169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0065 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_0065  nuclease  100 
 
 		 227 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0317  nuclease (SNase domain protein)  90.18 
 
 		 227 aa  424  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183306  normal  0.136686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0111  nuclease  88.84 
 
 		 227 aa  421  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6820  nuclease (SNase domain protein)  40.79 
 
 		 226 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0330594  normal  0.398913 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5017  nuclease  54.25 
 
 		 167 aa  158  7e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.177044 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4628  SNase-like nuclease  39.29 
 
 		 242 aa  149  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2309  nuclease  43.4 
 
 		 214 aa  148  6e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0576  Excalibur domain protein  49.38 
 
 		 212 aa  147  9e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000012089  unclonable  0.00000255125 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2185  nuclease (SNase-like)  44.88 
 
 		 226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0545  putative nuclease-like protein  39.27 
 
 		 241 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0379373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4688  nuclease (SNase-like)  36.02 
 
 		 241 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0857  nuclease  44.39 
 
 		 214 aa  146  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0859  nuclease (SNase domain protein)  39.29 
 
 		 243 aa  144  9e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2576  nuclease (SNase domain protein)  38.53 
 
 		 358 aa  141  8e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.901293  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0782  nuclease (SNase-like)  37.05 
 
 		 242 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3744  nuclease  49.33 
 
 		 161 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3956  nuclease (SNase-like)  43.83 
 
 		 171 aa  132  3e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4153  nuclease (SNase domain protein)  48.08 
 
 		 166 aa  132  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.574783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0594  Excalibur domain-containing protein  42.86 
 
 		 211 aa  129  3e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.535797  normal  0.187659 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1969  nuclease (SNase-like)  45 
 
 		 172 aa  129  3e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2244  nuclease  45.83 
 
 		 534 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000544674  normal  0.0168792 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4597  nuclease (SNase domain protein)  46.43 
 
 		 208 aa  125  5e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0232149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2471  nuclease (SNase domain protein)  44.7 
 
 		 177 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2156  nuclease (SNase domain protein)  45.21 
 
 		 177 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.641386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2193  nuclease  44.7 
 
 		 177 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1591  nuclease (SNase-like)  44.3 
 
 		 158 aa  115  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0870  nuclease domain-containing protein  45.27 
 
 		 189 aa  113  3e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0862  nuclease domain-containing protein  45.27 
 
 		 189 aa  113  3e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5373  putative nuclease-like protein  44.37 
 
 		 176 aa  112  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0199446 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0134  Excalibur  40.79 
 
 		 220 aa  112  6e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.194412  normal  0.895355 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4484  nuclease (SNase domain protein)  48.03 
 
 		 211 aa  107  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.270396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2357  nuclease  42.86 
 
 		 221 aa  106  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4116  nuclease  48.03 
 
 		 209 aa  106  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373469  normal  0.63366 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0848  nuclease-like protein  40.29 
 
 		 184 aa  102  6e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0898613  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1554  nuclease (SNase-like)  41.33 
 
 		 202 aa  101  8e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3323  nuclease  45.39 
 
 		 163 aa  98.2  8e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.763522 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1886  nuclease  44.44 
 
 		 192 aa  96.3  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0247855 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2315  nuclease (SNase domain protein)  41.61 
 
 		 185 aa  95.5  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6085  nuclease  50.51 
 
 		 158 aa  94  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3848  nuclease  40 
 
 		 186 aa  91.7  9e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2752  hypothetical protein  35.62 
 
 		 263 aa  91.7  9e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1599  nuclease  36.65 
 
 		 195 aa  91.7  9e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.295978 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0424  nuclease (SNase-like)  34.41 
 
 		 250 aa  89.4  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.445506  normal  0.365939 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5043  nuclease (SNase domain protein)  34.09 
 
 		 249 aa  88.6  6e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15970  micrococcal nuclease-like nuclease  33.63 
 
 		 388 aa  87.8  1e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.339667  normal  0.0582928 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2407  nuclease (SNase domain protein)  37.18 
 
 		 158 aa  85.5  6e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000492982 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2395  nuclease (SNase domain protein)  36.16 
 
 		 179 aa  85.1  8e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.82521e-33 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2575  nuclease  33.97 
 
 		 232 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000542657  unclonable  0.0000125169 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1032  SNase-like nuclease  30.33 
 
 		 246 aa  82.4  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0371  nuclease (SNase domain protein)  37.27 
 
 		 171 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.079056  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2100  nuclease (SNase-like)  43.54 
 
 		 192 aa  78.6  0.00000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9903  succinoglycan biosynthesis protein  33.97 
 
