More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0224 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_0224  cytochrome c oxidase subunit III  100 
 
 
229 aa  456  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0168  cytochrome c oxidase subunit III  98.69 
 
 
229 aa  451  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0413962 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0026  cytochrome c oxidase subunit III  79.3 
 
 
229 aa  355  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.471967 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6231  cytochrome c oxidase subunit III  75.12 
 
 
225 aa  301  7.000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.211629  normal  0.107946 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5815  cytochrome c oxidase subunit III  56.42 
 
 
225 aa  236  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.186525  hitchhiker  0.0033512 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6884  cytochrome c oxidase subunit III  54.34 
 
 
215 aa  229  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4178  cytochrome c oxidase, subunit III  57.94 
 
 
211 aa  217  1e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.304449  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4437  cytochrome c oxidase, subunit III  43.43 
 
 
209 aa  152  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.424494  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1246  cytochrome/quinol oxidase subunit 3  43.08 
 
 
214 aa  146  3e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2704  cytochrome c oxidase subunit III  44.95 
 
 
224 aa  138  6e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  0.321582 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1586  cytochrome c oxidase subunit III  37.95 
 
 
234 aa  135  4e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2994  cytochrome c oxidase, subunit III  35.32 
 
 
229 aa  131  6.999999999999999e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1036  cytochrome c oxidase subunit III  38.14 
 
 
219 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0806413 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0231  cytochrome c oxidase subunit III  37.11 
 
 
226 aa  125  5e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.38618  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2273  cytochrome c oxidase, subunit III  37.45 
 
 
235 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.545672  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0826  cytochrome c oxidase subunit III  38.61 
 
 
215 aa  123  3e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.648896  normal  0.196045 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0805  cytochrome c oxidase, subunit III  35.57 
 
 
209 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0857  cytochrome c oxidase subunit III  35.57 
 
 
209 aa  118  6e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0853  cytochrome c oxidase subunit III  35.57 
 
 
209 aa  118  6e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0044  cytochrome c oxidase subunit III  37.44 
 
 
199 aa  118  6e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.388042  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1678  cytochrome c oxidase subunit III  38.05 
 
 
234 aa  116  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1602  cytochrome c oxidase subunit III  39.05 
 
 
234 aa  116  3e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0896497  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1520  cytochrome c oxidase subunit III  36.48 
 
 
259 aa  115  3.9999999999999997e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.34828  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5946  cytochrome c oxidase subunit III  36.55 
 
 
211 aa  115  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0220  cytochrome c oxidase, subunit III  40.62 
 
 
200 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0850  cytochrome c oxidase subunit III  36.92 
 
 
211 aa  113  3e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0043  cytochrome c oxidase subunit III  42.71 
 
 
199 aa  111  9e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000712999 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0250  cytochrome c oxidase, subunit III  42.11 
 
 
200 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.256401  normal  0.022866 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1540  cytochrome c oxidase subunit III  38.62 
 
 
199 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0407  cytochrome c oxidase, subunit III  40.1 
 
 
196 aa  108  6e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1824  cytochrome c oxidase, subunit III  40.41 
 
 
199 aa  106  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.240701  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2421  cytochrome c oxidase subunit III  31.03 
 
 
262 aa  105  7e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0162196  normal  0.448728 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2527  caa3-type cytochrome c oxidase, subunit III  39.6 
 
 
201 aa  101  1e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00772107  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3187  nitric oxide reductase E protein  38.25 
 
 
184 aa  99.4  5e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0535  cytochrome c oxidase subunit III  37.24 
 
 
198 aa  95.9  4e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.177568 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3105  cytochrome c oxidase subunit I  33.01 
 
 
819 aa  95.1  7e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2248  cytochrome c oxidase subunit I  33.87 
 
 
825 aa  93.2  3e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0263  cytochrome c oxidase subunit I  34.22 
 
 
827 aa  89.7  4e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0374509  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1513  cytochrome c oxidase subunit III  36.07 
 
 
184 aa  86.7  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1813  cytochrome c oxidase, subunit III  33.51 
 
 
194 aa  85.9  4e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4575  cytochrome c oxidase, subunit III  31.75 
 
 
200 aa  84.7  9e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.383719 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0513  cytochrome c oxidase subunit III  33.01 
 
 
202 aa  84.7  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1346  cytochrome c oxidase, subunit III  36.32 
 
 
209 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0703851  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0786  cytochrome c oxidase subunit I  30.98 
 
 
832 aa  83.6  0.000000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0454101  normal  0.689784 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0819  cytochrome c oxidase, subunit III  30.32 
 
 
203 aa  84  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0985  cytochrome c oxidase subunit III  30.99 
 
 
206 aa  82.8  0.000000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3895  cytochrome c oxidase subunit III  27.85 
 
 
240 aa  82.8  0.000000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1250  cytochrome c oxidase, subunit III  30.65 
 
 
197 aa  79.3  0.00000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.287461  hitchhiker  0.0000975001 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1857  Cytochrome-c oxidase  33.33 
 
 
206 aa  79  0.00000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2116  cytochrome c oxidase, subunit III  37.16 
 
 
198 aa  77.8  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.479128 
 
 
-
 
NC_014250  Aazo_5355  cytochrome c oxidase  30.77 
 
 
229 aa  76.6  0.0000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2361  cytochrome c oxidase subunit III  27.23 
 
