More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0096 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_0096  cytochrome c oxidase, subunit II  100 
 
 
334 aa  676  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.296292  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2347  cytochrome c oxidase, subunit II  82.04 
 
 
334 aa  559  1e-158  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2991  cytochrome c oxidase, subunit II  81.07 
 
 
338 aa  535  1e-151  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336386  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6354  cytochrome c oxidase subunit II  55.62 
 
 
334 aa  372  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5244  cytochrome c oxidase, subunit II  47.99 
 
 
326 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.868201 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5826  cytochrome c oxidase, subunit II  49.55 
 
 
330 aa  284  1e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1449  cytochrome c oxidase, subunit II  42.22 
 
 
346 aa  244  1e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.015711 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0697  cytochrome c oxidase, subunit II  50.23 
 
 
322 aa  236  4e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3379  cytochrome c oxidase, subunit II  48.25 
 
 
318 aa  233  3e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1767  cytochrome c oxidase, subunit II  42.2 
 
 
352 aa  228  2e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.204958  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4792  cytochrome c oxidase, subunit II  40.99 
 
 
354 aa  226  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0280165  normal  0.517537 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2792  cytochrome c oxidase, subunit II  41.76 
 
 
330 aa  225  8e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.625738  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0771  cytochrome c oxidase, subunit II  40.84 
 
 
381 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0315373  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0945  cytochrome oxidase subunit II  41.16 
 
 
372 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.891376  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0783  cytochrome c oxidase, subunit II  40.84 
 
 
372 aa  222  7e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0460  cytochrome c oxidase, subunit II  38.72 
 
 
353 aa  219  8e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.354816  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0167  putative cytochrome c oxidase subunit II  41.59 
 
 
371 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.26265  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1993  cytochrome c oxidase, subunit II  42.95 
 
 
314 aa  215  1e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2183  putative cytochrome c oxidase polypeptide II precursor  40.06 
 
 
338 aa  212  6e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4760  cytochrome c oxidase subunit II  38.82 
 
 
327 aa  212  7e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  0.0836993 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2266  cytochrome c, monohaem  39.88 
 
 
336 aa  210  3e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.380948  normal  0.0167103 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6572  cytochrome c, monohaem  42.12 
 
 
352 aa  209  6e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.381109  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2026  cytochrome c oxidase, subunit II  40.82 
 
 
346 aa  208  9e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  9.05775e-05 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6286  cytochrome c oxidase, subunit II  41.8 
 
 
352 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257472  normal  0.0263748 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6539  cytochrome c, monohaem  39.29 
 
 
434 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.537411  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1292  cytochrome c oxidase, subunit II  39.17 
 
 
354 aa  203  4e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0079  putative cytochrome c oxidase subunit II  47.47 
 
 
342 aa  202  7e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.917681  hitchhiker  0.00234837 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6146  cytochrome c oxidase, subunit II  39.62 
 
 
353 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.870856  normal  0.304247 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3892  cytochrome c oxidase subunit II  47.51 
 
 
345 aa  199  7e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.740774  normal  0.178097 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5491  cytochrome c oxidase, subunit II  43.78 
 
 
355 aa  197  2e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.31459  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5502  cytochrome c oxidase, subunit II  42.75 
 
 
370 aa  196  6e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.535121  normal  0.0572426 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3558  cytochrome c oxidase subunit II  36.78 
 
 
370 aa  195  8e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.22857 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  37.26 
 
 
311 aa  191  1e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  36.83 
 
 
367 aa  191  2e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1705  cytochrome c, monohaem  42.32 
 
 
324 aa  186  5e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.829367  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11170  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit II  39.94 
 
 
315 aa  183  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.761021  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0104  cytochrome c oxidase subunit II  34.6 
 
 
359 aa  181  1e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.100023  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0118  cytochrome c oxidase, subunit IIC  42.32 
 
 
324 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.134505  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1754  cytochrome c, monohaem  43.12 
 
 
324 aa  179  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2072  cytochrome c oxidase, subunit II  32.35 
 
 
425 aa  154  2e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.54281 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0628  cytochrome c oxidase, subunit II  32.39 
 
 
351 aa  154  3e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0407  cytochrome c oxidase, subunit II  31.62 
 
 
435 aa  142  1e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0709  cytochrome c oxidase subunit II  29.94 
 
 
355 aa  140  2e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.669005  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01475  chain II protein of putative cytochrome c oxidase  36.89 
 
 
234 aa  137  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4435  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  36.36 
 
 
316 aa  129  5e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0428074  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3770  cytochrome c oxidase subunit II  27.74 
 
 
349 aa  129  9e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2646  cytochrome c oxidase subunit II  28.24 
 
 
349 aa  128  1e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0991495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3856  cytochrome c oxidase subunit II  27.74 
 
 
349 aa  126  4e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.15254  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4154  cytochrome c oxidase subunit II  27.74 
 
 
349 aa  126  4e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3959  cytochrome c oxidase, subunit II  27.74 
 
