86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1575 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_1575  cyclic nucleotide-binding  100 
 
 		 155 aa  294  4e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.6817  normal  0.0500798 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1854  cyclic nucleotide-binding protein  98.71 
 
 		 155 aa  290  4e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.795804 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1664  cyclic nucleotide-binding protein  85.53 
 
 		 159 aa  251  3e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.617914 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4104  cyclic nucleotide-binding protein  61.9 
 
 		 163 aa  164  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.374225 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1398  cyclic nucleotide-binding protein  51.61 
 
 		 168 aa  130  7.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.144588  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1016  cyclic nucleotide-binding protein  54.86 
 
 		 149 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0331  cyclic nucleotide-binding protein  42.62 
 
 		 150 aa  89.7  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0211845 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3764  cyclic nucleotide-binding protein  36.96 
 
 		 151 aa  88.2  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0285  cyclic nucleotide-binding protein  40.46 
 
 		 149 aa  87.4  7e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.512507  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2005  cyclic nucleotide-binding protein  35.76 
 
 		 153 aa  85.5  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4089  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.51 
 
 		 151 aa  85.9  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1928  cyclic nucleotide-binding protein  35.76 
 
 		 153 aa  85.1  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0441  cyclic nucleotide-binding  38.93 
 
 		 148 aa  85.5  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal  0.811617 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0380  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  39.69 
 
 		 148 aa  85.1  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0086  cyclic nucleotide-binding protein  37.4 
 
 		 160 aa  83.6  9e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.929528  normal  0.0740226 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0964  cyclic nucleotide-binding protein  35.76 
 
 		 152 aa  82.4  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1772  cyclic nucleotide-binding protein  34.67 
 
 		 161 aa  81.6  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3055  cyclic nucleotide-binding protein  34.27 
 
 		 151 aa  81.6  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0230  cyclic nucleotide-binding protein  33.81 
 
 		 150 aa  80.9  0.000000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253117  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3425  cyclic nucleotide-binding protein  34.44 
 
 		 151 aa  80.1  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0093  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  35.88 
 
 		 149 aa  77.4  0.00000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.132878  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4229  hypothetical protein  31.33 
 
 		 151 aa  75.9  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000114025  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0279  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  33.85 
 
 		 149 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.294504 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  32.21 
 
 		 154 aa  72  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  30.61 
 
 		 155 aa  69.7  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.61 
 
 		 155 aa  68.2  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.86 
 
 		 222 aa  64.7  0.0000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  32.65 
 
 		 147 aa  64.3  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0178  cyclic nucleotide-binding protein  39.23 
 
 		 138 aa  62.8  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  28.67 
 
 		 154 aa  58.5  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.38 
 
 		 239 aa  55.5  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  29.93 
 
 		 147 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  26.85 
 
 		 154 aa  54.3  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  29.25 
 
 		 151 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28 
 
 		 231 aa  53.5  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0723  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.69 
 
 		 173 aa  52.4  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  28.23 
 
 		 472 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.68 
 
 		 242 aa  51.2  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3249  cyclic nucleotide-binding protein  25 
 
 		 171 aa  50.8  0.000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  28.47 
 
 		 149 aa  50.4  0.000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 230 aa  50.4  0.000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1016  cyclic nucleotide-binding protein  28.15 
 
 		 156 aa  50.4  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458369 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  28.47 
 
 		 149 aa  50.4  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  28.47 
 
 		 194 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  28.78 
 
 		 148 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02297  transcription regulator protein  29.3 
 
 		 225 aa  48.9  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.419231 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1291  cyclic nucleotide-binding protein  28.47 
 
 		 164 aa  47.8  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.234039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 232 aa  47.4  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.884408 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  31.34 
 
 		 226 aa  47.4  0.00007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 222 aa  45.8  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.01 
 
 		 225 aa  45.8  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 233 aa  46.2  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4499  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.56 
 
 		 155 aa  45.8  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2199  cyclic nucleotide-binding protein  25.21 
 
 		 357 aa  45.8  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1878  cyclic nucleotide-binding protein  25.23 
 
 		 275 aa  45.4  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2663  cyclic nucleotide-binding protein  29.41 
 
 		 156 aa  45.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.490536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  27.87 
 
 		 563 aa  45.1  0.0004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0504  cyclic nucleotide-binding protein  26.42 
 
 		 152 aa  45.1  0.0004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.336874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5778  cyclic nucleotide-binding protein  29.41 
 
 		 353 aa  45.1  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.714206 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  29.05 
 
 		 225 aa  44.3  0.0007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2109  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.39 
 
 		 225 aa  43.5  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.170093  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04560  glutaminase  31.25 
 
 		 615 aa  43.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.393943  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0458  cyclic nucleotide-binding protein  31.13 
 
 		 461 aa  42.7  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0622739  normal  0.251479 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 225 aa  43.1  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4660  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.56 
 
 		 225 aa  43.1  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3735  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.21 
 
 		 210 aa  42.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3583  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.56 
 
 		 225 aa  43.1  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1785  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.75 
 
 		 225 aa  42.7  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0232074  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2867  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 241 aa  42.7  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal  0.792405 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1111  cyclic nucleotide-binding  27.97 
 
 		 729 aa  42  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.804267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  24 
 
 		 570 aa  42  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04370  cyclic nucleotide-binding protein, hydrogenase accessory protein, HoxI  27.68 
 
 		 152 aa  42  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.339125  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1130  cyclic nucleotide-binding protein  30.99 
 
 		 276 aa  42  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000651756  unclonable  0.00000750922 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  19.51 
 
 		 495 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 260 aa  41.6  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.17 
 
 		 230 aa  41.2  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  25.95 
 
 		 225 aa  41.2  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0432  cyclic nucleotide-binding protein  25.41 
 
 		 860 aa  41.2  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  28.71 
 
 		 243 aa  40.8  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_29662  predicted protein  28.57 
 
 		 680 aa  41.2  0.006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.226582  normal  0.0425728 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_27248  predicted protein  28.57 
 
 		 680 aa  41.2  0.006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.2735 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.79 
 
 		 219 aa  40.8  0.007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.81 
 
 		 231 aa  40.8  0.007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0860  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 234 aa  40.8  0.007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.693979  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 228 aa  40.4  0.008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5025  cyclic nucleotide-binding  34.58 
 
 		 749 aa  40.4  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0554599  normal  0.33022 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>