More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1005 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  99.71 
 
 		 343 aa  668    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 		 343 aa  670    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  91.72 
 
 		 345 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  72.31 
 
 		 336 aa  443  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  70.99 
 
 		 337 aa  435  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  70.82 
 
 		 334 aa  423  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.26 
 
 		 326 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  53.63 
 
 		 482 aa  362  7.0000000000000005e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  64.26 
 
 		 334 aa  350  2e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  63.64 
 
 		 324 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  58.98 
 
 		 377 aa  345  8e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  52.48 
 
 		 336 aa  344  1e-93  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  63.32 
 
 		 426 aa  341  1e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.76 
 
 		 347 aa  340  2e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.31 
 
 		 334 aa  340  2e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  59.39 
 
 		 351 aa  338  9.999999999999999e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  54.46 
 
 		 334 aa  336  2.9999999999999997e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  54.27 
 
 		 341 aa  335  7.999999999999999e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  61.16 
 
 		 391 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  55.7 
 
 		 341 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  55.7 
 
 		 343 aa  325  1e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.27 
 
 		 343 aa  322  4e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  57.1 
 
 		 346 aa  321  9.999999999999999e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  54.75 
 
 		 342 aa  320  1.9999999999999998e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2859  pseudouridine synthase, RluD  65.75 
 
 		 264 aa  315  9e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  56.79 
 
 		 342 aa  311  1e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  52.58 
 
 		 322 aa  298  8e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.61 
 
 		 343 aa  298  1e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.34 
 
 		 335 aa  295  1e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  54.34 
 
 		 332 aa  294  2e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.94 
 
 		 349 aa  291  1e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.85 
 
 		 321 aa  290  2e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  54.49 
 
 		 351 aa  290  3e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  53.94 
 
 		 349 aa  290  3e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  53.56 
 
 		 349 aa  285  8e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.07 
 
 		 332 aa  283  2.0000000000000002e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.3 
 
 		 337 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  50.15 
 
 		 376 aa  283  4.0000000000000003e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2610  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.85 
 
 		 347 aa  278  8e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000916578 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50 
 
 		 310 aa  268  1e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  46.37 
 
 		 323 aa  263  3e-69  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  45.48 
 
 		 313 aa  259  4e-68  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  48.87 
 
 		 326 aa  259  6e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  50.97 
 
 		 322 aa  257  2e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  43.33 
 
 		 313 aa  256  3e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.69 
 
 		 332 aa  252  6e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  46.63 
 
 		 315 aa  252  6e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  46.6 
 
 		 320 aa  251  1e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  51.6 
 
 		 331 aa  249  5e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2215  RluA family pseudouridine synthase  48.67 
 
 		 341 aa  249  6e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.54 
 
 		 322 aa  249  7e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  47.27 
 
 		 306 aa  248  7e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.03 
 
 		 319 aa  248  1e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  46.62 
 
 		 306 aa  248  1e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.65 
 
 		 313 aa  248  1e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  46.45 
 
 		 304 aa  247  2e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  45.16 
 
 		 306 aa  244  9.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  43.09 
 
 		 314 aa  244  1.9999999999999999e-63  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  44.84 
 
 		 304 aa  243  3.9999999999999997e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  40.92 
 
 		 341 aa  242  7.999999999999999e-63  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  45.99 
 
 		 319 aa  240  2e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  45.99 
 
 		 319 aa  239  4e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  45.48 
 
 		 305 aa  237  2e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  48.56 
 
 		 326 aa  237  2e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  43.25 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.39 
 
 		 303 aa  237  2e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  42.06 
 
 		 329 aa  237  3e-61  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  42.64 
 
 		 348 aa  235  8e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  45.72 
 
 		 355 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  43.55 
 
 		 302 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  41.8 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.8 
 
 		 302 aa  233  3e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0486  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.49 
 
 		 337 aa  233  3e-60  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.766955  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.8 
 
 		 302 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.8 
 
 		 302 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  41.8 
 
 		 302 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  43.04 
 
 		 305 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.75 
 
 		 313 aa  233  5e-60  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  41.49 
 
 		 302 aa  233  5e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  42.9 
 
 		 302 aa  232  7.000000000000001e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.8 
 
 		 302 aa  232  8.000000000000001e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.58 
 
 		 312 aa  232  8.000000000000001e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.27 
 
 		 303 aa  231  1e-59  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  42.58 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.37 
 
 		 334 aa  230  2e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  41.49 
 
 		 302 aa  231  2e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  45.2 
 
 		 310 aa  230  3e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  46.77 
 
 		 320 aa  230  3e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.09 
 
 		 348 aa  228  9e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  42.01 
 
 		 305 aa  228  9e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  46.45 
 
 		 320 aa  228  9e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.64 
 
 		 438 aa  228  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  43.77 
 
 		 306 aa  228  1e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  44.41 
 
 		 431 aa  228  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  48.1 
 
 		 309 aa  226  3e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.02 
 
 		 356 aa  226  4e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.77 
 
 		 350 aa  226  4e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.92 
 
 		 323 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  46.25 
 
 		 315 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.77 
 
 		 305 aa  225  8e-58  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>