More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1940 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_1831  hopanoid-associated sugar epimerase  97.07 
 
 
341 aa  663    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2216  hopanoid-associated sugar epimerase  99.71 
 
 
341 aa  679    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.313238  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1940  hopanoid-associated sugar epimerase  100 
 
 
341 aa  681    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7142  hopanoid-associated sugar epimerase  85.41 
 
 
347 aa  570  1e-161  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.516154  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6351  hopanoid-associated sugar epimerase  83.59 
 
 
345 aa  554  1e-157  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5422  hopanoid-associated sugar epimerase  81.35 
 
 
328 aa  535  1e-151  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.969886  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0022  hypothetical protein  65.14 
 
 
336 aa  436  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7040  hopanoid-associated sugar epimerase  64.83 
 
 
336 aa  437  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000519767 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.18 
 
 
333 aa  431  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5420  hopanoid-associated sugar epimerase  64.22 
 
 
335 aa  422  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4126  hopanoid-associated sugar epimerase  63 
 
 
336 aa  421  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4170  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.83 
 
 
358 aa  423  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117289  normal  0.322206 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3257  hopanoid-associated sugar epimerase  64.83 
 
 
335 aa  423  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.273856  normal  0.115519 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4723  hopanoid-associated sugar epimerase  64.22 
 
 
335 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.22 
 
 
335 aa  420  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5311  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.22 
 
 
335 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.114305  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.22 
 
 
335 aa  421  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5549  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.22 
 
 
335 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.482021  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2241  dihydroflavonol-4-reductase family protein  63.91 
 
 
338 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1280  dihydroflavonol-4-reductase family protein  63.3 
 
 
338 aa  412  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0976  dihydroflavonol-4-reductase family protein  63.3 
 
 
338 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1263  dihydroflavonol-4-reductase family protein  63.3 
 
 
338 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  63.61 
 
 
335 aa  413  1e-114  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.138998  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2924  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  63.3 
 
 
335 aa  412  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0488644  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2237  dihydroflavonol-4-reductase family protein  63.3 
 
 
335 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3239  hopanoid-associated sugar epimerase  60.3 
 
 
332 aa  397  1e-109  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.109011 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1958  dihydroflavonol-4-reductase family protein  63.3 
 
 
335 aa  391  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.169655  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3152  hopanoid-associated sugar epimerase  59.2 
 
 
340 aa  393  1e-108  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20730  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, RmlD  54.97 
 
 
340 aa  343  2e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.989981  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0058  dihydrokaempferol 4-reductase  53.66 
 
 
333 aa  336  3.9999999999999995e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0999  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.84 
 
 
329 aa  331  1e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.170606  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.49 
 
 
355 aa  321  9.999999999999999e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.129655 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1830  hopanoid-associated sugar epimerase  51.38 
 
 
363 aa  312  4.999999999999999e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0687  dihydroflavonol 4-reductase, putative  49.54 
 
 
328 aa  311  6.999999999999999e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0174586  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0884  hopanoid-associated sugar epimerase  47.85 
 
 
329 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000222195 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.77 
 
 
330 aa  304  2.0000000000000002e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3361  hopanoid-associated sugar epimerase  46.93 
 
 
329 aa  301  1e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1019  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.18 
 
 
328 aa  297  2e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0864  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.48 
 
 
328 aa  295  9e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2122  hypothetical protein  47.24 
 
 
329 aa  294  1e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.744824  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1781  hopanoid-associated sugar epimerase  47.24 
 
 
329 aa  294  1e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.889296  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.22 
 
 
355 aa  293  3e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.407115  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2821  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.57 
 
 
328 aa  291  1e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0273473  normal  0.296393 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0121  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.01 
 
 
361 aa  291  1e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2234  hopanoid-associated sugar epimerase  45.68 
 
 
329 aa  289  5.0000000000000004e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00968457  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.62 
 
 
328 aa  271  9e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1218  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  46.48 
 
 
327 aa  264  2e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2029  hopanoid-associated sugar epimerase  44.14 
 
 
329 aa  264  2e-69  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2055  hopanoid-associated sugar epimerase  44.14 
 
 
329 aa  263  2e-69  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5153  hopanoid-associated sugar epimerase  44.55 
 
 
342 aa  260  2e-68  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3275  hopanoid-associated sugar epimerase  43.08 
 
 
328 aa  241  2e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2444  hopanoid-associated sugar epimerase  41.05 
 
 
329 aa  226  5.0000000000000005e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3280  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.38 
 
 
322 aa  224  1e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.733793  normal  0.122087 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2372  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.83 
 
 
339 aa  169  8e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.73 
 
 
358 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0547255  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1328  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 
329 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0300237  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2707  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.34 
 
 
342 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.529174  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 
352 aa  167  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000297127  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.71 
 
 
342 aa  166  5e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.793849  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1458  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  32.21 
 
 
329 aa  165  8e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000901734  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2986  oxidoreductase, putative  31.66 
 
 
349 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0471013 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1017  nucleoside diphosphate sugar epimerase family protein  33.94 
 
 
328 aa  160  2e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.582194  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2547  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.61 
 
 
334 aa  157  3e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000238477  normal 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.96 
 
 
324 aa  157  3e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.552356  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4180  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.03 
 
 
336 aa  152  1e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1550  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.83 
 
 
357 aa  151  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205711  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1008  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  31.19 
 
 
338 aa  150  3e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.720845  normal  0.076451 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3021  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.75 
 
 
349 aa  150  3e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.53 
 
 
341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1514  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.76 
 
 
349 aa  147  3e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000791042 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4271  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.64 
 
 
337 aa  146  5e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.874043 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2441  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.83 
 
 
333 aa  146  5e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.989614  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1833  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.17 
 
 
335 aa  144  2e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1952  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.71 
 
 
341 aa  141  9.999999999999999e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.755227  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.91 
 
 
332 aa  140  3e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.19855 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.96 
 
 
324 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1211  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.48 
 
 
347 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1267  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.39 
 
 
330 aa  139  6e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.05 
 
 
331 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1108  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.34 
 
 
343 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.1 
 
 
331 aa  136  7.000000000000001e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0793  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  27.27 
 
 
331 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0825  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.24 
 
 
347 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.862979  normal  0.686614 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2604  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6145  putative NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  32.51 
 
 
341 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0804381  normal  0.0679863 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3838  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.54 
 
 
334 aa  130  3e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.94 
 
 
340 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.94 
 
 
340 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.94 
 
 
340 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2375  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.31 
 
 
338 aa  130  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.06 
 
 
339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0228638  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.54 
 
 
392 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5468  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.53 
 
 
336 aa  125  2e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.16 
 
 
319 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5276  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  31.23 
 
 
329 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.313319  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61280  putative epimerase  31.23 
 
 
341 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5705  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.83 
 
 
339 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.249261  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1303  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.96 
 
 
333 aa  119  7.999999999999999e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.956027  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0274  dihydroflavonol 4-reductase family protein  30.25 
 
 
354 aa  118  9.999999999999999e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.522156 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0002  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.81 
 
 
322 aa  119  9.999999999999999e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>