More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1689 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  99.13 
 
 		 574 aa  1151    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  100 
 
 		 574 aa  1161    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  42.52 
 
 		 563 aa  238  2e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 555 aa  232  1e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.8 
 
 		 1079 aa  226  7e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  37.61 
 
 		 646 aa  218  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.12 
 
 		 668 aa  213  1e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.82 
 
 		 668 aa  211  4e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.31 
 
 		 663 aa  207  4e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  34.81 
 
 		 609 aa  206  7e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  38.03 
 
 		 866 aa  205  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  34.51 
 
 		 709 aa  204  3e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  33.91 
 
 		 494 aa  202  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  35.08 
 
 		 1099 aa  202  1.9999999999999998e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  33.91 
 
 		 494 aa  200  5e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  33.72 
 
 		 565 aa  194  3e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.45 
 
 		 728 aa  184  4.0000000000000006e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0825  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 594 aa  183  9.000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4588  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 613 aa  178  3e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0646445  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1155  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 605 aa  177  7e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.290971  normal  0.125636 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  33.04 
 
 		 583 aa  175  1.9999999999999998e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  36.5 
 
 		 273 aa  174  5e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  49.11 
 
 		 638 aa  165  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.11 
 
 		 772 aa  157  4e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 640 aa  156  1e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  30.17 
 
 		 608 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.53 
 
 		 558 aa  154  5.9999999999999996e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.43 
 
 		 610 aa  153  1e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1298  diguanylate cyclase  33.78 
 
 		 576 aa  151  3e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.135306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.25 
 
 		 415 aa  151  4e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  44.57 
 
 		 721 aa  150  5e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 398 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 517 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  48.45 
 
 		 583 aa  149  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.53 
 
 		 550 aa  149  2.0000000000000003e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.59 
 
 		 901 aa  148  3e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1169  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.01 
 
 		 596 aa  147  3e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0126253 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  47.13 
 
 		 498 aa  147  6e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  47.06 
 
 		 1644 aa  145  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.49 
 
 		 353 aa  145  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 369 aa  143  9e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.03 
 
 		 557 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 377 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0744  diguanylate cyclase  43 
 
 		 753 aa  141  3e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165088  normal  0.416995 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  45.29 
 
 		 320 aa  141  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.01 
 
 		 355 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  29.75 
 
 		 681 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 1339 aa  140  6e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  41.62 
 
 		 418 aa  140  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 620 aa  139  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 505 aa  139  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.48 
 
 		 675 aa  139  1e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  43.79 
 
 		 308 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.18 
 
 		 710 aa  138  3.0000000000000003e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  35 
 
 		 510 aa  138  3.0000000000000003e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  32.42 
 
 		 530 aa  137  4e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0691  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.55 
 
 		 742 aa  137  4e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.66 
 
 		 322 aa  137  4e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  36.84 
 
 		 498 aa  137  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  31.84 
 
 		 634 aa  137  5e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3308  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 603 aa  137  5e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000660005  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  44.72 
 
 		 448 aa  137  6.0000000000000005e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 547 aa  137  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.5 
 
 		 362 aa  137  6.0000000000000005e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  44.19 
 
 		 316 aa  137  7.000000000000001e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1886  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 462 aa  137  7.000000000000001e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 642 aa  137  7.000000000000001e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  40 
 
 		 278 aa  137  8e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 385 aa  136  8e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  41.07 
 
 		 529 aa  136  9e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  45.45 
 
 		 457 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 513 aa  135  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  46.06 
 
 		 425 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.59 
 
 		 531 aa  136  9.999999999999999e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 1826 aa  136  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 		 564 aa  136  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  30.6 
 
 		 342 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  36.02 
 
 		 428 aa  135  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  46.34 
 
 		 495 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.03 
 
 		 505 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 615 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  41.11 
 
 		 466 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  38.62 
 
 		 374 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 310 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 309 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  47.8 
 
 		 334 aa  134  3.9999999999999996e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  43.9 
 
 		 457 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.98 
 
 		 499 aa  134  5e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 353 aa  134  5e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.56 
 
 		 686 aa  134  6e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  40.28 
 
 		 498 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3350  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  45.18 
 
 		 565 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.82 
 
 		 843 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  44.1 
 
 		 457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.02 
 
 		 482 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 591 aa  133  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1927  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 253 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.949533 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 492 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 532 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  31.82 
 
 		 1073 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>