99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1384 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_0870  carbohydrate-selective porin OprB  81.21 
 
 
481 aa  746    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.309638  hitchhiker  0.00100235 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  90.82 
 
 
522 aa  865    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  98.98 
 
 
490 aa  958    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 
490 aa  969    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  60.25 
 
 
502 aa  570  1e-161  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  60.3 
 
 
498 aa  557  1e-157  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  58.74 
 
 
446 aa  502  1e-141  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  53.29 
 
 
509 aa  478  1e-134  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  52.13 
 
 
534 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  52.13 
 
 
534 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  44.12 
 
 
481 aa  374  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  42.13 
 
 
480 aa  342  7e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  44.04 
 
 
449 aa  337  3.9999999999999995e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1063  Carbohydrate-selective porin OprB  40.89 
 
 
473 aa  317  2e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.659002 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  40.28 
 
 
504 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  40.28 
 
 
504 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  40.28 
 
 
504 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  40.28 
 
 
504 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  40.28 
 
 
504 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  40.28 
 
 
504 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  40.28 
 
 
504 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  39.49 
 
 
514 aa  294  2e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  39.02 
 
 
494 aa  293  6e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  39.02 
 
 
492 aa  292  9e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  39.49 
 
 
493 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  39.02 
 
 
514 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  39.02 
 
 
514 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  38.08 
 
 
495 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  36.73 
 
 
507 aa  279  1e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  35.92 
 
 
474 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  38.55 
 
 
483 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3629  carbohydrate-selective porin OprB  38.86 
 
 
444 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419401  decreased coverage  0.00176786 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  36.12 
 
 
488 aa  254  3e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  35.55 
 
 
534 aa  250  3e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  33.55 
 
 
478 aa  237  4e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  34.35 
 
 
502 aa  236  5.0000000000000005e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  31.22 
 
 
480 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  25.49 
 
 
440 aa  108  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  28.84 
 
 
501 aa  108  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  26.36 
 
 
448 aa  107  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  26.27 
 
 
452 aa  107  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  26.27 
 
 
454 aa  107  6e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  26.14 
 
 
452 aa  107  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  26.27 
 
 
454 aa  106  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0154  Carbohydrate-selective porin OprB  30.45 
 
 
395 aa  103  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.858222  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1771  Carbohydrate-selective porin OprB  29.03 
 
 
395 aa  102  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.799068  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  27.13 
 
 
510 aa  102  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  24.47 
 
 
453 aa  100  6e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  26.5 
 
 
447 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  26.73 
 
 
447 aa  99  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  24.94 
 
 
453 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  26.67 
 
 
447 aa  97.8  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  26.67 
 
 
447 aa  97.4  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  24.88 
 
 
425 aa  95.5  2e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  27.71 
 
 
456 aa  95.9  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  27.71 
 
 
456 aa  95.9  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  25.63 
 
 
476 aa  94.7  3e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  25.96 
 
 
453 aa  92.4  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  27.44 
 
 
456 aa  92  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3047  carbohydrate-selective porin OprB  29.38 
 
 
391 aa  89.7  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.854363  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  25.48 
 
 
417 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  25.47 
 
 
422 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  25.7 
 
 
422 aa  84.3  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  24.44 
 
 
448 aa  84  0.000000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  24.26 
 
 
444 aa  83.6  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  25.23 
 
 
396 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  25.23 
 
 
422 aa  82.4  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2178  carbohydrate-selective porin OprB  26.7 
 
 
396 aa  81.6  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278032  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  25.43 
 
 
417 aa  81.6  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  26.92 
 
 
482 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  23.81 
 
 
444 aa  78.6  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  23.58 
 
 
485 aa  78.2  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  23.61 
 
 
444 aa  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2150  Carbohydrate-selective porin OprB  25.56 
 
 
418 aa  71.6  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000000322479  hitchhiker  0.00030161 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2522  carbohydrate-selective porin, OprB family  25.56 
 
 
418 aa  71.6  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0118751  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  23.54 
 
 
490 aa  68.6  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5436  carbohydrate-selective porin, OprB family  26.07 
 
 
446 aa  67.8  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390026  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1247  Carbohydrate-selective porin OprB  23.97 
 
 
512 aa  67.4  0.0000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  23.14 
 
 
454 aa  66.6  0.0000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  22.71 
 
 
455 aa  65.9  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  22.71 
 
 
455 aa  65.9  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1898  Carbohydrate-selective porin OprB  22.49 
 
 
373 aa  62  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.541333 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2250  carbohydrate-selective porin, OprB family  22.49 
 
 
373 aa  62  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  25.06 
 
 
486 aa  58.5  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  25.06 
 
 
492 aa  58.2  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  24.59 
 
 
481 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  24.59 
 
 
494 aa  55.8  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1477  Carbohydrate-selective porin OprB  25 
 
 
462 aa  55.1  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  24.35 
 
 
486 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  24.35 
 
 
486 aa  54.3  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1095  Carbohydrate-selective porin OprB  29.84 
 
 
464 aa  54.3  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0806614  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2383  hypothetical protein  36.17 
 
 
167 aa  54.3  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.168117  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  21.01 
 
 
486 aa  47.4  0.0005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  26.92 
 
 
482 aa  47.4  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  26.92 
 
 
482 aa  47.4  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  26.5 
 
 
476 aa  45.8  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3545  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  30 
 
 
437 aa  45.4  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.339839 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0812  carbohydrate-selective porin OprB  24.86 
 
 
268 aa  44.7  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  26.11 
 
 
482 aa  44.3  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  0.000000000149961 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>