 
349 aa  126  5e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3704  cytochrome c oxidase, subunit II  27.74 
 
 
349 aa  126  5e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.136015  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3687  cytochrome c oxidase, subunit II  27.74 
 
 
349 aa  126  5e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4062  cytochrome c oxidase, subunit II  27.74 
 
 
349 aa  126  5e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  27.74 
 
 
349 aa  126  6e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4046  cytochrome c oxidase, subunit II  27.44 
 
 
349 aa  125  7e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1193  cytochrome c oxidase, subunit II  27.44 
 
 
349 aa  125  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0229  cytochrome c oxidase, subunit II  30.86 
 
 
316 aa  120  3e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0502681  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0156  cytochrome c oxidase, subunit II  38.5 
 
 
232 aa  119  5e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5817  cytochrome c oxidase, subunit II  30.99 
 
 
310 aa  115  1e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.156146  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3849  cytochrome c oxidase, subunit II  36.57 
 
 
235 aa  114  2e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.26025  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1588  cytochrome c oxidase, subunit II  31.44 
 
 
342 aa  114  2e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5948  cytochrome c oxidase, subunit II  32.11 
 
 
318 aa  114  2e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2313  cytochrome c oxidase, subunit II  32.77 
 
 
244 aa  114  3e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.210732  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0983  cytochrome c oxidase, subunit II  31.76 
 
 
356 aa  113  4e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1855  cytochrome c oxidase, subunit II  31.03 
 
 
356 aa  112  6e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  28.66 
 
 
314 aa  112  7e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.548982  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6886  cytochrome c oxidase, subunit II  29.23 
 
 
313 aa  112  1e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2962  cytochrome c oxidase, subunit II  30.36 
 
 
401 aa  110  4e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2811  cytochrome c oxidase, subunit II  30.36 
 
 
401 aa  110  4e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6229  cytochrome c oxidase, subunit II  31.67 
 
 
359 aa  108  9e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.24435  normal  0.0456922 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0563  cytochrome c oxidase subunit II  33.04 
 
 
394 aa  108  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5130  cytochrome c oxidase subunit II  28.03 
 
 
384 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1522  cytochrome c oxidase, subunit II  29.45 
 
 
330 aa  106  5e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0222  cytochrome c oxidase, subunit II  30.36 
 
 
362 aa  106  7e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0145699  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3459  cytochrome c oxidase, subunit II  32.29 
 
 
279 aa  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.927042  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0741  cytochrome c oxidase, subunit II  30.97 
 
 
287 aa  105  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1038  cytochrome c oxidase, subunit II  29.08 
 
 
329 aa  104  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0922258 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15630  cytochrome c oxidase, subunit II  29.12 
 
 
299 aa  104  2e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.806307  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0848  cytochrome c oxidase subunit II  30.94 
 
 
351 aa  104  3e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2996  cytochrome c oxidase, subunit II  29 
 
 
329 aa  103  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.941612  hitchhiker  0.00487692 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2275  cytochrome c oxidase, subunit II  28.94 
 
 
337 aa  104  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.869151  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2406  cytochrome c oxidase, subunit II  30.85 
 
 
377 aa  103  4e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0260  cytochrome c oxidase, subunit II  32.95 
 
 
288 aa  103  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.150091  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0166  cytochrome c oxidase, subunit II  32.75 
 
 
362 aa  103  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.129501  normal  0.0168942 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1940  cytochrome c oxidase, subunit II  25.99 
 
 
385 aa  103  5e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0684443  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4872  cytochrome c oxidase subunit II  28.7 
 
 
382 aa  103  6e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.780427  normal  0.052805 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0828  cytochrome c oxidase, subunit II  32.22 
 
 
321 aa  102  6e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.304556 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3795  cytochrome c oxidase subunit II  28.7 
 
 
382 aa  103  6e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0024  cytochrome c oxidase, subunit II  31.23 
 
 
362 aa  102  7e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.901821 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0237  cytochrome c oxidase, subunit II  26.33 
 
 
418 aa  102  9e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0206186 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3098  QoxB, quinol oxidase subunit II  35.07 
 
 
261 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2082  cytochrome c oxidase, subunit II  39.29 
 
 
289 aa  102  1e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3263  cytochrome c oxidase, subunit II  29.82 
 
 
279 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.571759  normal  0.256995 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3587  cytochrome c oxidase, subunit II  29.82 
 
 
279 aa  102  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.677515  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0218  cytochrome c oxidase, subunit II  26 
 
 
418 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.468069  normal  0.633646 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1600  cytochrome c oxidase, subunit II  28.8 
 
 
337 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.884566  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0183  cytochrome c oxidase, subunit II  25.61 
 
 
377 aa  101  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000324421  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3989  cytochrome c oxidase, subunit II  24.53 
 
 
330 aa  101  2e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1777  cytochrome c oxidase, subunit II  26.48 
 
 
377 aa  101  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.302976  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3078  cytochrome c oxidase, subunit II  29.3 
 
 
260 aa  100  3e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000302907  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>