More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0034 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 
366 aa  733  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  98.91 
 
 
366 aa  727  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  35.12 
 
 
342 aa  151  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
345 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  33.12 
 
 
343 aa  142  9e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  35.02 
 
 
348 aa  139  9e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  30.75 
 
 
333 aa  134  2e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 
341 aa  131  2e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  31.33 
 
 
340 aa  130  4e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 
347 aa  129  6e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  33.69 
 
 
336 aa  129  9e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 
375 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  31.12 
 
 
344 aa  127  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 
343 aa  125  8e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  28.75 
 
 
343 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  2.2651e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 
357 aa  122  7e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 
337 aa  122  7e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  28.34 
 
 
365 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 
345 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1196  AraC family transcriptional regulator  27.43 
 
 
336 aa  115  9e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  27.83 
 
 
347 aa  115  1e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  27.09 
 
 
344 aa  114  2e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 
362 aa  115  2e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  29.19 
 
 
358 aa  114  4e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  27.55 
 
 
365 aa  113  6e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 
341 aa  112  1e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  26.09 
 
 
346 aa  111  2e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  32 
 
 
335 aa  110  5e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 
339 aa  109  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 
346 aa  109  7e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  27.41 
 
 
337 aa  109  8e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 
347 aa  109  9e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2412  AraC family transcriptional regulator  28.42 
 
 
386 aa  109  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.462091  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 
337 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  25.46 
 
 
341 aa  108  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  25.76 
 
 
334 aa  107  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 
332 aa  106  8e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  24.53 
 
 
341 aa  105  9e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1565  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 
361 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  0.143942 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  25.97 
 
 
344 aa  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  30.2 
 
 
348 aa  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3849  helix-turn-helix, Fis-type  29.85 
 
 
352 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  30.22 
 
 
343 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  26.27 
 
 
359 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3972  transcriptional regulator, AraC family  27.22 
 
 
338 aa  105  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.184414  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 
353 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  27.27 
 
 
353 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1606  AraC family transcriptional regulator  27.81 
 
 
358 aa  105  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4085  transcriptional regulator, AraC family  27.22 
 
 
338 aa  105  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.595412  normal  0.45247 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  25.56 
 
 
335 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  25.23 
 
 
343 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 
353 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  1.95547e-09 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 
353 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 
382 aa  103  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  28.7 
 
 
358 aa  102  8e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  28.7 
 
 
358 aa  102  8e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3805  transcriptional regulator, AraC family  31.02 
 
 
346 aa  102  8e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256933  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 
346 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3194  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 
330 aa  101  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.857429  hitchhiker  0.00472645 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  31.79 
 
 
359 aa  102  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  26.85 
 
 
352 aa  101  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  30.79 
 
 
352 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 
337 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  31.77 
 
 
360 aa  101  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 
335 aa  100  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 
342 aa  100  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2010  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 
360 aa  100  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  29.6 
 
 
343 aa  99.8  7e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4331  transcriptional regulator, AraC family  35.67 
 
 
341 aa  99.8  7e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 
347 aa  99.8  7e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0853  transcriptional regulator, AraC family  38.04 
 
 
198 aa  99.4  8e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 
345 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 
327 aa  98.6  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  29.15 
 
 
347 aa  97.8  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 
337 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  28.09 
 
 
335 aa  98.6  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 
344 aa  98.2  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1673  helix-turn-helix, AraC type  29.5 
 
 
346 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642635  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  24.7 
 
 
345 aa  98.6  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4629  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 
363 aa  98.2  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4068  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 
355 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103563  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  27.18 
 
 
366 aa  97.4  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2376  transcriptional regulator, AraC family  25.15 
 
 
359 aa  97.4  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 
349 aa  97.4  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  25.99 
 
 
366 aa  97.4  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  26.27 
 
 
340 aa  97.8  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  30.28 
 
 
356 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  26.11 
 
 
343 aa  97.1  4e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5049  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 
351 aa  97.1  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  29.85 
 
 
327 aa  97.1  5e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  29.57 
 
 
351 aa  96.7  5e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 
352 aa  97.1  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  28.89 
 
 
335 aa  96.7  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1103  transcriptional regulator, AraC family  26.64 
 
 
331 aa  96.7  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  25.6 
 
 
330 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  27.43 
 
 
346 aa  95.9  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  27.51 
 
 
341 aa  95.5  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  29.08 
 
 
343 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6507  transcriptional regulator, AraC family  28.02 
 
 
344 aa  95.5  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739448  normal  0.944873 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7549  AraC family transcriptional regulator  32.64 
 
 
389 aa  94.7  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.532052 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>