More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1931 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_1931  lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 		 328 aa  652    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.338077  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2207  Lytic transglycosylase catalytic  98.78 
 
 		 328 aa  645    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1822  Lytic transglycosylase catalytic  93.13 
 
 		 307 aa  543  1e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0812  lytic transglycosylase catalytic  74.83 
 
 		 318 aa  402  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0165  lytic transglycosylase catalytic  61.47 
 
 		 363 aa  362  3e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0083  lytic transglycosylase catalytic  60.92 
 
 		 363 aa  353  2e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.928607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5136  Lytic transglycosylase catalytic  64.66 
 
 		 291 aa  349  3e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8692  Lytic transglycosylase catalytic  56.8 
 
 		 340 aa  345  8e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570522  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4519  lytic transglycosylase catalytic  65.02 
 
 		 291 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.821488 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5561  lytic transglycosylase catalytic  57.23 
 
 		 340 aa  333  3e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1908  lytic transglycosylase catalytic  57.52 
 
 		 340 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3156  lytic transglycosylase catalytic  53.1 
 
 		 321 aa  271  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0205593  normal  0.0158011 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3321  lytic transglycosylase, catalytic  46.84 
 
 		 341 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2453  lytic transglycosylase, catalytic  44.85 
 
 		 313 aa  238  1e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1423  lytic transglycosylase, catalytic  45.99 
 
 		 380 aa  235  8e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.371346  normal  0.777047 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3554  Lytic transglycosylase catalytic  46.31 
 
 		 343 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.278452  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3051  lytic transglycosylase, catalytic  44.78 
 
 		 347 aa  229  5e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4762  hypothetical protein  43.89 
 
 		 359 aa  226  4e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2399  lytic transglycosylase, catalytic  42.66 
 
 		 330 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.537476 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1651  lytic transglycosylase catalytic  44.24 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1459  Lytic transglycosylase catalytic  38.43 
 
 		 318 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.09229 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1642  Lytic transglycosylase catalytic  37.89 
 
 		 318 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.517952 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2733  lytic transglycosylase, catalytic  50.97 
 
 		 246 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.187494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1512  lytic transglycosylase, catalytic  37.91 
 
 		 286 aa  160  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219216  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1242  lytic transglycosylase catalytic  37.89 
 
 		 328 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.270703  normal  0.374797 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0809  lytic transglycosylase, catalytic  34.88 
 
 		 303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3004  lytic transglycosylase catalytic  57.48 
 
 		 278 aa  143  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.210468 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2102  Lytic transglycosylase catalytic  55.64 
 
 		 239 aa  142  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.67123  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1463  transglycosylase  62.4 
 
 		 262 aa  137  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1277  Lytic transglycosylase catalytic  63.49 
 
 		 264 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0029  Lytic transglycosylase catalytic  55.04 
 
 		 276 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.240678  normal  0.132165 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0973  Lytic transglycosylase catalytic  49.55 
 
 		 318 aa  89  1e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2492  lytic transglycosylase, catalytic  43.22 
 
 		 242 aa  87.8  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.931024 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  40.74 
 
 		 217 aa  87.8  3e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4537  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  56.25 
 
 		 448 aa  87  4e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  40.68 
 
 		 280 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4417  lytic transglycosylase, catalytic  41.32 
 
 		 251 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2464  lytic transglycosylase, catalytic  41.84 
 
 		 442 aa  85.1  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329237 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6404  lytic transglycosylase catalytic  36.99 
 
 		 362 aa  84.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0649822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2486  lytic murein transglycosylase, putative  41.3 
 
 		 241 aa  84.3  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  40.5 
 
 		 260 aa  84  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  38.93 
 
 		 260 aa  83.6  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  41.96 
 
 		 438 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4660  transglycosylase SLT domain-containing protein  42.98 
 
 		 239 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9819  type IV system transglycosylase  38.36 
 
 		 362 aa  80.9  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  45.45 
 
 		 245 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0367  lytic transglycosylase, catalytic  36.72 
 
 		 215 aa  80.5  0.00000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3860  lytic transglycosylase, catalytic  41.82 
 
 		 329 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  40.28 
 
 		 235 aa  80.1  0.00000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0754  lytic transglycosylase, catalytic  42.48 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.970703  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  49.11 
 
