More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1321 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
271 aa  541  1e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  99.59 
 
 
246 aa  493  1e-138  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.664099  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.63 
 
 
273 aa  381  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.953941  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.26 
 
 
273 aa  381  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0700292  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  60.52 
 
 
271 aa  333  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1861  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  62.59 
 
 
270 aa  323  1e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0952097  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3541  short chain dehydrogenase  60.89 
 
 
270 aa  316  3e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.100637  normal  0.0669938 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  59.09 
 
 
272 aa  306  2e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.68 
 
 
275 aa  304  8e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2175  short chain dehydrogenase  56.6 
 
 
272 aa  303  3e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.328635  hitchhiker  0.00607004 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2060  short chain dehydrogenase  57.2 
 
 
270 aa  301  7e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2049  short chain dehydrogenase  58.94 
 
 
286 aa  300  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  2.00632e-05 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6205  short chain dehydrogenase  55.81 
 
 
274 aa  288  7e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.218013  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0106  short chain dehydrogenase  56.23 
 
 
284 aa  286  2e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.417565  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2279  short chain dehydrogenase  52.26 
 
 
272 aa  262  4e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.15727 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3545  short chain dehydrogenase  46.82 
 
 
268 aa  229  3e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.351676  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46600  short chain dehydrogenase  47.04 
 
 
268 aa  226  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  9.18039e-13  hitchhiker  1.72259e-06 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3209  short chain dehydrogenase  46.44 
 
 
268 aa  219  4e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.102605 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0942  short chain dehydrogenase  45.56 
 
 
268 aa  215  6e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6137  short chain dehydrogenase  47.43 
 
 
268 aa  211  7e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal  0.683407 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6530  short chain dehydrogenase  47.43 
 
 
268 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.744865  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1300  short chain dehydrogenase  47.43 
 
 
268 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5364  short chain dehydrogenase  46.92 
 
 
270 aa  208  8e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.778802  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3447  short chain dehydrogenase  45.06 
 
 
268 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3322  short chain dehydrogenase  44.88 
 
 
268 aa  202  4e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0896668  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.18 
 
 
269 aa  199  4e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.965054  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.36 
 
 
314 aa  183  3e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  39.03 
 
 
279 aa  180  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  41.39 
 
 
277 aa  179  4e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
273 aa  175  6e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  4.06118e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0040  short chain dehydrogenase  39.7 
 
 
283 aa  174  1e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
280 aa  174  1e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  40.3 
 
 
278 aa  174  2e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.59 
 
 
291 aa  174  2e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0718028  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 
268 aa  173  3e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  38.18 
 
 
287 aa  172  4e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_003296  RS03890  short chain dehydrogenase  37.81 
 
 
276 aa  169  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.606349 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  39.03 
 
 
279 aa  169  5e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  36.49 
 
 
344 aa  167  1e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  37.64 
 
 
273 aa  166  3e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  36.82 
 
 
286 aa  166  3e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3218  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 
268 aa  164  1e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 
268 aa  164  1e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.23 
 
 
267 aa  163  3e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615665  normal  0.271714 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  38.69 
 
 
278 aa  162  4e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4067  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  33.84 
 
 
298 aa  162  6e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.122191  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2717  short chain dehydrogenase  38.32 
 
 
276 aa  162  7e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  38.85 
 
 
277 aa  162  8e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
280 aa  161  1e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.26 
 
 
300 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  37.32 
 
 
275 aa  157  2e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
307 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4138  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
303 aa  154  1e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.452621  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.6 
 
 
291 aa  154  2e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
307 aa  151  9e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
307 aa  151  9e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.958738  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
267 aa  151  1e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0909607  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.83 
 
 
275 aa  151  1e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.158642  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1560  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  32.59 
 
 
272 aa  151  1e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10740  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 
278 aa  150  2e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.896736  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2783  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
291 aa  150  3e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0502462 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7087  short chain dehydrogenase  36.57 
 
 
284 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10768  putative oxidoreductase  33.45 
 
 
304 aa  149  4e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.465871  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.79 
 
 
279 aa  149  4e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  8.68521e-05 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2590  short chain dehydrogenase  33.45 
 
 
291 aa  149  5e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4006  short chain dehydrogenase  37.17 
 
 
277 aa  149  6e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4153  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.97 
 
 
273 aa  149  6e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2778  short chain dehydrogenase  33.45 
 
 
281 aa  148  7e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.143428  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3029  short chain dehydrogenase  36.69 
 
 
277 aa  147  1e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.430063  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0206  short chain dehydrogenase  35.82 
 
 
284 aa  147  1e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0069  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  35.71 
 
 
277 aa  147  2e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.367303  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2507  short chain dehydrogenase  32.36 
 
 
291 aa  147  2e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
285 aa  146  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1140  short-chain dehydrogenase/reductase  37.59 
 
 
279 aa  147  3e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
268 aa  146  3e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.392753  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3557  short chain dehydrogenase  37.09 
 
 
277 aa  146  4e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.18665  normal  0.726998 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.31 
 
 
268 aa  146  4e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
272 aa  145  5e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6770  short chain dehydrogenase  37.22 
 
 
276 aa  145  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1694  short-chain dehydrogenase/reductase  36.12 
 
 
271 aa  145  7e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
280 aa  145  9e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
281 aa  144  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299534  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2787  short chain dehydrogenase  32 
 
 
291 aa  144  1e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
284 aa  144  1e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2506  short chain dehydrogenase  31.64 
 
 
291 aa  144  1e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.444632 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.94 
 
 
286 aa  144  1e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.34 
 
 
286 aa  144  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2827  short chain dehydrogenase  31.64 
 
 
291 aa  143  3e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.199916  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0526  short chain dehydrogenase  37.16 
 
 
279 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.928222  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
338 aa  143  3e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2806  short chain dehydrogenase  30.77 
 
 
291 aa  143  3e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.928497  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2541  short chain dehydrogenase  31.64 
 
 
291 aa  143  3e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.42979e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3107  short-chain alcohol-related dehydrogenase  30.48 
 
 
272 aa  142  5e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1270  short chain dehydrogenase  35.11 
 
 
258 aa  142  5e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3160  short chain dehydrogenase  35.11 
 
 
258 aa  142  5e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.140307  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3022  short chain dehydrogenase  35.11 
 
 
258 aa  142  5e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.515629  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
271 aa  142  6e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0407842  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2186  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.13 
 
 
281 aa  142  6e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2582  short chain dehydrogenase  32 
 
 
291 aa  142  7e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0166341  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
280 aa  142  9e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.140446  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>