More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1641 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  96.02 
 
 		 579 aa  1078    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  99.65 
 
 		 579 aa  1147    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 604 aa  1200    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  59.63 
 
 		 615 aa  621  1e-177  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  58.01 
 
 		 593 aa  615  1e-175  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1131  3-dehydroquinate synthase  80.6 
 
 		 370 aa  578  1e-164  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.547485  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  56.83 
 
 		 594 aa  576  1.0000000000000001e-163  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2169  3-dehydroquinate synthase  79.89 
 
 		 371 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0680  3-dehydroquinate synthase  82.64 
 
 		 379 aa  566  1e-160  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.311145 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  52.4 
 
 		 591 aa  512  1e-144  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  51.58 
 
 		 552 aa  474  1e-132  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3595  3-dehydroquinate synthase  61.94 
 
 		 376 aa  432  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3065  3-dehydroquinate synthase  63.48 
 
 		 375 aa  430  1e-119  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497615  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3888  3-dehydroquinate synthase  60.83 
 
 		 376 aa  426  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0114459  decreased coverage  0.00292677 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7572  3-dehydroquinate synthase  61.97 
 
 		 382 aa  422  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2564  3-dehydroquinate synthase  61.47 
 
 		 380 aa  422  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.443147 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4051  3-dehydroquinate synthase  59.84 
 
 		 381 aa  419  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0504  3-dehydroquinate synthase  61.02 
 
 		 381 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1283  3-dehydroquinate synthase  61.94 
 
 		 367 aa  413  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.637861  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2028  3-dehydroquinate synthase  60.65 
 
 		 378 aa  407  1.0000000000000001e-112  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.583475  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0536  3-dehydroquinate synthase  62.63 
 
 		 382 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1950  3-dehydroquinate synthase  60.65 
 
 		 378 aa  407  1.0000000000000001e-112  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0910  3-dehydroquinate synthase  59.14 
 
 		 378 aa  400  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0293  3-dehydroquinate synthase  61.83 
 
 		 382 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.448053 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1717  3-dehydroquinate synthase  60.05 
 
 		 372 aa  397  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9764 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0533  3-dehydroquinate synthase  59.41 
 
 		 382 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.630888 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1432  3-dehydroquinate synthase  58.08 
 
 		 373 aa  387  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.68619  normal  0.103295 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0396  3-dehydroquinate synthase  61.02 
 
 		 383 aa  384  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2487  3-dehydroquinate synthase  57.34 
 
 		 370 aa  380  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.0143197 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0491  3-dehydroquinate synthase  60 
 
 		 383 aa  382  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1478  3-dehydroquinate synthase  56.6 
 
 		 370 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.389848  normal  0.464781 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2818  3-dehydroquinate synthase  56.6 
 
 		 370 aa  375  1e-102  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1608  3-dehydroquinate synthase  55.82 
 
 		 383 aa  370  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.511347 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1528  3-dehydroquinate synthase  55.26 
 
 		 370 aa  364  2e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0261057  normal  0.35523 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0037  3-dehydroquinate synthase  52.92 
 
 		 377 aa  358  9.999999999999999e-98  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0007  3-dehydroquinate synthase  56.27 
 
 		 369 aa  356  7.999999999999999e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1899  3-dehydroquinate synthase  54.79 
 
 		 369 aa  352  8e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3741  3-dehydroquinate synthase  54.59 
 
 		 385 aa  337  5e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0721  3-dehydroquinate synthase  54.42 
 
 		 369 aa  336  7e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.879879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1800  3-dehydroquinate synthase  53.76 
 
 		 368 aa  334  2e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  39.17 
 
 		 539 aa  317  4e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2274  3-dehydroquinate synthase  52.05 
 
 		 367 aa  315  9.999999999999999e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.492898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1556  3-dehydroquinate synthase  50 
 
 		 362 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  84.15 
 
 		 203 aa  305  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  49.58 
 
 		 361 aa  304  2.0000000000000002e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1021  3-dehydroquinate synthase  46.63 
 
 		 359 aa  303  7.000000000000001e-81  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  48.77 
 
 		 361 aa  303  8.000000000000001e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2660  3-dehydroquinate synthase  49.4 
 
 		 362 aa  300  4e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000170461 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  78.46 
 
 		 200 aa  300  7e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2762  3-dehydroquinate synthase  50.7 
 
 		 364 aa  298  2e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.998331 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  78.53 
 
 		 201 aa  296  8e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0548  3-dehydroquinate synthase  49.3 
 
