More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0083 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_0083  lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 
363 aa  727  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.928607  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0165  lytic transglycosylase catalytic  98.9 
 
 
363 aa  717  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1931  lytic transglycosylase catalytic  60.12 
 
 
328 aa  375  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.338077  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2207  Lytic transglycosylase catalytic  59.82 
 
 
328 aa  373  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1822  Lytic transglycosylase catalytic  60.71 
 
 
307 aa  371  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0812  lytic transglycosylase catalytic  64.35 
 
 
318 aa  368  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8692  Lytic transglycosylase catalytic  61.54 
 
 
340 aa  367  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570522  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5561  lytic transglycosylase catalytic  57.75 
 
 
340 aa  348  6e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1908  lytic transglycosylase catalytic  57.63 
 
 
340 aa  348  6e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5136  Lytic transglycosylase catalytic  54.43 
 
 
291 aa  314  1e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4519  lytic transglycosylase catalytic  56.57 
 
 
291 aa  313  4e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.821488 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3156  lytic transglycosylase catalytic  45.59 
 
 
321 aa  251  1e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0205593  normal  0.0158011 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3321  lytic transglycosylase, catalytic  39.14 
 
 
341 aa  206  6e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2453  lytic transglycosylase, catalytic  47.42 
 
 
313 aa  169  5e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3554  Lytic transglycosylase catalytic  52.8 
 
 
343 aa  166  8e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.278452  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1423  lytic transglycosylase, catalytic  58.33 
 
 
380 aa  165  1e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.371346  normal  0.777047 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1459  Lytic transglycosylase catalytic  35.67 
 
 
318 aa  164  2e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.09229 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3051  lytic transglycosylase, catalytic  50.96 
 
 
347 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4762  hypothetical protein  57.58 
 
 
359 aa  160  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2399  lytic transglycosylase, catalytic  53.62 
 
 
330 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.537476 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2733  lytic transglycosylase, catalytic  56.25 
 
 
246 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.187494  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2102  Lytic transglycosylase catalytic  53.95 
 
 
239 aa  146  7e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.67123  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1463  transglycosylase  58.39 
 
 
262 aa  142  1e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3004  lytic transglycosylase catalytic  58.2 
 
 
278 aa  140  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.210468 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1642  Lytic transglycosylase catalytic  46.91 
 
 
318 aa  137  3e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.517952 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1651  lytic transglycosylase catalytic  59.2 
 
 
299 aa  132  7e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1512  lytic transglycosylase, catalytic  48.12 
 
 
286 aa  131  2e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219216  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1277  Lytic transglycosylase catalytic  64.23 
 
 
264 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0809  lytic transglycosylase, catalytic  51.56 
 
 
303 aa  129  6e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1242  lytic transglycosylase catalytic  51.41 
 
 
328 aa  125  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.270703  normal  0.374797 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0029  Lytic transglycosylase catalytic  54.55 
 
 
276 aa  114  2e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.240678  normal  0.132165 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2492  lytic transglycosylase, catalytic  39.19 
 
 
242 aa  86.3  8e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.931024 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0754  lytic transglycosylase, catalytic  45.13 
 
 
291 aa  82.8  8e-15  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.970703  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  38.93 
 
 
260 aa  82.4  1e-14  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  44.35 
 
 
247 aa  82  2e-14  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  38.17 
 
 
260 aa  80.9  3e-14  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2486  lytic murein transglycosylase, putative  39.85 
 
 
241 aa  81.3  3e-14  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3650  lytic transglycosylase, catalytic  44.74 
 
 
243 aa  80.9  3e-14  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4537  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  53.12 
 
 
448 aa  80.1  6e-14  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0159  lytic transglycosylase, catalytic  42.98 
 
 
245 aa  79.7  7e-14  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  38.41 
 
 
235 aa  79.7  8e-14  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0973  Lytic transglycosylase catalytic  45.61 
 
 
318 aa  79.3  9e-14  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  42.48 
 
 
245 aa  78.6  1e-13  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  41.96 
 
 
438 aa  77.8  2e-13  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  44.07 
 
 
217 aa  78.6  2e-13  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6404  lytic transglycosylase catalytic  37.23 
 
 
362 aa  77.8  3e-13  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0649822  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  38.98 
 
 
280 aa  77.8  3e-13  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  7.67564e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2331  lytic transglycosylase, catalytic  32.63 
 
 
242 aa  77  4e-13  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.194183  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0142  NLP/P60 protein  43.1 
 
 
370 aa  77  5e-13  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4417  lytic transglycosylase, catalytic  38.17 
 
 
251 aa  76.6  5e-13  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  41.59 
 
 
242 aa  75.5  1e-12  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4037  lytic transglycosylase, catalytic  39.85 
 
 
233 aa  75.1  2e-12  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3535  Lytic transglycosylase catalytic  37.7 
 
 
1160 aa  74.7  2e-12  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3860  lytic transglycosylase, catalytic  45.1 
 
