167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0074 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_0074  response regulator receiver protein  100 
 
 
129 aa  258  1e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3385  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  58.06 
 
 
384 aa  149  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0060  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  58.06 
 
 
384 aa  149  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0783  cyclic nucleotide-binding  55.2 
 
 
376 aa  130  5e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0359827  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7958  response regulator receiver protein  41.82 
 
 
124 aa  84  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5600  response regulator receiver protein  43.27 
 
 
124 aa  82  2e-15  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5902  response regulator receiver and SARP domain protein  37.84 
 
 
152 aa  75.1  3e-13  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5585  response regulator receiver protein  36.94 
 
 
124 aa  74.3  6e-13  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6170  hypothetical protein  46.75 
 
 
126 aa  71.2  5e-12  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1334  response regulator receiver protein  45.95 
 
 
126 aa  68.9  2e-11  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.395948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0432  hypothetical protein  41.94 
 
 
151 aa  67.4  6e-11  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.603744  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6064  response regulator receiver domain-containing protein  44.59 
 
 
126 aa  66.6  1e-10  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1215  response regulator receiver protein  33.63 
 
 
124 aa  65.9  2e-10  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0588681  normal  0.159144 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5004  response regulator receiver protein  33.33 
 
 
118 aa  64.7  4e-10  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.325761  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5569  response regulator receiver protein  33.33 
 
 
139 aa  63.5  8e-10  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.097054 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3509  signal transduction histidine kinase  39.42 
 
 
125 aa  61.2  5e-09  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.316868  normal  0.542318 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5770  response regulator receiver protein  34.58 
 
 
147 aa  60.8  6e-09  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.181358  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3337  hypothetical protein  37.76 
 
 
130 aa  60.5  8e-09  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.244169  normal  0.34569 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1629  response regulator receiver domain-containing protein  32.73 
 
 
129 aa  58.5  3e-08  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.324074  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5777  response regulator receiver protein  31.36 
 
 
136 aa  57.8  5e-08  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0732019  hitchhiker  0.00995229 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.65 
 
 
875 aa  57.4  6e-08  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2623  response regulator receiver protein  43.75 
 
 
150 aa  57.4  7e-08  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1555  hypothetical protein  44.44 
 
 
168 aa  56.6  1e-07  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  37.5 
 
 
852 aa  56.2  1e-07  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  33.67 
 
 
846 aa  55.8  2e-07  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0114  response regulator receiver protein  28.45 
 
 
127 aa  54.3  5e-07  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.273159  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00619  two-component system regulatory protein  39.56 
 
 
107 aa  54.7  5e-07  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.401301  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0470  response regulator receiver protein  33.33 
 
 
133 aa  53.1  1e-06  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0973  two component LuxR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
216 aa  53.1  1e-06  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.255067  normal  0.404517 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0616  two component transcriptional regulator  26.26 
 
 
249 aa  52.4  2e-06  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4234  response regulator receiver protein  41.03 
 
 
121 aa  52.8  2e-06  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0312747 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1898  two component transcriptional regulator  38.1 
 
 
245 aa  51.6  4e-06  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00458999  normal  0.479409 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0268  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.63 
 
 
651 aa  51.6  4e-06  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2003  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 
219 aa  48.9  2e-05  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.183245  hitchhiker  0.00373502 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4313  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.39 
 
 
965 aa  48.9  2e-05  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.975749 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0447  two component transcriptional regulator  34.55 
 
 
229 aa  48.9  2e-05  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000245325  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4279  response regulator receiver protein  31.96 
 
 
120 aa  48.9  2e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.718019  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7970  response regulator receiver and SARP domain protein  33.62 
 
 
160 aa  48.9  2e-05  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.304155  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3691  two component transcriptional regulator  32.71 
 
 
230 aa  49.3  2e-05  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2343  two component transcriptional regulator, Fis family  35.53 
 
 
185 aa  48.5  3e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.888574  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1607  two component Fis family transcriptional regulator  35.53 
 
 
185 aa  48.5  3e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.016434  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5541  response regulator  33.33 
 
 
134 aa  48.5  3e-05  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4152  response regulator receiver protein  30.08 
 
 
122 aa  48.5  3e-05  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.237344 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2255  two component transcriptional regulator, Fis family  35.53 
 
 
185 aa  48.5  3e-05  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0449716  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0677  putative two component-response regulator receiver (CheY-like protein)  37.08 
 
 
104 aa  48.5  3e-05  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.339833 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4846  response regulator receiver protein  34.51 
 
