More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0081 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_0081  integrase family protein  100 
 
 
189 aa  384  1e-106  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0076  integrase family protein  90.48 
 
 
189 aa  352  2e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0163  integrase family protein  86.24 
 
 
189 aa  335  2e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0500  integrase family protein  51.85 
 
 
188 aa  197  7e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2812  integrase family protein  51.85 
 
 
188 aa  195  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1839  phage integrase family protein  48.7 
 
 
193 aa  188  5e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.637517  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1689  phage integrase family protein  41.88 
 
 
190 aa  157  1e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2946  phage integrase family protein  42.11 
 
 
190 aa  156  1e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.329988 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2063  phage integrase family protein  42.86 
 
 
188 aa  153  1e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.668188  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1075  integrase family protein  39.79 
 
 
190 aa  140  1e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0140  hypothetical protein  41.21 
 
 
194 aa  133  2e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4322  phage integrase family protein  38.02 
 
 
193 aa  122  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205034  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6742  integrase family protein  32.42 
 
 
236 aa  86.3  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5700  integrase family protein  31.53 
 
 
226 aa  85.9  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5382  phage integrase  31.16 
 
 
228 aa  83.6  2e-15  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.31221  hitchhiker  0.00239771 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4451  phage integrase  30.28 
 
 
229 aa  79  4e-14  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4571  integrase family protein  30.33 
 
 
221 aa  78.6  5e-14  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624666  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  27.46 
 
 
270 aa  73.6  2e-12  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4851  integrase family protein  30.29 
 
 
294 aa  72  5e-12  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013168  Cyan8802_4647  integrase family protein  28.72 
 
 
223 aa  71.6  7e-12  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3189  integrase family protein  34.05 
 
 
345 aa  70.9  9e-12  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  2.47196e-06  hitchhiker  9.20932e-10 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2649  phage integrase family protein  34.48 
 
 
381 aa  69.3  3e-11  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.833719 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4358  phage integrase family protein  26.32 
 
 
221 aa  68.6  6e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.436387  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  35 
 
 
332 aa  67  1e-10  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3701  integrase family protein  33.71 
 
 
392 aa  66.6  2e-10  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1344  integrase family protein  29.57 
 
 
292 aa  66.2  3e-10  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  6.78444e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3980  phage integrase family protein  30.86 
 
 
365 aa  65.9  3e-10  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.356268  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0123  hypothetical protein  45.45 
 
 
71 aa  66.2  3e-10  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.262124  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  27.13 
 
 
308 aa  65.9  4e-10  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1228  hypothetical protein  33.33 
 
 
137 aa  63.9  1e-09  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.505674  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  28.34 
 
 
302 aa  63.5  2e-09  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  26.55 
 
 
303 aa  62.8  3e-09  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  28.8 
 
 
295 aa  61.6  6e-09  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1390  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.04 
 
 
328 aa  62  6e-09  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  1.79914e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3102  integrase family protein  31.61 
 
 
301 aa  61.6  7e-09  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  1.84896e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  32.89 
 
 
317 aa  60.5  1e-08  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1462  Phage integrase  29.8 
 
 
387 aa  60.1  2e-08  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  30.16 
 
 
294 aa  60.1  2e-08  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4273  integrase family protein  28.21 
 
 
217 aa  59.7  2e-08  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.42005  normal  0.068032 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2107  integrase family protein  28.21 
 
 
217 aa  59.7  2e-08  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.26894 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  24.86 
 
 
284 aa  60.1  2e-08  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0872  integrase family protein  28.74 
 
 
316 aa  59.3  3e-08  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  28.48 
 
 
294 aa  59.7  3e-08  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  33.75 
 
 
308 aa  59.7  3e-08  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2709  integrase family protein  28.81 
 
 
210 aa  58.9  4e-08  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  2.51547e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  28.8 
 
 
302 aa  58.9  5e-08  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2334  phage integrase family protein  34.68 
 
 
322 aa  58.5  5e-08  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00113164 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0772  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.22 
 
