More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1485 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
241 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  99.58 
 
 
236 aa  478  1e-134  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  91.53 
 
 
236 aa  449  1e-125  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4282  DNA polymerase III, epsilon subunit  73.93 
 
 
240 aa  332  4e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0555283 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1278  DNA polymerase III, epsilon subunit  70.34 
 
 
238 aa  330  1e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1033  DNA polymerase III, epsilon subunit  67.52 
 
 
238 aa  317  9e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785928  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.32 
 
 
232 aa  258  5.0000000000000005e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.13 
 
 
239 aa  258  5.0000000000000005e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.98 
 
 
231 aa  255  5e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.04 
 
 
231 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3448  DNA polymerase III subunit epsilon  55.84 
 
 
230 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.65 
 
 
232 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  57.14 
 
 
234 aa  251  7e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  57.14 
 
 
234 aa  251  7e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.43 
 
 
231 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.02 
 
 
239 aa  248  5e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  54.73 
 
 
231 aa  244  9.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.7 
 
 
240 aa  240  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.77 
 
 
236 aa  237  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.06 
 
 
235 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.55 
 
 
237 aa  229  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  51.05 
 
 
242 aa  229  4e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  55.65 
 
 
242 aa  228  6e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.02 
 
 
228 aa  228  1e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  49.58 
 
 
236 aa  225  4e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2858  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.77 
 
 
243 aa  221  6e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.629828  normal  0.501512 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  47.93 
 
 
245 aa  221  7e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2897  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.93 
 
 
229 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0541355  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1236  putative DNA polymerase III, epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease  51.93 
 
 
229 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  47.93 
 
 
240 aa  219  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  50 
 
 
230 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.29 
 
 
236 aa  211  7.999999999999999e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  50 
 
 
239 aa  209  3e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.61 
 
 
231 aa  209  3e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.66 
 
 
238 aa  209  4e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.62 
 
 
231 aa  208  5e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.91 
 
 
235 aa  209  5e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.11 
 
 
237 aa  208  6e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1827  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.2 
 
 
237 aa  207  9e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.66 
 
 
243 aa  206  2e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  46.09 
 
 
233 aa  205  4e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  46.09 
 
 
233 aa  205  5e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.44 
 
 
230 aa  204  7e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.21 
 
 
235 aa  203  2e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.97 
 
 
239 aa  203  2e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.58 
 
 
230 aa  203  2e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2814  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.09 
 
 
243 aa  201  7e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0262  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.81 
 
 
243 aa  201  9e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  44.03 
 
 
239 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0749  DNA polymerase III subunit epsilon  45.16 
 
 
245 aa  199  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.249034 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2187  DNA polymerase III subunit epsilon  47.15 
 
 
252 aa  198  6e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.800091 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.44 
 
 
253 aa  198  7e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  48.28 
 
 
238 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2828  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.85 
 
 
234 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.37287  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.86 
 
 
231 aa  196  2.0000000000000003e-49  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2111  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.11 
 
 
242 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000449377  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0400  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.45 
 
 
248 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1109  DNA polymerase III subunit epsilon  47.54 
 
 
254 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3711  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.12 
 
 
257 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  47.54 
 
 
254 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0564  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.45 
 
 
248 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  47.54 
 
 
254 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  55 
 
 
252 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41050  DNA polymerase III subunit epsilon  56.35 
 
 
246 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.7 
 
 
238 aa  196  3e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.75 
 
 
225 aa  196  3e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  44.77 
 
 
249 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3480  DNA polymerase III subunit epsilon  56.35 
 
 
246 aa  195  6e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1764  DNA polymerase III subunit epsilon  45.53 
 
 
259 aa  195  7e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.743789  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  54.04 
 
 
240 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29590  DNA polymerase III subunit epsilon  55.25 
 
 
244 aa  194  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340517  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  52.97 
 
 
244 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.18 
 
 
234 aa  193  2e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3135  DNA polymerase III subunit epsilon  44.86 
 
 
245 aa  193  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.530396  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  53.71 
 
 
244 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  53.71 
 
 
244 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.07 
 
 
238 aa  193  3e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  53.97 
 
 
242 aa  192  4e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1010  DNA polymerase III subunit epsilon  51.85 
 
 
244 aa  191  6e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.296834  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.09 
 
 
242 aa  192  6e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2018  DNA polymerase III, epsilon subunit  50 
 
 
242 aa  191  7e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.250351  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0294  DNA polymerase III subunit epsilon  44.84 
 
 
246 aa  191  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0831172  normal  0.605393 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0289  DNA polymerase III subunit epsilon  45.9 
 
 
246 aa  191  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0228111  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0308  DNA polymerase III subunit epsilon  45.9 
 
 
246 aa  191  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00921374  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0302  DNA polymerase III subunit epsilon  45.9 
 
 
246 aa  191  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1880  DNA-directed DNA polymerase  45.34 
 
 
242 aa  191  8e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0115193  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0287  DNA polymerase III subunit epsilon  45.9 
 
 
246 aa  191  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  52.84 
 
 
253 aa  190  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  52.84 
 
 
253 aa  190  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  52.84 
 
 
253 aa  190  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  52.84 
 
 
253 aa  190  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  54.01 
 
 
241 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  52.84 
 
 
253 aa  190  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2607  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.17 
 
 
242 aa  191  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000048711  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  50.86 
 
 
244 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1161  DNA polymerase III subunit epsilon  53.14 
 
 
244 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.383588  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3466  DNA polymerase III subunit epsilon  53.48 
 
 
254 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  52.84 
 
 
240 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.94 
 
 
243 aa  190  2e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  52.84 
 
 
240 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>