More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0401 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_0401  ribonuclease PH  100 
 
 
237 aa  483  1e-136  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0434  ribonuclease PH  99.58 
 
 
237 aa  482  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.197772  normal  0.874562 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0469  ribonuclease PH  97.05 
 
 
237 aa  473  1e-132  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.221251  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4763  ribonuclease PH  83.9 
 
 
237 aa  421  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.125649  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2943  ribonuclease PH  88.19 
 
 
237 aa  418  1e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.773664  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4253  ribonuclease PH  83.47 
 
 
237 aa  417  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0778  ribonuclease PH  75.85 
 
 
237 aa  368  1e-101  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.225332  normal  0.269396 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2151  ribonuclease PH  73.42 
 
 
237 aa  369  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0397  ribonuclease PH  73.11 
 
 
239 aa  366  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2535  ribonuclease PH  73.31 
 
 
237 aa  366  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3580  ribonuclease PH  72.57 
 
 
238 aa  361  5.0000000000000005e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0010  ribonuclease PH  71.01 
 
 
239 aa  359  2e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000167054 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0182  ribonuclease PH  70.17 
 
 
238 aa  357  9.999999999999999e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4016  ribonuclease PH  71.85 
 
 
238 aa  356  1.9999999999999998e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.761364  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0006  ribonuclease PH  70.59 
 
 
239 aa  355  3.9999999999999996e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.105449 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0151  ribonuclease PH  72.57 
 
 
237 aa  355  3.9999999999999996e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0167  ribonuclease PH  70.59 
 
 
238 aa  353  1e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.685694  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0173  ribonuclease PH  70.17 
 
 
238 aa  352  2.9999999999999997e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0332  ribonuclease PH  71.19 
 
 
237 aa  351  7e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0178765  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0193  ribonuclease PH  71.31 
 
 
237 aa  350  8e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.238367 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0425  ribonuclease PH  70.89 
 
 
237 aa  350  1e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0395  ribonuclease PH  70.89 
 
 
237 aa  349  2e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0006  ribonuclease PH  68.78 
 
 
239 aa  348  6e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00173681 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0186  ribonuclease PH  69.62 
 
 
237 aa  346  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0325  ribonuclease PH  69.87 
 
 
239 aa  344  7e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3641  ribonuclease PH  64.14 
 
 
240 aa  315  4e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3463  ribonuclease PH  66.81 
 
 
237 aa  309  2.9999999999999997e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3851  ribonuclease PH  63.29 
 
 
238 aa  301  5.000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.92407  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3006  ribonuclease PH  62.71 
 
 
238 aa  301  6.000000000000001e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0010  ribonuclease PH  61.18 
 
 
241 aa  300  2e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2589  ribonuclease PH  62.29 
 
 
238 aa  298  4e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.704715  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0167  ribonuclease PH  61.18 
 
 
242 aa  296  2e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.43547 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4105  ribonuclease PH  62.55 
 
 
243 aa  295  4e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.12332  normal  0.156755 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3683  ribonuclease PH  62.29 
 
 
239 aa  295  4e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0449428 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2474  ribonuclease PH  60.76 
 
 
242 aa  295  5e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0043  ribonuclease PH  61.02 
 
 
238 aa  293  2e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0207  ribonuclease PH  60.34 
 
 
238 aa  293  2e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3844  ribonuclease PH  59.92 
 
 
237 aa  291  6e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0518  ribonuclease PH  61.7 
 
 
246 aa  291  6e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0957  ribonuclease PH  61.7 
 
 
246 aa  291  6e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.88797  normal  0.461387 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0997  ribonuclease PH  61.7 
 
 
246 aa  291  6e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0112  ribonuclease PH  60.34 
 
 
237 aa  291  8e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1221  ribonuclease PH  60.59 
 
 
241 aa  289  2e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0468806  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2882  ribonuclease PH  60.59 
 
 
237 aa  289  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2658  ribonuclease PH  60.17 
 
 
237 aa  289  3e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.624871  normal  0.811384 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0319  ribonuclease PH  60.59 
 
 
237 aa  288  5.0000000000000004e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3488  ribonuclease PH  59.49 
 
 
237 aa  288  7e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0254  ribonuclease PH  63.98 
 
 
238 aa  287  9e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.41574 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0456  ribonuclease PH  60.17 
 