 
324 aa  58.2  7e-08  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1029  integrase family protein  26.57 
 
 
400 aa  57.8  8e-08  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0684  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.67 
 
 
324 aa  57.8  8e-08  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.631001  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3476  integrase family protein  27.03 
 
 
174 aa  57.4  1e-07  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4076  phage integrase  31.25 
 
 
298 aa  57.4  1e-07  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011732  PCC7424_5582  integrase family protein  27.72 
 
 
313 aa  57.4  1e-07  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  34.3 
 
 
285 aa  56.6  2e-07  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  28.27 
 
 
411 aa  57  2e-07  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5304  site-specific recombinase, phage integrase family  28.49 
 
 
322 aa  57  2e-07  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  31.87 
 
 
301 aa  55.8  3e-07  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.15 
 
 
336 aa  55.8  3e-07  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5470  tyrosine recombinase XerD  25 
 
 
316 aa  56.2  3e-07  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.602612  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2383  integrase family protein  29.44 
 
 
338 aa  56.2  3e-07  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  4.43336e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  31.52 
 
 
317 aa  55.8  3e-07  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3191  tyrosine recombinase XerD subunit  30.93 
 
 
300 aa  56.2  3e-07  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1146  tyrosine recombinase XerD  31.15 
 
 
286 aa  56.2  3e-07  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  29.51 
 
 
309 aa  55.8  3e-07  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.12 
 
 
313 aa  56.2  3e-07  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.04 
 
 
330 aa  55.8  4e-07  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  31.87 
 
 
294 aa  55.8  4e-07  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.38339e-06  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2544  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.22 
 
 
308 aa  55.5  5e-07  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  28.4 
 
 
402 aa  55.5  5e-07  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  4.73566e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  30.81 
 
 
321 aa  55.5  5e-07  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  28.14 
 
 
309 aa  55.1  6e-07  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  1.28305e-09 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  33.52 
 
 
295 aa  54.7  7e-07  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0540  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.15 
 
 
325 aa  55.1  7e-07  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0147694  normal  0.75101 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  28.72 
 
 
293 aa  55.1  7e-07  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  28.49 
 
 
305 aa  54.7  8e-07  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  1.43659e-07  unclonable  2.74126e-08 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  29.83 
 
 
254 aa  53.9  1e-06  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3884  phage integrase family site specific recombinase  27.37 
 
 
310 aa  54.3  1e-06  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4832  phage integrase  28.79 
 
 
291 aa  53.9  1e-06  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2627  phage integrase family protein  27.06 
 
 
376 aa  53.9  1e-06  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000511904  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3218  phage integrase family protein  27.37 
 
 
310 aa  54.3  1e-06  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  1.04017e-07 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.06 
 
 
298 aa  53.5  2e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  24.43 
 
 
302 aa  53.1  2e-06  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  29.12 
 
 
277 aa  53.5  2e-06  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2797  phage integrase family protein  30.32 
 
 
451 aa  53.9  2e-06  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3458  tyrosine recombinase XerD  29.94 
 
 
303 aa  53.1  2e-06  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0772  phage integrase  28.48 
 
 
304 aa  53.1  2e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2821  tyrosine recombinase XerD  31.55 
 
 
313 aa  53.1  2e-06  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.346068  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1489  tyrosine recombinase XerD  28.49 
 
 
313 aa  52.8  3e-06  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.966498  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  30.89 
 
 
299 aa  52.8  3e-06  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.06 
 
 
298 aa  52.8  3e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  30.06 
 
 
298 aa  52.8  3e-06  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 
324 aa  52.8  3e-06  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.06 
 
 
298 aa  52.8  3e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.06 
 
 
298 aa  52.8  3e-06  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  30.06 
 
 
298 aa  52.8  3e-06  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  25.41 
 
 
302 aa  52.8  3e-06  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.06 
 
 
298 aa  52.8  3e-06  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.06 
 
 
298 aa  52.8  3e-06  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.06 
 
 
298 aa  52.8  3e-06  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.06 
 
 
298 aa  52.8  3e-06  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>