96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0093 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_0093  hypothetical protein  100 
 
 
316 aa  603  1e-171  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.152001  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2351  hypothetical protein  77.53 
 
 
317 aa  408  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2987  hypothetical protein  76.01 
 
 
298 aa  402  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.101551  normal  0.0487928 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4137  hypothetical protein  52.26 
 
 
315 aa  236  4e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0485856  normal  0.510961 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5241  membrane protein-like protein  50.36 
 
 
300 aa  225  7e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0567111  normal  0.512081 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6358  hypothetical protein  47.4 
 
 
328 aa  225  9e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0701  hypothetical protein  48.67 
 
 
318 aa  191  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4795  hypothetical protein  48.23 
 
 
322 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1445  hypothetical protein  42.4 
 
 
300 aa  176  6e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0680793  normal  0.372569 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0170  hypothetical protein  41.67 
 
 
332 aa  175  9e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0108  membrane protein-like protein  30 
 
 
270 aa  108  9e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4602  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  32.63 
 
 
309 aa  104  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3384  hypothetical protein  34.68 
 
 
266 aa  103  3e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.739679 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01478  membrane protein-like protein  36.23 
 
 
267 aa  102  6e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2269  membrane protein-like protein  36.97 
 
 
271 aa  102  8e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.761855  hitchhiker  0.00192882 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3554  membrane protein-like protein  33.19 
 
 
264 aa  98.6  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.149309 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0159  hypothetical protein  37.27 
 
 
255 aa  97.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.673519  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2267  membrane protein-like protein  33.19 
 
 
265 aa  95.9  9e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5833  hypothetical protein  33.89 
 
 
235 aa  92.8  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2311  hypothetical protein  38 
 
 
254 aa  92  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.148749  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11200  membrane-like protein  44.75 
 
 
273 aa  87  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00435487  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2068  membrane protein-like protein  33.5 
 
 
273 aa  85.1  1e-15  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.334225 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3846  hypothetical protein  34.5 
 
 
253 aa  83.6  4e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1473  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain- containing protein  29.72 
 
 
327 aa  79.3  8e-14  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2401  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  28.06 
 
 
307 aa  77.4  3e-13  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1898  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  33.33 
 
 
290 aa  75.5  1e-12  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.903451  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5775  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  31.62 
 
 
283 aa  74.7  2e-12  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.272447 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1675  hypothetical protein  27.74 
 
 
310 aa  65.5  1e-09  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.247062 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3889  hypothetical protein  37.12 
 
 
239 aa  63.2  6e-09  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.31119  normal  0.156158 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2497  putative copper resistance protein D  27.44 
 
 
394 aa  63.2  6e-09  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128305  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4758  hypothetical protein  36.5 
 
 
196 aa  61.6  2e-08  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.343516  normal  0.0425976 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0855  putative inner membrane protein  24.8 
 
 
296 aa  60.1  5e-08  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0562  hypothetical protein  22.82 
 
 
266 aa  58.5  1e-07  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.522678  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2875  hypothetical protein  22.82 
 
 
290 aa  58.5  2e-07  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.922757  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2447  hypothetical protein  22.82 
 
 
290 aa  58.5  2e-07  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1770  hypothetical protein  22.82 
 
 
290 aa  58.5  2e-07  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.440063  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2819  hypothetical protein  22.82 
 
 
290 aa  58.5  2e-07  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.286067  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2760  hypothetical protein  22.82 
 
 
290 aa  58.5  2e-07  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2834  hypothetical protein  22.82 
 
 
290 aa  58.5  2e-07  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.395343  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19110  predicted membrane protein  27.59 
 
 
752 aa  58.5  2e-07  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00604286  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3709  hypothetical protein  26.53 
 
 
326 aa  58.2  2e-07  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2884  putative inner membrane protein  24.28 
 
 
289 aa  57.4  3e-07  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.712749  normal  0.419558 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0186  copper resistance D domain-containing protein  30.8 
 
 
679 aa  57.4  3e-07  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000295959 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3220  copper resistance D domain protein  28.83 
 
 
711 aa  57.4  3e-07  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1130  membrane protein  25.1 
 
 
289 aa  57.4  3e-07  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.581641  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1749  hypothetical protein  22.82 
 
 
290 aa  57.4  3e-07  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.185499  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0675  membrane protein  25.1 
 
 
289 aa  57.4  3e-07  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2794  hypothetical protein  33.59 
 
 
195 aa  57.8  3e-07  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.132736  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3120  hypothetical protein  29.95 
 
