More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0043 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_1286  transcriptional regulator, AraC family  98.61 
 
 
360 aa  718  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0043  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 
360 aa  730  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4110  transcriptional regulator, AraC family  62.8 
 
 
365 aa  421  1e-117  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0045  helix-turn-helix domain-containing protein  65.27 
 
 
373 aa  407  1e-112  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1288  transcriptional regulator, AraC family  65.27 
 
 
373 aa  406  1e-112  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4253  helix-turn-helix domain-containing protein  59.53 
 
 
362 aa  395  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.249278  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4868  transcriptional regulator, AraC family  54.17 
 
 
365 aa  376  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.608166  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  54.94 
 
 
376 aa  363  3e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2269  transcriptional regulator, AraC family  53.45 
 
 
362 aa  355  8e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1582  AraC family transcriptional regulator  52.73 
 
 
367 aa  349  4e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6972  hypothetical protein  49.4 
 
 
372 aa  347  3e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0523  helix-turn-helix domain-containing protein  39.37 
 
 
390 aa  219  5e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261458  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0530  helix-turn-helix domain-containing protein  37.14 
 
 
354 aa  191  2e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  32.19 
 
 
345 aa  140  5e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 
347 aa  133  4e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  27.95 
 
 
347 aa  133  5e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 
332 aa  130  5e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  28.84 
 
 
352 aa  128  2e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2426  transcriptional regulator, AraC family  59.8 
 
 
105 aa  125  8e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438029  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3195  Fis family transcriptional regulator  30.74 
 
 
374 aa  122  8e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 
359 aa  122  1e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  25.63 
 
 
337 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3669  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 
338 aa  120  5e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0302  AraC family transcriptional regulator  25.8 
 
 
335 aa  119  7e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00847294 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3907  transcriptional regulator, AraC family  54.29 
 
 
120 aa  119  7e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 
330 aa  118  2e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  29.19 
 
 
337 aa  118  2e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0307  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 
335 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7632  transcriptional regulator, AraC family  56 
 
 
116 aa  117  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  27.12 
 
 
358 aa  117  4e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  27.12 
 
 
358 aa  117  4e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 
342 aa  116  5e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  29.79 
 
 
343 aa  116  7e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3717  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 
335 aa  115  9e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0218506 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2036  transcriptional regulator, AraC family  53.92 
 
 
105 aa  115  9e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  29.31 
 
 
330 aa  115  1e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  29.53 
 
 
356 aa  115  1e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  26.52 
 
 
345 aa  114  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  31.69 
 
 
348 aa  113  4e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 
347 aa  114  4e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  27.9 
 
 
334 aa  113  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3895  transcriptional regulator, AraC family  53 
 
 
105 aa  112  7e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1606  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 
358 aa  112  9e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2761  AraC family transcriptional regulator  23.61 
 
 
350 aa  112  9e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  30.28 
 
 
337 aa  112  1e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4629  AraC family transcriptional regulator  26.5 
 
 
363 aa  112  1e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 
330 aa  112  1e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  29 
 
 
343 aa  111  2e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  29.85 
 
 
337 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 
396 aa  110  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2010  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 
360 aa  110  4e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  25.78 
 
 
335 aa  109  6e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5049  AraC family transcriptional regulator  28.88 
 
 
351 aa  109  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 
330 aa  109  7e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 
337 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  28.77 
 
 
346 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1998  transcriptional regulator, AraC family  27.04 
 
 
334 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  24.75 
 
 
340 aa  108  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 
340 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  27.74 
 
 
353 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  24.77 
 
 
333 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  27.94 
 
 
337 aa  107  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  25.44 
 
 
335 aa  107  4e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 
342 aa  106  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0545  transcriptional regulator, AraC family  51.35 
 
 
136 aa  107  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  25.14 
 
 
359 aa  106  5e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5229  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 
339 aa  106  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0958531  normal  0.127084 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  27.74 
 
 
335 aa  105  9e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0421  AraC family transcriptional regulator  23 
 
 
350 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  24.76 
 
 
339 aa  104  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2470  transcriptional regulator, AraC family  25.28 
 
 
338 aa  104  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  26.11 
 
 
335 aa  103  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  23.27 
 
 
343 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5154  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 
339 aa  103  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29180  AraC family transcriptional regulator  31.99 
 
 
339 aa  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.173637 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  28.2 
 
 
332 aa  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 
344 aa  102  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  23.2 
 
 
335 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2143  transcriptional regulator, AraC family  24.57 
 
 
338 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.344759  normal  0.883029 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  26.83 
 
 
348 aa  101  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000628  putative transcription regulator  25.31 
 
 
333 aa  100  5e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2600  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 
351 aa  100  5e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  27.02 
 
 
344 aa  99.4  9e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3981  putative transcriptional regulator  31.99 
 
 
339 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  30.42 
 
 
336 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  4.26703e-05 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 
350 aa  99.4  9e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  30.9 
 
 
356 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4268  AraC family transcriptional regulator  26.02 
 
 
367 aa  99  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  31.09 
 
 
360 aa  99  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  31.98 
 
 
357 aa  99  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 
351 aa  97.8  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 
355 aa  98.2  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  26.87 
 
 
343 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 
375 aa  97.8  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  31.2 
 
 
356 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5752  AraC family transcriptional regulator  31.5 
 
 
343 aa  97.8  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207645  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2609  HTH-type transcriptional regulator VqsM  26.46 
 
 
342 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.518674  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66530  putative transcriptional regulator  32.6 
 
 
357 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1224  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 
335 aa  97.1  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517703  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1134  AraC family transcriptional regulator  24.22 
 
 
369 aa  96.7  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.955983  normal  0.648616 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>