More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1178 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_1338  cysteine desulfurase, SufS subfamily  98.07 
 
 		 674 aa  1313    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.986463 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1427  SufS subfamily cysteine desulfurase  78.12 
 
 		 664 aa  989    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000769952 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1178  SufS subfamily cysteine desulfurase  100 
 
 		 672 aa  1341    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0228689 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1549  cysteine desulfurase, SufS subfamily  79.44 
 
 		 673 aa  1013    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0186902 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16690  Cysteine desulfurase, SufS-like protein  58.33 
 
 		 604 aa  545  1e-154  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21000  Cysteine desulfurase, SufS-like protein  58.33 
 
 		 604 aa  545  1e-154  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382512  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2493  SufS subfamily cysteine desulfurase  59.52 
 
 		 605 aa  536  1e-151  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0023  putative cysteine desulfurase  61.64 
 
 		 661 aa  538  1e-151  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.493291 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0488  cysteine desulfurase, SufS subfamily  62.5 
 
 		 774 aa  535  1e-150  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0617  SufS subfamily cysteine desulfurase  64.38 
 
 		 621 aa  530  1e-149  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000358817  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1894  cysteine desulfurase, SufS subfamily  58.82 
 
 		 630 aa  527  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5792  SufS subfamily cysteine desulfurase  60 
 
 		 641 aa  528  1e-148  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0152868 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0124  cysteine desulphurases, SufS  60.66 
 
 		 688 aa  526  1e-148  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0543  SufS subfamily cysteine desulfurase  63.36 
 
 		 679 aa  525  1e-147  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.266344 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1608  cysteine desulfurase, SufS subfamily  58.61 
 
 		 657 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2622  cysteine desulphurases, SufS  55.77 
 
 		 666 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.795615 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3637  SufS subfamily cysteine desulfurase  62 
 
 		 678 aa  518  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.51832  normal  0.140258 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1552  cysteine desulphurases, SufS  60.43 
 
 		 682 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3227  SufS subfamily cysteine desulfurase  58.13 
 
 		 662 aa  518  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.545837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3517  SufS subfamily cysteine desulfurase  60.58 
 
 		 650 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2661  cysteine desulfurase  48.98 
 
 		 626 aa  513  1e-144  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0591977  normal  0.463261 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4001  SufS subfamily cysteine desulfurase  60.1 
 
 		 666 aa  514  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.077192 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1232  SufS subfamily cysteine desulfurase  56.4 
 
 		 629 aa  512  1e-144  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.153291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1684  SufS subfamily cysteine desulfurase  57.86 
 
 		 444 aa  502  1e-141  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4655  SufS subfamily cysteine desulfurase  58.17 
 
 		 644 aa  499  1e-140  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00370812  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1815  selenocysteine lyase  55.8 
 
 		 665 aa  501  1e-140  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.653401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0754  SufS subfamily cysteine desulfurase  61.1 
 
 		 608 aa  501  1e-140  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.633954 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5203  cysteine desulfurase, SufS subfamily  58.96 
 
 		 941 aa  498  1e-139  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1818  SufS family cysteine desulfurase  62.25 
 
 		 660 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.295345  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1407  putative cysteine desulfurase  62.25 
 
 		 660 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0933  putative cysteine desulfurase  62.25 
 
 		 671 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0362  selenocysteine lyase  62.25 
 
 		 685 aa  495  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.556152  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0448  putative cysteine desulfurase  62.25 
 
 		 660 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0199  putative cysteine desulfurase  62.25 
 
 		 660 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75031  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1904  cysteine desulphurases, SufS  62.5 
 
 		 660 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.256271  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2039  cysteine desulfurase, SufS subfamily  60.5 
 
 		 610 aa  484  1e-135  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4272  SufS subfamily cysteine desulfurase  55.72 
 
 		 451 aa  479  1e-134  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5780  cysteine desulfurase, SufS subfamily  54.36 
 
 		 408 aa  479  1e-133  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.649929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2487  cysteine desulphurases, SufS  55 
 
 		 420 aa  477  1e-133  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5682  cysteine desulfurase, SufS subfamily  58.15 
 
 		 560 aa  476  1e-133  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.305949 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2025  cysteine desulfurase, SufS subfamily  56.22 
 
 		 418 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0975  aminotransferase class 5 protein; selenocysteine lyase  50.37 
 
 		 419 aa  459  9.999999999999999e-129  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.18075  normal  0.925491 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0166  cysteine desulfurase, SufS subfamily  52.62 
 
 		 412 aa  462  9.999999999999999e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000000385676  unclonable  0.00000000000000152095 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1236  SufS subfamily cysteine desulfurase  55.25 
 
 		 413 aa  453  1.0000000000000001e-126  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.321654  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0989  selenocysteine lyase  52.33 
 
 		 414 aa  449  1e-125  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0582  SufS subfamily cysteine desulfurase  53.35 
 
 		 404 aa  450  1e-125  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0846  SufS subfamily cysteine desulfurase  55.39 
 
 		 429 aa  449  1e-125  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.411085  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1505  cysteine desulfurases, SufS subfamily protein  50.24 
 
 		 425 aa  450  1e-125  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0740826  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  54.64 
 
 		 429 aa  449  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.825531  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0892  cysteine desulfurase, SufS subfamily  54.39 
 
