenase  71.99 
 
 
435 aa  616  1e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1593  UDP-glucose 6-dehydrogenase  71.53 
 
 
436 aa  614  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4824  nucleotide sugar dehydrogenase  69.28 
 
 
435 aa  610  1e-173  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2380  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  71.06 
 
 
436 aa  603  1.0000000000000001e-171  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.289477  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2116  UDP-glucose 6-dehydrogenase  71.13 
 
 
438 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1057  UDP-glucose 6-dehydrogenase  68.52 
 
 
433 aa  601  1.0000000000000001e-171  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0543  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  67.51 
 
 
433 aa  597  1e-169  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.873021 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1921  UDP-glucose 6-dehydrogenase  65.59 
 
 
434 aa  568  1e-161  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.455282  normal  0.479029 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0785  nucleotide sugar dehydrogenase  62.87 
 
 
449 aa  558  1e-158  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180354  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0653  UDP-glucose 6-dehydrogenase  62.12 
 
 
434 aa  546  1e-154  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0616726  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2306  UDP-glucose 6-dehydrogenase  62.12 
 
 
434 aa  546  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.595452  normal  0.13158 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0076  UDP-glucose 6-dehydrogenase  60.28 
 
 
434 aa  547  1e-154  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3370  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  61.43 
 
 
438 aa  546  1e-154  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0579  UDP-glucose 6-dehydrogenase  62.82 
 
 
437 aa  543  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0396175  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4534  UDP-glucose 6-dehydrogenase  60.65 
 
 
451 aa  540  9.999999999999999e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0608813  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0333  UDP-glucose 6-dehydrogenase  59.73 
 
 
438 aa  540  9.999999999999999e-153  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1853  nucleotide sugar dehydrogenase  60.36 
 
 
441 aa  535  1e-151  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.85941  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4098  hypothetical protein  63.38 
 
 
464 aa  536  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.197765  normal  0.22433 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3775  UDP-glucose 6-dehydrogenase  60.97 
 
 
434 aa  523  1e-147  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4414  UDP-glucose 6-dehydrogenase  61.43 
 
 
478 aa  505  9.999999999999999e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0210  UDP-glucose 6-dehydrogenase  61.89 
 
 
453 aa  499  1e-140  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1348  UDP-glucose 6-dehydrogenase  59.58 
 
 
460 aa  492  9.999999999999999e-139  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.233315  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0545  UDP-glucose 6-dehydrogenase  59.08 
 
 
474 aa  486  1e-136  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0476  UDP-glucose 6-dehydrogenase  59.31 
 
 
474 aa  487  1e-136  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.10273  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1352  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.95 
 
 
443 aa  483  1e-135  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000465012  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0866  UDP-glucose 6-dehydrogenase  57.61 
 
 
467 aa  472  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.359864 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1502  UDP-glucose 6-dehydrogenase  55.81 
 
 
438 aa  470  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.842125  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3767  nucleotide sugar dehydrogenase  56.91 
 
 
473 aa  464  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0312169 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5066  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.27 
 
 
440 aa  459  9.999999999999999e-129  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1714  UDP-glucose 6-dehydrogenase  54.63 
 
 
436 aa  460  9.999999999999999e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22770  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.02 
 
 
460 aa  448  1e-125  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3094  nucleotide sugar dehydrogenase  48.64 
 
 
440 aa  438  9.999999999999999e-123  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2363  nucleotide sugar dehydrogenase  51.03 
 
 
448 aa  435  1e-121  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00000065452  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1110  nucleotide sugar dehydrogenase  51.62 
 
 
446 aa  430  1e-119  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.6072  unclonable  0.0000000437012 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1121  nucleotide sugar dehydrogenase  50.34 
 
 
447 aa  427  1e-118  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.396392  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2484  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51 
 
 
473 aa  428  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1859  nucleotide sugar dehydrogenase  48.18 
 
 
466 aa  427  1e-118  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0917  UDP-glucose 6-dehydrogenase 2  51 
 
 
473 aa  428  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.853858  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3925  nucleotide sugar dehydrogenase  48.73 
 
 
437 aa  427  1e-118  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.107099  normal  0.0149623 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4305  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.28 
 
 
436 aa  426  1e-118  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.434047  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3526  nucleotide sugar dehydrogenase  48.62 
 
 
443 aa  428  1e-118  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1116  nucleotide sugar dehydrogenase  51.15 
 
 
437 aa  428  1e-118  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0901  UDP-glucose 6-dehydrogenase  49.54 
 
 
440 aa  426  1e-118  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.665804  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3394  UDP-glucose 6-dehydrogenase  49.54 
 
 
440 aa  426  1e-118  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.852833  normal  0.0959511 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3615  nucleotide sugar dehydrogenase  48.73 
 
 
437 aa  427  1e-118  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.285308  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2622  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.78 
 
 
473 aa  428  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1185  nucleotide sugar dehydrogenase  51.15 
 
 
437 aa  427  1e-118  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4441  nucleotide sugar dehydrogenase  52.29 
 
 
435 aa  424  1e-117  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0606  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.11 
 
 
442 aa  423  1e-117  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.641401  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0783  nucleotide sugar dehydrogenase  50.44 
 
 
454 aa  423  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.159514 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0544  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.78 
 
 
473 aa  424  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4460  nucleotide sugar dehydrogenase  52.29 
 
 
436 aa  425  1e-117  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1710  UDP-glucose 6-dehydrogenase  49.89 
 
 
448 aa  424  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0481028  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0854  nucleotide sugar dehydrogenase  50.44 
 
 
454 aa  420  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.74874 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0913  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50 
 
 
457 aa  419  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4447  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.95 
 
 
438 aa  419  1e-116  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0961  UDP-glucose dehydrogenase  49.66 
 
 
440 aa  418  1e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.837953  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3703  nucleotide sugar dehydrogenase  49.67 
 
 
470 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.757511  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4542  UDP-glucose 6-dehydrogenase  49.67 
 
 
470 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3821  UDP-glucose 6-dehydrogenase  49.67 
 
 
470 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4918  nucleotide sugar dehydrogenase  49.89 
 
 
470 aa  420  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103768  hitchhiker  0.000469095 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0064  nucleotide sugar dehydrogenase  48.73 
 
 
442 aa  416  9.999999999999999e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0265709  normal  0.16241 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3213  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.21 
 
 
503 aa  416  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4070  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50 
 
 
449 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.476098  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2536  nucleotide sugar dehydrogenase  47.43 
 
 
427 aa  415  9.999999999999999e-116  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.171539 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2275  UDP-glucose 6-dehydrogenase  49.45 
 
 
470 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.74283  normal  0.168164 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1057  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.92 
 
 
437 aa  418  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0119  nucleotide sugar dehydrogenase  47.26 
 
 
435 aa  417  9.999999999999999e-116  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.0000000027408  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0463  nucleotide sugar dehydrogenase subfamily protein  48.75 
 
 
440 aa  416  9.999999999999999e-116  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2565  UDP-glucose 6-dehydrogenase  49.34 
 
 
457 aa  414  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.208058  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2616  nucleotide sugar dehydrogenase  49.89 
 
 
449 aa  413  1e-114  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.587392  normal  0.111464 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2323  nucleotide sugar dehydrogenase  49.89 
 
 
440 aa  415  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2782  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  48.16 
 
 
457 aa  413  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3724  nucleotide sugar dehydrogenase  49.22 
 
 
470 aa  413  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114247  normal  0.168718 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5547  UDP-glucose 6-dehydrogenase  49.22 
 
 
470 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.143587  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>