 
126 aa  48.5  3e-05  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.211413  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1241  signal transduction histidine kinase  36.63 
 
 
631 aa  48.5  3e-05  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0246477 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  26.5 
 
 
457 aa  48.5  3e-05  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5055  signal transduction histidine kinase  35.14 
 
 
1111 aa  47.8  5e-05  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.372822  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0102  response regulator, putative  27.35 
 
 
125 aa  47.8  5e-05  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.248594  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0431  response regulator receiver protein  33.67 
 
 
124 aa  47.4  6e-05  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0769354  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  32.73 
 
 
844 aa  47.8  6e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0099  putative response regulator  27.35 
 
 
124 aa  47.4  6e-05  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2085  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.63 
 
 
457 aa  47.4  7e-05  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2338  response regulator receiver protein  41.89 
 
 
127 aa  47.4  7e-05  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0449719  normal  0.223899 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1784  response regulator receiver domain-containing protein  33.67 
 
 
124 aa  47  8e-05  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.474362  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2205  two component Fis family transcriptional regulator  37.84 
 
 
182 aa  47  9e-05  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.143694 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2073  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.62 
 
 
226 aa  47  9e-05  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.64485e-09 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6401  response regulator receiver protein  31.17 
 
 
126 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0313  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.77 
 
 
216 aa  46.6  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  33.03 
 
 
229 aa  46.6  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6449  response regulator receiver protein  36.59 
 
 
121 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5233  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.95 
 
 
384 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.222219 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3025  two component transcriptional regulator  33.63 
 
 
270 aa  45.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0773  response regulator receiver  36.49 
 
 
149 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.863112  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2520  response regulator receiver domain-containing protein  31.25 
 
 
125 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.113297  normal  0.478353 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4798  response regulator receiver protein  32.04 
 
 
120 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.107601  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2711  two component signal transduction response regulator  26.79 
 
 
131 aa  45.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2873  two component LuxR family transcriptional regulator  31.3 
 
 
216 aa  45.4  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.44 
 
 
461 aa  45.1  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2183  response regulator receiver protein  33.64 
 
 
134 aa  45.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2023  response regulator receiver protein  30.3 
 
 
159 aa  45.4  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0939204  normal  0.968357 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2990  two component transcriptional regulator  32.04 
 
 
230 aa  45.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.839569  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0556  response regulator receiver  27.84 
 
 
140 aa  45.4  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.032469  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4820  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.75 
 
 
218 aa  44.7  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1104  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.74 
 
 
233 aa  44.7  0.0004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.59 
 
 
481 aa  44.7  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1181  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.62 
 
 
234 aa  44.7  0.0004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00335068 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.25 
 
 
653 aa  45.1  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4649  two component transcriptional regulator  33.98 
 
 
230 aa  45.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.424735  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1396  response regulator receiver domain-containing protein  29.66 
 
 
117 aa  44.7  0.0004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.230809  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2532  response regulator receiver protein  29.2 
 
 
138 aa  45.1  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1001  response regulator receiver protein  30.93 
 
 
120 aa  44.3  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283402  normal  0.269242 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3459  two component LuxR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
212 aa  44.3  0.0005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.775478  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4542  PAS sensor protein  33.78 
 
 
1096 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.220973  normal  0.0899725 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3180  response regulator receiver protein  30.61 
 
 
124 aa  44.3  0.0006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0167969  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0985  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.25 
 
 
704 aa  43.9  0.0007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000494124  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.63 
 
 
235 aa  43.9  0.0007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  31.53 
 
 
657 aa  43.9  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3355  two component Fis family transcriptional regulator  27.97 
 
 
122 aa  43.9  0.0007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4417  response regulator receiver protein  26.92 
 
 
442 aa  43.9  0.0007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.628973  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1630  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.11 
 
 
243 aa  43.9  0.0008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2933  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.82 
 
 
233 aa  43.9  0.0008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0164541  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1422  response regulator receiver protein  31.53 
 
 
119 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.153955  normal  0.123704 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
701 aa  43.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.711392  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1992  response regulator receiver protein  41.67 
 
 
137 aa  42.7  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00108622  normal  0.0685304 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4365  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  29.73 
 
 
471 aa  43.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.231326 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1920  response regulator receiver protein  29.66 
 
 
126 aa  43.5  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.170402 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2136  two component LuxR family transcriptional regulator  36.92 
 
 
254 aa  43.5  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0553154  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  30.63 
 
 
847 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.251983 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>