 
209 aa  57.4  3e-07  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00136448 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1154  membrane protein  25.1 
 
 
289 aa  57.4  3e-07  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1345  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  29.05 
 
 
319 aa  57  4e-07  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0477592  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1987  putative copper resistance protein D  29.58 
 
 
354 aa  57.4  4e-07  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1238  putative inner membrane protein  24.82 
 
 
294 aa  57  5e-07  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0172  copper resistance D domain-containing protein  29.3 
 
 
651 aa  56.6  5e-07  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5381  hypothetical protein  26.12 
 
 
308 aa  56.2  6e-07  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2813  hypothetical protein  25.21 
 
 
331 aa  55.5  1e-06  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1032  membrane protein  25.1 
 
 
290 aa  55.5  1e-06  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3955  copper resistance D domain protein  28.11 
 
 
722 aa  55.8  1e-06  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.58708  normal  0.101965 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1036  membrane protein  25.1 
 
 
290 aa  55.5  1e-06  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675997  normal  0.424179 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4266  membrane protein  24.7 
 
 
289 aa  55.1  2e-06  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.991106  normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5665  hypothetical protein  25.74 
 
 
331 aa  54.7  2e-06  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0855  hypothetical protein  31.62 
 
 
214 aa  54.7  2e-06  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2514  hypothetical protein  31.62 
 
 
214 aa  54.7  2e-06  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5346  hypothetical protein  25.74 
 
 
331 aa  54.3  3e-06  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0963  hypothetical protein  27.89 
 
 
692 aa  53.5  4e-06  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0463859  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21870  predicted membrane protein  29.32 
 
 
671 aa  53.5  5e-06  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6178  copper resistance D domain-containing protein  26.1 
 
 
691 aa  53.1  6e-06  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0455  hypothetical protein  22.03 
 
 
274 aa  53.1  7e-06  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1859  cytochrome c oxidase assembly factor CtaG  23.6 
 
 
300 aa  51.2  2e-05  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2151  membrane protein  24.9 
 
 
289 aa  51.2  2e-05  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.240263  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0988  cytochrome c oxidase assembly factor CtaG  27.78 
 
 
300 aa  50.8  3e-05  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1122  copper resistance D domain protein  26.2 
 
 
687 aa  49.3  8e-05  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2443  membrane protein-like protein  21.67 
 
 
287 aa  48.5  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.348507  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1809  copper resistance D domain protein  30.25 
 
 
686 aa  48.1  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00146135  normal  0.0268044 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1244  copper resistance D domain-containing protein  28.09 
 
 
664 aa  47.8  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.774538  normal  0.0784531 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3717  copper resistance D domain protein  26.13 
 
 
718 aa  46.6  0.0005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1123  integral membrane protein  26 
 
 
319 aa  47  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3144  hypothetical protein  22.94 
 
 
265 aa  46.2  0.0006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.258333  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4448  hypothetical protein  25.99 
 
 
322 aa  46.6  0.0006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3528  hypothetical protein  29.96 
 
 
322 aa  46.2  0.0007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000675219 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2485  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  26 
 
 
326 aa  46.2  0.0008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.583606  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2471  copper resistance D domain-containing protein  26.78 
 
 
719 aa  45.4  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.812246  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3374  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  27.67 
 
 
683 aa  45.4  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0136248  hitchhiker  0.00734648 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35680  predicted membrane protein  26.64 
 
 
708 aa  45.4  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2024  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  31.5 
 
 
675 aa  44.7  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2642  cytochrome c oxidase caa3 type assembly factor CtaG  24.24 
 
 
301 aa  44.7  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.234067  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2566  copper resistance D domain-containing protein  32.73 
 
 
676 aa  44.7  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.420884 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2572  membrane protein-like protein  28.39 
 
 
678 aa  45.1  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.886769 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3119  hypothetical protein  22.51 
 
 
277 aa  44.3  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3122  hypothetical protein  22.94 
 
 
277 aa  44.3  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11750  predicted membrane protein  27.52 
 
 
651 aa  44.3  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.411615 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2828  hypothetical protein  23.85 
 
 
274 aa  44.3  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.266465  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2901  hypothetical protein  22.51 
 
 
277 aa  44.3  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.104902  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4275  copper resistance D domain protein  27.51 
 
 
671 aa  43.1  0.006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.978208  normal  0.70457 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2871  hypothetical protein  22.51 
 
 
277 aa  43.1  0.006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.016033  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4073  copper resistance D domain-containing protein  31.82 
 
 
672 aa  42.4  0.01  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.794001  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>