 
329 aa  75.1  2e-12  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1364  lytic transglycosylase, catalytic  38.1 
 
 
140 aa  75.1  2e-12  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0515588  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0846  lytic transglycosylase, catalytic  44.25 
 
 
325 aa  74.7  3e-12  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0443  lytic transglycosylase, catalytic  44.66 
 
 
218 aa  74.3  3e-12  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.270121  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1946  soluble lytic murein transglycosylase precursor  44.25 
 
 
297 aa  74.7  3e-12  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.378225  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1881  lytic transglycosylase catalytic  44.25 
 
 
297 aa  74.3  3e-12  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.520099  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  40.95 
 
 
211 aa  74.3  3e-12  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2210  lytic transglycosylase, catalytic  42.61 
 
 
218 aa  74.7  3e-12  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1886  lytic transglycosylase, catalytic  44.83 
 
 
189 aa  74.3  3e-12  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.158781  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  41.27 
 
 
207 aa  73.9  4e-12  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  38.21 
 
 
174 aa  73.9  4e-12  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9819  type IV system transglycosylase  39.1 
 
 
362 aa  73.9  4e-12  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7737  putative soluble lytic murein transglycosylase precursor  40.16 
 
 
257 aa  73.6  5e-12  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.473194 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2744  lytic transglycosylase, catalytic  38.66 
 
 
228 aa  72.8  8e-12  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2959  lytic transglycosylase catalytic  40.94 
 
 
280 aa  72.8  9e-12  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0406  Lytic transglycosylase catalytic  46.67 
 
 
258 aa  72.4  1e-11  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.717558  normal  0.0556667 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3617  transglycosylase, SLT family  33.61 
 
 
261 aa  72.4  1e-11  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  2.81259e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2464  lytic transglycosylase, catalytic  39.5 
 
 
442 aa  72.4  1e-11  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.329237 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0367  lytic transglycosylase, catalytic  36.51 
 
 
215 aa  72.4  1e-11  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0139  lytic transglycosylase catalytic  41.23 
 
 
299 aa  71.6  2e-11  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1758  transglycosylase, SLT family  33.61 
 
 
261 aa  71.2  3e-11  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3807  lytic transglycosylase, catalytic  42.98 
 
 
215 aa  70.9  3e-11  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2905  lytic transglycosylase, catalytic  46.08 
 
 
237 aa  71.2  3e-11  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.739036  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1537  soluble lytic murein transglycosylase  33.61 
 
 
261 aa  70.9  3e-11  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000696816  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1727  transglycosylase, SLT family  33.61 
 
 
261 aa  71.2  3e-11  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  2.65036e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  40 
 
 
206 aa  71.2  3e-11  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0301  lytic murein transglycosylase, putative  37.29 
 
 
196 aa  70.9  3e-11  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1548  soluble lytic murein transglycosylase  33.61 
 
 
261 aa  70.9  3e-11  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.33422e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1584  lytic transglycosylase catalytic  34.19 
 
 
261 aa  71.2  3e-11  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.166498  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1583  Slt family transglycosylase  33.61 
 
 
261 aa  70.5  4e-11  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00492296  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3262  lytic transglycosylase, catalytic  38.26 
 
 
198 aa  70.5  4e-11  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.205126  hitchhiker  2.86118e-10 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1424  lytic transglycosylase, catalytic  42.24 
 
 
191 aa  70.9  4e-11  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0284128  normal  0.0259883 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1376  lytic transglycosylase catalytic  35.25 
 
 
238 aa  70.5  4e-11  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  4.77614e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1605  lytic murein transglycosylase  40.34 
 
 
202 aa  70.5  4e-11  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.914455  normal  0.613396 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0517  lytic transglycosylase, catalytic  39.47 
 
 
208 aa  70.5  4e-11  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1836  transglycosylase, SLT family  33.61 
 
 
259 aa  70.9  4e-11  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  5.72163e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1707  Slt family transglycosylase  33.61 
 
 
261 aa  70.5  4e-11  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1036  Lytic transglycosylase catalytic  45.26 
 
 
202 aa  70.5  4e-11  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.962851 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1655  Lytic transglycosylase catalytic  44.04 
 
 
368 aa  70.1  6e-11  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.055455  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3687  lytic transglycosylase, catalytic  36.69 
 
 
300 aa  70.1  6e-11  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1070  Lytic transglycosylase catalytic  36.67 
 
 
716 aa  69.7  7e-11  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3191  lytic transglycosylase catalytic  37.82 
 
 
254 aa  69.3  9e-11  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1009  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1154  lytic transglycosylase, catalytic  37.59 
 
 
283 aa  69.3  1e-10  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4039  lytic transglycosylase, catalytic  39.47 
 
 
239 aa  68.9  1e-10  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  34.71 
 
 
191 aa  69.3  1e-10  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0096  lytic transglycosylase, catalytic  38.6 
 
 
249 aa  68.2  2e-10  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3823  lytic transglycosylase catalytic  36.67 
 
 
310 aa  68.2  2e-10  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.78856  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>