 		 429 aa  448  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0728  SufS subfamily cysteine desulfurase  55.33 
 
 		 421 aa  446  1.0000000000000001e-124  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.88575  normal  0.887973 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3352  cysteine desulfurase, SufS subfamily  49.88 
 
 		 415 aa  444  1e-123  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.143815 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3281  cysteine desulfurase, SufS subfamily  52.12 
 
 		 429 aa  443  1e-123  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.30955  normal  0.0478783 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1178  SufS subfamily cysteine desulfurase  52.31 
 
 		 404 aa  442  9.999999999999999e-123  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.99383  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1417  cysteine desulfurase  55.5 
 
 		 417 aa  438  1e-121  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3072  cysteine desulfurase, SufS subfamily  52.14 
 
 		 406 aa  437  1e-121  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3037  cysteine desulfurase, SufS subfamily  52.04 
 
 		 404 aa  434  1e-120  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0138624 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0906  SufS subfamily cysteine desulfurase  52.43 
 
 		 425 aa  434  1e-120  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.601083 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0995  hypothetical protein  51.5 
 
 		 412 aa  435  1e-120  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.20271 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0699  SufS subfamily cysteine desulfurase  53.85 
 
 		 419 aa  431  1e-119  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0536  SufS subfamily cysteine desulfurase  51.25 
 
 		 416 aa  430  1e-119  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0735  aminotransferase, class V  52.78 
 
 		 404 aa  427  1e-118  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2921  cysteine desulfurase, SufS subfamily  50 
 
 		 406 aa  426  1e-118  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5928  cysteine desulfurase  50.38 
 
 		 413 aa  426  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1863  SufS subfamily cysteine desulfurase  54.36 
 
 		 416 aa  427  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3154  SufS subfamily cysteine desulfurase  53.62 
 
 		 417 aa  428  1e-118  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0087  SufS subfamily cysteine desulfurase  50.24 
 
 		 420 aa  425  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.595541  normal  0.828259 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2252  SufS subfamily cysteine desulfurase  50.87 
 
 		 414 aa  425  1e-117  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.766677  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0698  SufS subfamily cysteine desulfurase  53.65 
 
 		 414 aa  425  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13787  normal  0.199911 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04465  selenocysteine lyase  48.64 
 
 		 412 aa  423  1e-117  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1698  cysteine desulfurase, SufS subfamily  51.99 
 
 		 417 aa  423  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00263306  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3259  SufS subfamily cysteine desulfurase  52.02 
 
 		 414 aa  423  1e-117  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.797453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0418  cysteine desulfurase, SufS subfamily  50.76 
 
 		 419 aa  419  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0429  cysteine desulfurase, SufS subfamily  50.76 
 
 		 419 aa  420  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0934  aminotransferase, class V  50.62 
 
 		 414 aa  420  1e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.603819  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2325  SufS subfamily cysteine desulfurase  50.75 
 
 		 414 aa  419  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.553712  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3969  cysteine desulfurase  49.51 
 
 		 415 aa  421  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0413583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0928  aminotransferase, class V  50.12 
 
 		 414 aa  417  9.999999999999999e-116  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.870705  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0639  hypothetical protein  49.13 
 
 		 414 aa  416  9.999999999999999e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2745  cysteine desulfurase, SufS subfamily  49.02 
 
 		 415 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1195  cysteine desulfurase, SufS subfamily  52.26 
 
 		 409 aa  415  1e-114  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.542201  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0655  hypothetical protein  48.88 
 
 		 414 aa  416  1e-114  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0427  cysteine desulphurases, SufS  49.25 
 
 		 420 aa  414  1e-114  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.21345  normal  0.0671623 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2837  SufS subfamily cysteine desulfurase  49.75 
 
 		 415 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00234776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2459  SufS subfamily cysteine desulfurase  49.26 
 
 		 415 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.117109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  50.25 
 
 		 413 aa  413  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00682669 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1778  SufS subfamily cysteine desulfurase  50 
 
 		 413 aa  412  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3980  SufS subfamily cysteine desulfurase  51.13 
 
 		 418 aa  412  1e-114  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.970806 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2748  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  50.5 
 
 		 407 aa  413  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0488866  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  51.5 
 
 		 427 aa  415  1e-114  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4732  cysteine desulfurase, SufS subfamily  50.25 
 
 		 420 aa  415  1e-114  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4348  cysteine desulfurase, SufS subfamily  51.13 
 
 		 418 aa  413  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4460  cysteine desulfurase, SufS subfamily  51.99 
 
 		 426 aa  412  1e-113  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.572328  normal  0.26876 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0799  cysteine desulfurase  49 
 
 		 423 aa  409  1e-113  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.635677  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1661  cysteine desulphurases, SufS  50 
 
 		 414 aa  412  1e-113  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.278494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3577  SufS subfamily cysteine desulfurase  48.23 
 
 		 406 aa  410  1e-113  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2990  SufS subfamily cysteine desulfurase  48.1 
 
 		 428 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.104458 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2103  cysteine desulfurase, SufS subfamily  50 
 
 		 413 aa  411  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.105912 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1512  cysteine desulfurase SufS  48.6 
 
 		 405 aa  409  1e-113  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1896  aminotransferase, class V  49.12 
 
 		 404 aa  410  1e-113  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>