 
241 aa  76.3  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6291  cytochrome c oxidase subunit III  32.46 
 
 
183 aa  74.7  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2428  cytochrome c oxidase subunit III  29.56 
 
 
240 aa  74.7  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1777  cytochrome c oxidase, subunit III  30.11 
 
 
211 aa  74.3  0.000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.723591  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3679  hypothetical protein  35.52 
 
 
202 aa  73.6  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.668184 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3161  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  30.16 
 
 
209 aa  72.8  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000281204 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2812  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  30.16 
 
 
213 aa  72.8  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2267  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  30.41 
 
 
211 aa  72.8  0.000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.462963  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2777  cytochrome c oxidase, subunit III  31.44 
 
 
211 aa  72.4  0.000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.735853 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3791  cytochrome c oxidase, subunit III  32.07 
 
 
198 aa  72.4  0.000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0359951  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3864  cytochrome c oxidase, subunit III  32.07 
 
 
198 aa  72.4  0.000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  decreased coverage  0.00290565  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2604  cytochrome c oxidase subunit III  29.95 
 
 
195 aa  71.6  0.000000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.204507 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3575  cytochrome c oxidase subunit III  29.65 
 
 
222 aa  71.6  0.000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515089  normal  0.0102703 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3556  cytochrome c oxidase subunit III  31.72 
 
 
203 aa  71.6  0.000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2915  transmembrane cytochrome O ubiquinol oxidase (subunit III) oxidoreductase protein  30.32 
 
 
211 aa  71.2  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164077  normal  0.269801 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3192  putative additional subunit of nitric oxide reductase (Nor) complex, membrane protein  29.65 
 
 
201 aa  70.9  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3795  cytochrome c oxidase, subunit III  32.07 
 
 
198 aa  71.2  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.478856  normal  0.908261 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1677  cytochrome c oxidase subunit III  29.57 
 
 
206 aa  71.2  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.881512  normal  0.222894 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2265  cytochrome c oxidase, subunit III  31.72 
 
 
202 aa  70.9  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0106  cytochrome c oxidase subunit III  28.87 
 
 
208 aa  70.5  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4073  cytochrome c oxidase subunit III  29.57 
 
 
214 aa  70.1  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2591  cytochrome c oxidase subunit III  26.94 
 
 
239 aa  69.7  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0750722  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1163  cytochrome c oxidase, subunit III family protein  28.57 
 
 
209 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.322361  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0560  putative additional subunit of nitric oxide reductase (Nor) complex, membrane protein  27.87 
 
 
197 aa  69.7  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0830367  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2238  cytochrome c oxidase, subunit III family protein  28.57 
 
 
209 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.394617  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0911  cytochrome c oxidase, subunit III  28.57 
 
 
209 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0998  cytochrome c oxidase, subunit III  27.81 
 
 
209 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12651  cytochrome c oxidase subunit III  25 
 
 
198 aa  68.6  0.00000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1900  Cytochrome-c oxidase  28.26 
 
 
208 aa  68.2  0.00000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.910491  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3295  cytochrome c oxidase, subunit III  30.85 
 
 
199 aa  68.2  0.00000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.496142  normal  0.166605 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0077  cytochrome c oxidase, subunit III family protein  28.04 
 
 
209 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0129097  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0530  cytochrome c oxidase subunit III  31.05 
 
 
207 aa  68.2  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1541  cytochrome c oxidase, subunit III family protein  28.04 
 
 
209 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3991  cytochrome c oxidase subunit III  34.71 
 
 
305 aa  67.8  0.0000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.632363  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3248  Cytochrome-c oxidase  32.28 
 
 
206 aa  67.8  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00270842  hitchhiker  0.0000224641 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0227  ubiquinol oxidase, subunit III  29 
 
 
202 aa  67  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1958  cytochrome c oxidase subunit III  32.34 
 
 
298 aa  67  0.0000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.631978  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1977  cytochrome c oxidase, subunit III  28.23 
 
 
243 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.888389  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1371  ubiquinol oxidase, subunit III  29 
 
 
202 aa  67  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.819538  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0950  cytochrome c oxidase subunit III  29.47 
 
 
214 aa  67.4  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.454047  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4932  cytochrome c oxidase, subunit III  29.84 
 
 
193 aa  67.4  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.318049  normal  0.0324373 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2570  ubiquinol oxidase, subunit III  29 
 
 
197 aa  67  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0984  transmembrane cytochrome O ubiquinol oxidase (subunit III) oxidoreductase protein  28.88 
 
 
217 aa  66.6  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.553307  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4384  cytochrome c oxidase subunit III  28.5 
 
 
187 aa  66.6  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0276  cytochrome c oxidase, subunit III  26.18 
 
 
204 aa  66.6  0.0000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.18856  normal  0.0430335 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1213  cytochrome c oxidase subunit III  30.14 
 
 
208 aa  66.2  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.84888  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1880  Cytochrome-c oxidase  37.63 
 
 
319 aa  66.2  0.0000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06401  cytochrome c oxidase, subunit III  31.25 
 
 
207 aa  66.2  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0898782 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1639  cytochrome c oxidase subunit III  28.86 
 
 
202 aa  65.9  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>