More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0045 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_0045  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 
373 aa  753  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1288  transcriptional regulator, AraC family  98.93 
 
 
373 aa  743  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4253  helix-turn-helix domain-containing protein  64.27 
 
 
362 aa  431  1e-119  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.249278  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4110  transcriptional regulator, AraC family  61.43 
 
 
365 aa  412  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1286  transcriptional regulator, AraC family  64.56 
 
 
360 aa  384  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0043  helix-turn-helix domain-containing protein  64.56 
 
 
360 aa  381  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4868  transcriptional regulator, AraC family  53.45 
 
 
365 aa  342  5e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.608166  n/a   
 
 
-
 
NC_010373  M446_6972  hypothetical protein  52.17 
 
 
372 aa  324  2e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  51.96 
 
 
376 aa  323  4e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1582  AraC family transcriptional regulator  52.52 
 
 
367 aa  320  2e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2269  transcriptional regulator, AraC family  53.89 
 
 
362 aa  320  3e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0523  helix-turn-helix domain-containing protein  38.7 
 
 
390 aa  207  2e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261458  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0530  helix-turn-helix domain-containing protein  36.39 
 
 
354 aa  169  7e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3907  transcriptional regulator, AraC family  53.57 
 
 
120 aa  122  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7632  transcriptional regulator, AraC family  52.29 
 
 
116 aa  121  2e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2426  transcriptional regulator, AraC family  54.29 
 
 
105 aa  117  2e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438029  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2036  transcriptional regulator, AraC family  53.4 
 
 
105 aa  116  6e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  31.32 
 
 
330 aa  114  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 
345 aa  114  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3895  transcriptional regulator, AraC family  51.96 
 
 
105 aa  113  4e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0545  transcriptional regulator, AraC family  49.59 
 
 
136 aa  114  4e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  27.15 
 
 
358 aa  112  8e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  27.15 
 
 
358 aa  112  8e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 
332 aa  112  1e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  26.28 
 
 
347 aa  110  4e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  26.6 
 
 
347 aa  108  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 
359 aa  107  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  32.84 
 
 
356 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  24.84 
 
 
352 aa  105  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  32.84 
 
 
330 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 
348 aa  105  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3669  AraC family transcriptional regulator  31.51 
 
 
338 aa  105  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  25 
 
 
335 aa  104  3e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 
332 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3195  Fis family transcriptional regulator  27.61 
 
 
374 aa  103  4e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  28.53 
 
 
396 aa  103  5e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0307  AraC family transcriptional regulator  23.95 
 
 
335 aa  103  6e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  31.99 
 
 
330 aa  103  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  31.99 
 
 
330 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 
342 aa  102  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  25.37 
 
 
345 aa  101  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  25.47 
 
 
337 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  24.7 
 
 
335 aa  101  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0302  AraC family transcriptional regulator  22.94 
 
 
335 aa  101  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00847294 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 
336 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  4.26703e-05 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  26.17 
 
 
347 aa  100  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3717  AraC family transcriptional regulator  22.87 
 
 
335 aa  100  5e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0218506 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2143  transcriptional regulator, AraC family  24.06 
 
 
338 aa  98.6  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.344759  normal  0.883029 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  23.22 
 
 
333 aa  97.4  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1196  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 
336 aa  97.1  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6093  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 
398 aa  96.7  6e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0365291  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1998  transcriptional regulator, AraC family  25.23 
 
 
334 aa  96.7  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  27.91 
 
 
345 aa  96.7  6e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5229  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 
339 aa  96.3  7e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0958531  normal  0.127084 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  26.61 
 
 
343 aa  96.3  8e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 
340 aa  96.3  9e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2470  transcriptional regulator, AraC family  24.05 
 
 
338 aa  95.9  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  26.03 
 
 
337 aa  95.9  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1606  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 
358 aa  95.5  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5855  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 
385 aa  95.5  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2600  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 
351 aa  95.9  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  24.28 
 
 
335 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5733  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 
389 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.874497  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6580  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 
364 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111702  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  26.63 
 
 
353 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0421  AraC family transcriptional regulator  25.32 
 
 
350 aa  94.7  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6097  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 
389 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 
337 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5154  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 
339 aa  95.1  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  25.99 
 
 
334 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  25.99 
 
 
337 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4629  AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 
363 aa  94  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4268  AraC family transcriptional regulator  26.42 
 
 
367 aa  94  4e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000628  putative transcription regulator  23.78 
 
 
333 aa  93.2  7e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2010  AraC family transcriptional regulator  26.48 
 
 
360 aa  92.8  8e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7549  AraC family transcriptional regulator  26.3 
 
 
389 aa  92.8  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3981  putative transcriptional regulator  28.33 
 
 
339 aa  92.8  9e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  26.11 
 
 
335 aa  92.4  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  26.81 
 
 
337 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8499  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 
342 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  23.53 
 
 
339 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 
353 aa  92  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  1.95547e-09 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29180  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 
339 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.173637 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1968  AraC family transcriptional regulator  29.28 
 
 
348 aa  91.3  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.83471 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 
337 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3849  helix-turn-helix, Fis-type  25 
 
 
352 aa  90.5  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  25.39 
 
 
353 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  23.85 
 
 
343 aa  90.5  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  25.39 
 
 
353 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  25.39 
 
 
353 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1224  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 
335 aa  89.7  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517703  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  26.13 
 
 
340 aa  89  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 
327 aa  89  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 
352 aa  89  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 
342 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5049  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 
351 aa  89  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  25.32 
 
 
335 aa  88.2  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6017  AraC family transcriptional regulator  24.18 
 
 
425 aa  88.2  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.938285  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  25.61 
 
 
343 aa  87.8  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2392  helix-turn-helix domain-containing protein  28.85 
 
 
381 aa  87.4  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733232  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>