 		 207 aa  79.7  0.00000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0159  lytic transglycosylase, catalytic  41.74 
 
 		 245 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3650  lytic transglycosylase, catalytic  43.86 
 
 		 243 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1364  lytic transglycosylase, catalytic  40 
 
 		 140 aa  79.3  0.00000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0515588  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  39.53 
 
 		 206 aa  78.6  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2331  lytic transglycosylase, catalytic  33.12 
 
 		 242 aa  78.6  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.194183  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  40.87 
 
 		 247 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0301  lytic murein transglycosylase, putative  40.68 
 
 		 196 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3978  lytic transglycosylase catalytic  40.74 
 
 		 384 aa  77.4  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  38.62 
 
 		 196 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0142  NLP/P60 protein  41.3 
 
 		 370 aa  77  0.0000000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2210  lytic transglycosylase, catalytic  45.19 
 
 		 218 aa  77  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  41.38 
 
 		 242 aa  77  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6881  Lytic transglycosylase catalytic  38.73 
 
 		 271 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.987079  normal  0.0912273 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3687  lytic transglycosylase, catalytic  37.5 
 
 		 300 aa  76.6  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3643  lytic transglycosylase catalytic  40.74 
 
 		 384 aa  76.6  0.0000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0752757 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3262  lytic transglycosylase, catalytic  40.87 
 
 		 198 aa  76.6  0.0000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.205126  hitchhiker  0.000000000286118 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4039  lytic transglycosylase, catalytic  40.35 
 
 		 239 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  37.61 
 
 		 174 aa  76.3  0.0000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3830  lytic transglycosylase, catalytic  40.35 
 
 		 239 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.582426 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3535  Lytic transglycosylase catalytic  36.89 
 
 		 1160 aa  75.9  0.0000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3923  lytic transglycosylase, catalytic  40.35 
 
 		 239 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0139  lytic transglycosylase catalytic  41.23 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  42.11 
 
 		 261 aa  75.5  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  34.11 
 
 		 191 aa  75.9  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3617  transglycosylase, SLT family  35.9 
 
 		 261 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000281259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3607  lytic transglycosylase, catalytic  40.71 
 
 		 326 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3807  lytic transglycosylase, catalytic  34.78 
 
 		 215 aa  75.1  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0096  lytic transglycosylase, catalytic  40.35 
 
 		 249 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1070  Lytic transglycosylase catalytic  40.97 
 
 		 716 aa  75.1  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0360  lytic transglycosylase, catalytic  39.55 
 
 		 233 aa  74.7  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2905  lytic transglycosylase, catalytic  44.86 
 
 		 237 aa  74.7  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.739036  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1758  transglycosylase, SLT family  35.9 
 
 		 261 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1836  transglycosylase, SLT family  35.9 
 
 		 259 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000572163  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1548  soluble lytic murein transglycosylase  35.9 
 
 		 261 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000233422  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1537  soluble lytic murein transglycosylase  38.32 
 
 		 261 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000696816  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  41.18 
 
 		 188 aa  73.9  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1919  Lytic transglycosylase catalytic  35.82 
 
 		 199 aa  74.3  0.000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2959  lytic transglycosylase catalytic  41.27 
 
 		 280 aa  73.9  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2410  lytic transglycosylase, catalytic  39.82 
 
 		 208 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1584  lytic transglycosylase catalytic  35.9 
 
 		 261 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.166498  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  43.43 
 
 		 211 aa  73.9  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1655  Lytic transglycosylase catalytic  44.86 
 
 		 368 aa  73.9  0.000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.055455  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1727  transglycosylase, SLT family  35.9 
 
 		 261 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000265036  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3823  lytic transglycosylase catalytic  37.5 
 
 		 310 aa  73.9  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.78856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1036  Lytic transglycosylase catalytic  44.9 
 
 		 202 aa  73.6  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.962851 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1707  Slt family transglycosylase  38.32 
 
 		 261 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1946  soluble lytic murein transglycosylase precursor  46.88 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.378225  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3817  lytic transglycosylase, catalytic  39.26 
 
 		 384 aa  73.6  0.000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.315131  normal  0.0342532 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1881  lytic transglycosylase catalytic  46.88 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.520099  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>