More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0847 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_0771  CDP-glucose 4,6-dehydratase  91.55 
 
 
372 aa  676    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0223168 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0847  CDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
368 aa  734    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.307113  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0806  CDP-glucose 4,6-dehydratase  98.08 
 
 
364 aa  714    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0841534  normal  0.289555 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1880  CDP-glucose 4,6-dehydratase  60.34 
 
 
358 aa  421  1e-117  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.457819 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.38 
 
 
358 aa  421  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal  0.168772 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  57.91 
 
 
357 aa  411  1e-114  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3190  CDP-glucose 4,6-dehydratase  56.53 
 
 
357 aa  409  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.170575  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3050  CDP-glucose 4,6-dehydratase  56.53 
 
 
391 aa  409  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2291  CDP-glucose 4,6-dehydratase  62.5 
 
 
361 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0332  CDP-glucose 4,6-dehydratase  58.07 
 
 
364 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.106161  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3789  CDP-glucose 4,6-dehydratase  56.86 
 
 
361 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  57.58 
 
 
372 aa  397  1e-109  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2273  CDP-glucose 4,6-dehydratase  54.26 
 
 
359 aa  391  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124958 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0774  CDP-glucose 4,6-dehydratase  54.47 
 
 
362 aa  393  1e-108  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0920711 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2324  CDP-glucose 4,6-dehydratase  54.26 
 
 
359 aa  392  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00566999 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2431  CDP-glucose 4,6-dehydratase  54.26 
 
 
359 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.310419  hitchhiker  0.0000678484 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0569  CDP-glucose 4,6-dehydratase  55.9 
 
 
361 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76383  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0663  CDP-glucose 4,6-dehydratase  55.9 
 
 
361 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1962  CDP-glucose 4,6-dehydratase  55.9 
 
 
357 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2317  CDP-glucose 4,6-dehydratase  53.98 
 
 
359 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0156634 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3349  CDP-glucose 4,6-dehydratase  56.13 
 
 
358 aa  391  1e-107  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2216  CDP-glucose 4,6-dehydratase  54.26 
 
 
359 aa  391  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.776521  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0709  CDP-glucose 4,6-dehydratase  53.8 
 
 
356 aa  385  1e-106  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1689  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.73 
 
 
357 aa  385  1e-106  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0856  CDP-glucose 4,6-dehydratase  57.1 
 
 
367 aa  384  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1983  CDP-glucose 4,6-dehydratase (O-antigen-related)  55.49 
 
 
357 aa  380  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1960  CDP-glucose 4,6-dehydratase  54.39 
 
 
362 aa  369  1e-101  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1131  CDP-glucose 4,6-dehydratase  55.18 
 
 
367 aa  365  1e-100  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  56.86 
 
 
355 aa  357  1.9999999999999998e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3718  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.35 
 
 
360 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.316077  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4735  CDP-glucose 4,6-dehydratase  53.54 
 
 
363 aa  344  2e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal  0.159125 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.7 
 
 
360 aa  344  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3658  CDP-glucose 4,6-dehydratase  53.54 
 
 
363 aa  344  2e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.758357  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1480  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.99 
 
 
353 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.988255 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4510  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.01 
 
 
354 aa  341  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0220164  normal  0.0184859 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4218  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.44 
 
 
354 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.527744  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27770  CDP-glucose 4,6-dehydratase  53.6 
 
 
358 aa  339  5.9999999999999996e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1424  hypothetical protein  47.43 
 
 
361 aa  335  5.999999999999999e-91  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0353322  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3529  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.63 
 
 
362 aa  326  5e-88  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1702  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.48 
 
 
362 aa  325  7e-88  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.412551  hitchhiker  0.000000000000117345 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0592  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.9 
 
 
358 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0627  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.72 
 
 
366 aa  320  3e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4602  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.99 
 
 
359 aa  319  5e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0921242  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3352  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.28 
 
 
362 aa  316  3e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.45248 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0777  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.43 
 
 
358 aa  315  7e-85  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3400  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.44 
 
 
351 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3374  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.16 
 
 
351 aa  314  1.9999999999999998e-84  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2715  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.69 
 
 
366 aa  313  3.9999999999999997e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.525402  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0061  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.55 
 
 
368 aa  310  2e-83  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0769235  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3396  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.87 
 
 
351 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3070  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.87 
 
 
351 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3695  CDP-glucose-4,6-dehydratase, putative  49.43 
 
 
368 aa  306  3e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2191  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.37 
 
 
365 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00831743  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3062  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.42 
 
 
352 aa  301  8.000000000000001e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2888  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.25 
 
 
368 aa  301  1e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1909  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.3 
 
 
369 aa  300  2e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.15 
 
 
357 aa  299  6e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4419  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.27 
 
 
361 aa  299  6e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.22 
 
 
366 aa  298  8e-80  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000773514 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12911  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.94 
 
 
366 aa  294  1e-78  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.253167  hitchhiker  0.00798919 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1257  NAD-dependent epimerase/dehydratase:polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.39 
 
 
365 aa  294  2e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07611  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.77 
 
 
360 aa  293  3e-78  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0387  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.44 
 
 
367 aa  293  3e-78  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2561  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.2 
 
 
379 aa  290  2e-77  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.32 
 
 
371 aa  289  5.0000000000000004e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1258  CDP-glucose 4,6-dehydratase  53.3 
 
 
364 aa  289  6e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.7 
 
 
367 aa  288  1e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.295037  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0130  CDP-glucose 4,6-dehydratase  38.9 
 
 
353 aa  287  2e-76  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.837916  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.54 
 
 
365 aa  285  7e-76  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.61 
 
 
366 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1603  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.77 
 
 
371 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.98 
 
 
386 aa  269  5e-71  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.824232 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3334  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.7 
 
 
386 aa  268  1e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10410  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.66 
 
 
395 aa  267  2e-70  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1872  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.52 
 
 
357 aa  224  2e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.986998  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.33 
 
 
331 aa  155  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2838  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.1 
 
 
324 aa  149  1.0000000000000001e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904735  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.02 
 
 
331 aa  139  7e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.759181  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.14 
 
 
406 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.42 
 
 
413 aa  106  6e-22  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.245536  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.17 
 
 
411 aa  104  2e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000639635 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.64 
 
 
329 aa  95.9  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.37 
 
 
417 aa  86.7  6e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0350628  normal  0.478432 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.76 
 
 
409 aa  81.3  0.00000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0896944  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.63 
 
 
367 aa  80.5  0.00000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.07 
 
 
342 aa  79.7  0.00000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.503744  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3491  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.94 
 
 
354 aa  77.4  0.0000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.370229 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.94 
 
 
329 aa  76.6  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.35 
 
 
353 aa  76.3  0.0000000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.25 
 
 
356 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.724349  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1658  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.63 
 
 
359 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.548961  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1711  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.8 
 
 
330 aa  74.7  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3582  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.76 
 
 
342 aa  74.7  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1763  GDP-mannose 4,6-dehydratase  22.13 
 
 
345 aa  73.9  0.000000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4019  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.7 
 
 
368 aa  73.9  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4022  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.67 
 
 
360 aa  73.6  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1237  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.14 
 
 
354 aa  73.2  0.000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0331  GDP-mannose 4,6-dehydratase  34.52 
 
 
322 aa  72.4  0.00000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0715  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.3 
 
 
353 aa  72.4  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256455  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.75 
 
 
315 aa  72.4  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.973707  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>