 		 367 aa  293  4e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  48 
 
 		 366 aa  293  9e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0388  3-dehydroquinate synthase  48.47 
 
 		 365 aa  292  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  47.74 
 
 		 359 aa  290  7e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2025  3-dehydroquinate synthase  49.86 
 
 		 362 aa  289  1e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5078  3-dehydroquinate synthase  47.35 
 
 		 365 aa  286  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5126  3-dehydroquinate synthase  48.06 
 
 		 367 aa  286  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5128  3-dehydroquinate synthase  47.35 
 
 		 376 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0253  3-dehydroquinate synthase  48.32 
 
 		 359 aa  286  1.0000000000000001e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4951  3-dehydroquinate synthase  47.35 
 
 		 365 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  47.83 
 
 		 374 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2319  3-dehydroquinate synthase  47.91 
 
 		 369 aa  284  4.0000000000000003e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.245464  normal  0.624104 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0331  3-dehydroquinate synthase  49.72 
 
 		 359 aa  283  7.000000000000001e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.274632  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0659  3-dehydroquinate synthase  52.19 
 
 		 360 aa  283  7.000000000000001e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1592  3-dehydroquinate synthase  50.3 
 
 		 359 aa  282  1e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0239  3-dehydroquinate synthase  47.2 
 
 		 359 aa  279  1e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000355339  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2714  3-dehydroquinate synthase  48.73 
 
 		 359 aa  278  2e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0871906  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0393  3-dehydroquinate synthase  48.73 
 
 		 359 aa  278  2e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3107  3-dehydroquinate synthase  49.28 
 
 		 370 aa  278  2e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0372  3-dehydroquinate synthase  48.45 
 
 		 359 aa  278  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1758  3-dehydroquinate synthase  46.85 
 
 		 359 aa  277  3e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3757  3-dehydroquinate synthase  46.85 
 
 		 359 aa  277  3e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3699  3-dehydroquinate synthase  46.85 
 
 		 359 aa  277  3e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00532697  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2746  3-dehydroquinate synthase  46.85 
 
 		 359 aa  277  3e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0409  3-dehydroquinate synthase  47.78 
 
 		 367 aa  278  3e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3728  3-dehydroquinate synthase  46.85 
 
 		 359 aa  277  3e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278518  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2796  3-dehydroquinate synthase  46.85 
 
 		 359 aa  277  3e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3023  3-dehydroquinate synthase  47.12 
 
 		 358 aa  278  3e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3207  3-dehydroquinate synthase  46.85 
 
 		 359 aa  277  3e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0892348  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3400  3-dehydroquinate synthase  46.3 
 
 		 373 aa  277  4e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2900  3-dehydroquinate synthase  47.53 
 
 		 368 aa  277  5e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.146748 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3037  3-dehydroquinate synthase  48.25 
 
 		 370 aa  277  5e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3490  3-dehydroquinate synthase  48.31 
 
 		 359 aa  276  5e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3597  3-dehydroquinate synthase  46.7 
 
 		 361 aa  277  5e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00180341  hitchhiker  0.0000000386379 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2136  3-dehydroquinate synthase  45.32 
 
 		 358 aa  276  7e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3129  3-dehydroquinate synthase  47.51 
 
 		 368 aa  276  9e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2969  3-dehydroquinate synthase  46.58 
 
 		 368 aa  276  1.0000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0832  3-dehydroquinate synthase  46.41 
 
 		 365 aa  276  1.0000000000000001e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.162832  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00027  3-dehydroquinate synthase  44.57 
 
 		 366 aa  276  1.0000000000000001e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1820  3-dehydroquinate synthase  47.18 
 
 		 360 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.774122  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0360  3-dehydroquinate synthase  46.69 
 
 		 361 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.173183  normal  0.0544969 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0312  3-dehydroquinate synthase  47.46 
 
 		 359 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567961  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2027  3-dehydroquinate synthase  48.4 
 
 		 359 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5301  3-dehydroquinate synthase  43.01 
 
 		 367 aa  274  3e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1114  3-dehydroquinate synthase  44.88 
 
 		 362 aa  274  3e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0407056  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0253  3-dehydroquinate synthase  39.79 
 
 		 551 aa  275  3e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0321  3-dehydroquinate synthase  47.46 
 
 		 359 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.599528 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  45.01 
 
 		 358 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3247  3-dehydroquinate synthase  46.45 
 
 		 368 aa  273  6e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>