158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1041 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_1041  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 142 aa  279  7.000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0368815 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1168  transcriptional regulator, XRE family  99.3 
 
 		 142 aa  278  2e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.092853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0971  transcriptional regulator, XRE family  97.74 
 
 		 135 aa  258  2e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.508784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3762  transcriptional regulator, XRE family  85.12 
 
 		 135 aa  207  5e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.117326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3125  XRE family transcriptional regulator  79.84 
 
 		 162 aa  206  1e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412901  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1563  transcriptional regulator, XRE family  80.95 
 
 		 135 aa  203  8e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2160  transcriptional regulator, XRE family  81.75 
 
 		 134 aa  201  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468793  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2456  XRE family transcriptional regulator  79.2 
 
 		 134 aa  195  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214066  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0155  helix-turn-helix domain-containing protein  73.77 
 
 		 135 aa  179  8.000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  69.05 
 
 		 135 aa  174  3e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4795  transcriptional regulator, XRE family  72.95 
 
 		 134 aa  173  7e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0939257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  68.85 
 
 		 134 aa  171  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3522  helix-turn-helix domain-containing protein  66.39 
 
 		 135 aa  162  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0066  XRE family transcriptional regulator  58.27 
 
 		 146 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0319384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6290  transcriptional regulator, XRE family  61.48 
 
 		 121 aa  136  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0753  XRE family transcriptional regulator  46.83 
 
 		 135 aa  111  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.057083  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2429  XRE family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 143 aa  111  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.214939  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2159  Cro/CI family transcriptional regulator  46.09 
 
 		 137 aa  106  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00000314405  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2071  Cro/CI family transcriptional regulator  46.09 
 
 		 137 aa  106  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0247654  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3923  XRE family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 140 aa  102  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.680179  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0016  transcriptional regulator, XRE family  43.31 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000711578 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7073  transcriptional regulator  42.52 
 
 		 138 aa  100  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0443  transcriptional regulator  42.64 
 
 		 140 aa  100  6e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.0000554716  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2959  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 141 aa  100  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.676432  normal  0.753241 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3208  transcriptional regulator, XRE family  38.73 
 
 		 141 aa  100  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1248  DNA-binding protein  39.52 
 
 		 137 aa  100  9e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.821781  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0045  XRE family transcriptional regulator  42.97 
 
 		 139 aa  99.4  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00000742068  hitchhiker  0.0000000000614145 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8067  transcriptional regulator  44.96 
 
 		 146 aa  98.6  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.262846  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0473  XRE family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 138 aa  97.8  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.54052 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2727  transcriptional regulator, XRE family  47.06 
 
 		 133 aa  97.8  4e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3038  XRE family transcriptional regulator  44.88 
 
 		 140 aa  97.4  6e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0014  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 139 aa  97.4  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.881591  normal  0.120221 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0447  transcriptional regulator, XRE family  45.11 
 
 		 139 aa  97.1  8e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0237  XRE family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 139 aa  95.9  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0595  XRE family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 139 aa  94.7  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.958783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0019  XRE family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 139 aa  93.2  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0558597 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0026  XRE family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 139 aa  92.8  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0051  XRE family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 138 aa  92.4  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2935  XRE family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 128 aa  91.7  3e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5225  XRE family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 140 aa  91.3  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0329  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 171 aa  91.3  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2806  putative transcriptional regulatory protein  46.36 
 
 		 131 aa  90.5  7e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6091  transcriptional regulator, XRE family  41.22 
 
 		 152 aa  89.4  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1815  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 137 aa  89  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0843474  normal  0.166838 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  40.94 
 
 		 137 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2892  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 166 aa  88.6  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.203012 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4530  XRE family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 152 aa  88.2  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2104  transcriptional regulator, XRE family  40.71 
 
 		 174 aa  87.8  4e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0021  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 161 aa  86.7  9e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9533  transcriptional regulator Cro/CI family  39.86 
 
 		 141 aa  85.5  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.140693  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3622  XRE family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 147 aa  84.3  5e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0834  XRE family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 145 aa  84.3  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.211274  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 142 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2278  XRE family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 136 aa  83.6  8e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.504941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1061  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 155 aa  83.6  9e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.161431  normal  0.803902 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3775  XRE family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 210 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0230  DNA-binding protein  35.56 
 
 		 144 aa  82.4  0.000000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0592162  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6504  transcriptional regulator, XRE family  39.69 
 
 		 152 aa  82  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0026  XRE family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 144 aa  81.3  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153059  normal  0.660956 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1149  XRE family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 120 aa  81.3  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.016899  hitchhiker  0.00000234075 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6040  transcriptional regulator, XRE family  40.31 
 
 		 134 aa  80.5  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.591688 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7198  transcriptional regulator, XRE family  40.31 
 
 		 134 aa  80.1  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0637638 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 145 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3242  XRE family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 149 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3578  XRE family transcriptional regulator  54.93 
 
 		 140 aa  78.6  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1502  XRE family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 136 aa  77.8  0.00000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2775  putative transcriptional regulator  46.3 
 
 		 123 aa  77.8  0.00000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3598  XRE family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 156 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00212083  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 119 aa  73.6  0.0000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 120 aa  73.6  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 120 aa  73.6  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 120 aa  73.6  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4093  transcriptional regulator, XRE family  53.85 
 
 		 121 aa  71.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4413  transcriptional regulator, XRE family  53.85 
 
 		 121 aa  71.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.465238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1232  XRE family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 126 aa  70.5  0.000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236768  normal  0.265611 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 123 aa  70.5  0.000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1020  XRE family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 149 aa  70.1  0.000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.638142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2505  XRE family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 128 aa  70.1  0.00000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3790  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000021488 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6073  XRE family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 148 aa  66.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1221  XRE family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 127 aa  66.2  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.309245  normal  0.121494 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1118  putative transcriptional regulator  51.67 
 
 		 213 aa  64.7  0.0000000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0894  transcriptional regulator  51.67 
 
 		 215 aa  63.9  0.0000000006  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2958  transcriptional regulator HTH family  36.04 
 
 		 134 aa  63.2  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3608  XRE family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 130 aa  62.4  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6134  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 139 aa  60.5  0.000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.577442 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3398  XRE family transcriptional regulator  55.77 
 
 		 180 aa  60.5  0.000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 113 aa  59.3  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5734  XRE family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 124 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3777  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 125 aa  57.8  0.00000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3505  transcriptional regulator, XRE family  34.07 
 
 		 135 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.497351 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3628  transcriptional regulator, XRE family  35.66 
 
 		 135 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.422451  normal  0.286276 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3305  helix-turn-helix domain-containing protein  35.66 
 
 		 135 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.875341  normal  0.568841 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5909  transcriptional regulator, XRE family  43.66 
 
 		 149 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.27764  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  34.82 
 
 		 114 aa  55.5  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7356  XRE family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 84 aa  53.5  0.0000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.87835  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2300  transcriptional regulator, XRE family  44.78 
 
 		 135 aa  52.4  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0137231  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4492  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 135 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0255  transcriptional regulator, putative  29.52 
 
 		 308 aa  50.4  0.000009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6062  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 138 aa  50.4  0.000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>