More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1489 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 278 aa  543  1e-154  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  95.68 
 
 		 288 aa  499  1e-140  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  89.57 
 
 		 278 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  74.64 
 
 		 282 aa  355  5e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  67.84 
 
 		 290 aa  345  5e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  70.86 
 
 		 287 aa  333  2e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  61.09 
 
 		 279 aa  311  7.999999999999999e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  58.42 
 
 		 292 aa  293  2e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  56.62 
 
 		 280 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  55.8 
 
 		 289 aa  279  4e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  57.51 
 
 		 279 aa  278  8e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  55.43 
 
 		 284 aa  277  1e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  53.11 
 
 		 284 aa  277  1e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  56.93 
 
 		 283 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  56.73 
 
 		 280 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  51.09 
 
 		 286 aa  270  2e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  55.88 
 
 		 285 aa  266  2e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  54.15 
 
 		 278 aa  265  5.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  51.6 
 
 		 282 aa  263  3e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  52.69 
 
 		 285 aa  259  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  51.97 
 
 		 285 aa  258  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  56.62 
 
 		 276 aa  251  7e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  53.31 
 
 		 280 aa  250  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  50 
 
 		 286 aa  246  4e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  48.15 
 
 		 276 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  52.67 
 
 		 292 aa  238  5.999999999999999e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  49.45 
 
 		 278 aa  233  2.0000000000000002e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  54.71 
 
 		 283 aa  232  5e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  52.38 
 
 		 277 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  47.58 
 
 		 279 aa  228  6e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  47.97 
 
 		 279 aa  226  4e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  47.97 
 
 		 279 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  47.79 
 
 		 278 aa  223  3e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  44.13 
 
 		 291 aa  221  8e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  46.76 
 
 		 278 aa  215  5.9999999999999996e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  48.34 
 
 		 282 aa  206  2e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  46.15 
 
 		 274 aa  177  1e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  44.24 
 
 		 298 aa  176  3e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  44.24 
 
 		 298 aa  176  3e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  40.23 
 
 		 284 aa  176  4e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  41.96 
 
 		 289 aa  174  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  38.1 
 
 		 280 aa  167  2.9999999999999998e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  44.02 
 
 		 301 aa  165  9e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  40.29 
 
 		 265 aa  165  9e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  38.27 
 
 		 271 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  34.91 
 
 		 277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  37.28 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  42.65 
 
 		 270 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  40.77 
 
 		 286 aa  163  3e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  39.57 
 
 		 281 aa  161  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3877  shikimate 5-dehydrogenase  38.24 
 
 		 273 aa  159  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000561624  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0321  shikimate 5-dehydrogenase  38.24 
 
 		 273 aa  159  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0622  shikimate 5-dehydrogenase  38.24 
 
 		 273 aa  159  4e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482333  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 277 aa  158  8e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 278 aa  157  1e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  40.71 
 
 		 279 aa  156  4e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  34.3 
 
 		 308 aa  155  5.0000000000000005e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  37.31 
 
 		 275 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  34.59 
 
 		 279 aa  155  6e-37  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  45.9 
 
 		 290 aa  155  7e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 277 aa  155  7e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  37.07 
 
 		 273 aa  155  8e-37  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  34.18 
 
 		 277 aa  154  1e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 273 aa  154  1e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  34.18 
 
 		 277 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  34.18 
 
 		 277 aa  153  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  34.18 
 
 		 277 aa  154  2e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0047  shikimate 5-dehydrogenase  37.13 
 
 		 273 aa  153  4e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00102259  normal  0.175558 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 277 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 277 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0115  shikimate dehydrogenase  41.34 
 
 		 290 aa  152  5.9999999999999996e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  39.19 
 
 		 271 aa  151  1e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  36.73 
 
 		 271 aa  151  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  38.35 
 
 		 280 aa  151  1e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  36.12 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  32.2 
 
 		 280 aa  150  2e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  36.94 
 
 		 275 aa  150  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 277 aa  149  4e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 269 aa  149  5e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0090  shikimate 5-dehydrogenase  39.48 
 
 		 274 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0093  shikimate 5-dehydrogenase  39.11 
 
 		 274 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275997  hitchhiker  0.0000233392 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0074  shikimate 5-dehydrogenase  39.11 
 
 		 274 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  hitchhiker  0.000359852 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0035  shikimate 5-dehydrogenase  35 
 
 		 282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.265435  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  31.77 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0444  shikimate 5-dehydrogenase  36.57 
 
 		 275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0043385  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  44.49 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  40.58 
 
 		 282 aa  146  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0040  shikimate 5-dehydrogenase  35.97 
 
 		 287 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0090  shikimate 5-dehydrogenase  39.11 
 
 		 274 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000484063 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0037  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 		 292 aa  145  6e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000234984  hitchhiker  0.000719905 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  37.23 
 
 		 272 aa  145  6e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  40.89 
 
 		 297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  36.86 
 
 		 272 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 		 272 aa  144  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 		 272 aa  144  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  36.86 
 
 		 272 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 		 272 aa  144  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  38.32 
 
 		 274 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>