 
237 aa  286  2e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04048  ribonuclease PH  59.49 
 
 
237 aa  285  2.9999999999999996e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0869  ribonuclease PH  60 
 
 
246 aa  285  5e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4256  ribonuclease PH  59.75 
 
 
237 aa  285  5e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2403  ribonuclease PH  60.43 
 
 
246 aa  285  5e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0857  ribonuclease PH  60 
 
 
246 aa  285  5e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2872  ribonuclease PH  59.07 
 
 
237 aa  284  7e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.51038  normal  0.0590595 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2960  ribonuclease PH  58.47 
 
 
239 aa  283  1.0000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.552332  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0852  ribonuclease PH  60.17 
 
 
238 aa  284  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0159871  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3604  ribonuclease PH  59.32 
 
 
237 aa  283  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0352  ribonuclease PH  59.32 
 
 
237 aa  283  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.666936 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3777  ribonuclease PH  59.32 
 
 
237 aa  283  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2159  ribonuclease PH  59.75 
 
 
238 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0019254  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001827  ribonuclease PH  59.07 
 
 
238 aa  283  2.0000000000000002e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0308379  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2311  ribonuclease PH  60.17 
 
 
239 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3479  ribonuclease PH  59.32 
 
 
239 aa  283  2.0000000000000002e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.36463 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2098  ribonuclease PH  59.75 
 
 
243 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0813  ribonuclease PH  59.75 
 
 
243 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.696355  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3051  ribonuclease PH  59.75 
 
 
243 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3017  ribonuclease PH  59.75 
 
 
243 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.109379  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2646  ribonuclease PH  59.75 
 
 
243 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1966  ribonuclease PH  59.75 
 
 
243 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.211424  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00648  ribonuclease PH  58.65 
 
 
240 aa  282  4.0000000000000003e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2951  ribonuclease PH  59.75 
 
 
243 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.304043  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4386  ribonuclease PH  58.72 
 
 
239 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0782226 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2477  ribonuclease PH  58.9 
 
 
239 aa  281  7.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.804398  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4282  ribonuclease PH  58.47 
 
 
237 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.887311  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1584  ribonuclease PH  60.43 
 
 
243 aa  281  9e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0858  ribonuclease PH  60.85 
 
 
244 aa  280  1e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0051  ribonuclease PH  58.47 
 
 
243 aa  280  1e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.264051  normal  0.249454 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2705  tRNA nucleotidyltransferase  59.57 
 
 
241 aa  279  2e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0973  ribonuclease PH  57.38 
 
 
238 aa  280  2e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2280  ribonuclease PH  59.32 
 
 
238 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.865381 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0705  ribonuclease PH  60 
 
 
241 aa  280  2e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.531661 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1994  ribonuclease PH  58.72 
 
 
235 aa  279  3e-74  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1989  ribonuclease PH  58.72 
 
 
235 aa  279  3e-74  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1977  ribonuclease PH  61.11 
 
 
242 aa  279  3e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.87042  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2343  ribonuclease PH  61.11 
 
 
242 aa  279  3e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1080  ribonuclease PH  58.87 
 
 
246 aa  278  4e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0923  ribonuclease PH  60.43 
 
 
244 aa  278  4e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0027923 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2035  ribonuclease PH  60.78 
 
 
238 aa  278  4e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2446  ribonuclease PH  60.17 
 
 
238 aa  278  8e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.354995 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1960  ribonuclease PH  58.9 
 
 
238 aa  277  9e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0244748  normal  0.445772 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0378  ribonuclease PH  59.92 
 
 
237 aa  276  1e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000579905 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0320  ribonuclease PH  57.63 
 
 
237 aa  277  1e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6110  ribonuclease PH  59.32 
 
 
239 aa  276  2e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.229557  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4024  ribonuclease PH  62.71 
 
 
243 aa  276  2e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0903  ribonuclease PH  57.87 
 
 
246 aa  276  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.398117  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0667  ribonuclease PH  57.45 
 
 
246 aa  276  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.500053  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70420  ribonuclease PH  59.32 
 
 
239 aa  276  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2256  ribonuclease PH  57.2 
 
 
238 aa  276  2e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000012272  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1339  ribonuclease PH  59.07 
 
 
243 aa  275  3e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>