 		 168 aa  77.8  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0563  thermonuclease family protein (Snase-like)  32.91 
 
 		 174 aa  78.2  0.0000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0051  ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit HslU  32.45 
 
 		 148 aa  77.8  0.0000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.176892  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2052  succinoglycan biosynthesis protein  33.81 
 
 		 171 aa  75.9  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132309  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1730  nuclease  34.04 
 
 		 175 aa  73.9  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0510494  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2078  nuclease (SNase domain protein)  38.97 
 
 		 185 aa  71.2  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0693  thermonuclease family protein  31.25 
 
 		 199 aa  71.6  0.00000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.739462  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0394  hypothetical protein  46.51 
 
 		 199 aa  70.1  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1131  nuclease (SNase-like)  30.09 
 
 		 246 aa  68.9  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.844533  normal  0.680053 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0021  nuclease domain-containing protein  35.54 
 
 		 175 aa  68.9  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0439144  hitchhiker  0.0000334812 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0811  thermonuclease family protein  30.82 
 
 		 175 aa  67.8  0.0000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.392245  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4353  hypothetical protein  34.46 
 
 		 199 aa  67.4  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3744  nuclease  34.27 
 
 		 183 aa  67  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000150292  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0998  thermonuclease family protein  30.14 
 
 		 175 aa  67.4  0.0000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.580638  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1898  hypothetical protein  57.41 
 
 		 214 aa  66.6  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0131013  normal  0.0107915 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3053  SNase-like nuclease  33.14 
 
 		 180 aa  66.2  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  1.1276200000000001e-18  normal  0.298628 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3663  nuclease  31.25 
 
 		 187 aa  66.2  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000641477  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1061  thermonuclease family protein  29.49 
 
 		 175 aa  66.2  0.0000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.374796  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2456  nuclease (SNase domain protein)  38.36 
 
 		 240 aa  66.2  0.0000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.127297  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2515  nuclease (SNase domain protein)  34.1 
 
 		 221 aa  66.2  0.0000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.893874 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1627  nuclease (SNase domain protein)  32.14 
 
 		 221 aa  65.5  0.0000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.839518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0068  nuclease  38.4 
 
 		 169 aa  65.1  0.0000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1682  nuclease (SNase-like)  38.33 
 
 		 153 aa  64.7  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0199869  normal  0.0644244 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5258  nuclease  33.33 
 
 		 170 aa  63.5  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.486577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0845  nuclease (SNase domain protein)  27.39 
 
 		 153 aa  62.4  0.000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000311247  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4183  nuclease (SNase-like)  33.78 
 
 		 231 aa  62  0.000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.283514  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3789  SNase-like nuclease  33.87 
 
 		 131 aa  61.6  0.000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2932  nuclease  28.51 
 
 		 244 aa  61.6  0.000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000967854  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1593  nuclease-like protein  34.16 
 
 		 196 aa  61.6  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0006  nuclease homolog  33.33 
 
 		 153 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00328656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0480  nuclease  38.46 
 
 		 136 aa  60.8  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.898976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1306  nuclease (SNase-like)  35 
 
 		 175 aa  60.1  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1147  nuclease (SNase-like)  31.01 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0321179  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5111  hypothetical protein  50 
 
 		 89 aa  60.1  0.00000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0927764  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0779  nuclease (SNase domain protein)  33.74 
 
 		 169 aa  59.7  0.00000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1637  nuclease (SNase domain protein)  30.89 
 
 		 192 aa  59.7  0.00000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0084  nuclease homolog  33.56 
 
 		 153 aa  59.3  0.00000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.381949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03631  hypothetical protein  32.08 
 
 		 155 aa  58.9  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_29232  predicted protein  30.3 
 
 		 235 aa  58.5  0.00000008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.39353 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1380  nuclease (SNase domain protein)  29.32 
 
 		 238 aa  58.2  0.00000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0309494  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0193  nuclease  33.81 
 
 		 182 aa  58.2  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2046  nuclease (SNase-like)  29.49 
 
 		 233 aa  57  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.879712  normal  0.484882 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0290  SNase-like nuclease  29.02 
 
 		 227 aa  56.2  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2144  nuclease (SNase-like)  35.71 
 
 		 162 aa  56.2  0.0000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.149778  normal  0.293408 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0052  protein ParB  30.12 
 
 		 164 aa  56.2  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0810303  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3662  nuclease (SNase domain protein)  32.64 
 
 		 175 aa  55.8  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.808999  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47870  SNase-like protein  32.84 
 
 		 225 aa  55.8  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6887  hypothetical protein  57.14 
 
 		 110 aa  55.5  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1572  hypothetical protein  31.58 
 
 		 156 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0428303  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>