More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0031 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  100 
 
 
794 aa  1558  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1175  general secretion pathway protein D  77.18 
 
 
797 aa  547  1e-154  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217594  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  32.36 
 
 
829 aa  323  1e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  1.62446e-05 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2098  general secretion pathway protein D  32.01 
 
 
681 aa  315  2e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103091  normal  0.703642 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  31.02 
 
 
819 aa  315  2e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0742  type II and III secretion system protein  31.11 
 
 
773 aa  295  2e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0678  general secretion pathway protein D  31.59 
 
 
720 aa  293  9e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00783707  decreased coverage  0.00018208 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1277  general secretion pathway protein D  30.9 
 
 
751 aa  283  9e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  30.35 
 
 
780 aa  278  3e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  29.24 
 
 
745 aa  263  1e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1518  general secretion pathway protein D  30.19 
 
 
772 aa  256  9e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.22323  normal  0.534897 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  41.43 
 
 
686 aa  253  1e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1791  general secretion pathway protein D  42.12 
 
 
784 aa  231  5e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  37.69 
 
 
833 aa  202  1e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  3.06489e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0909  general secretion pathway protein D  38.58 
 
 
805 aa  195  3e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.793401 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0885  general secretion pathway protein D  34.58 
 
 
756 aa  192  2e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.741173  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3067  general secretion pathway protein D  35.22 
 
 
803 aa  192  3e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0574712  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1587  general secretion pathway protein D  32.47 
 
 
801 aa  191  4e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.089404 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3010  type II and III secretion system protein  36.54 
 
 
774 aa  188  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  25.58 
 
 
789 aa  167  8e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  34.34 
 
 
641 aa  166  2e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  31.94 
 
 
733 aa  165  4e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  31.2 
 
 
781 aa  163  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0779  general secretion pathway protein D  32.52 
 
 
775 aa  161  4e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00261901  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0866  general secretory pathway protein D precursor  31.19 
 
 
775 aa  161  5e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00112703  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02686  general secretion pathway protein D  30.58 
 
 
766 aa  160  1e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.91159  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  30.96 
 
 
781 aa  160  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  31.12 
 
 
740 aa  157  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  35.25 
 
 
751 aa  156  1e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  33.33 
 
 
787 aa  156  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  33.73 
 
 
704 aa  155  3e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3658  general secretion pathway protein D  30.56 
 
 
793 aa  155  4e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  32.95 
 
 
705 aa  154  6e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  32.73 
 
 
705 aa  154  7e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  33.23 
 
 
805 aa  154  7e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  30.77 
 
 
793 aa  154  8e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  30.03 
 
 
799 aa  154  8e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  32.73 
 
 
705 aa  153  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  32.63 
 
 
724 aa  153  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3236  type II and III secretion system protein  29.9 
 
 
711 aa  152  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.284362  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  33.73 
 
 
704 aa  152  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  32.93 
 
 
706 aa  152  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  33.43 
 
 
702 aa  152  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  33.64 
 
 
700 aa  152  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  33.64 
 
 
700 aa  152  3e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  33.33 
 
 
710 aa  150  6e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  33.86 
 
 
807 aa  151  6e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  35.47 
 
 
654 aa  150  8e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0226374 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  35.47 
 
 
650 aa  150  8e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  35.47 
 
 
654 aa  150  9e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  34.01 
 
 
662 aa  150  9e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  34.69 
 
 
804 aa  150  1e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  32.36 
 
 
696 aa  149  1e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  33.03 
 
 
703 aa  149  2e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  1.9891e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  33.23 
 
 
803 aa  149  2e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  32.53 
 
 
702 aa  149  2e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  33.33 
 
 
744 aa  147  5e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  32.33 
 
 
714 aa  147  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  9.53864e-06  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  29.63 
 
 
752 aa  146  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  31.27 
 
 
703 aa  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  31.41 
 
 
738 aa  145  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  26.49 
 
 
728 aa  145  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1073  general secretion pathway protein D  34.49 
 
 
774 aa  145  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  32.06 
 
 
707 aa  144  7e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  27.61 
 
 
686 aa  143  1e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  6.64316e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  27.61 
 
 
686 aa  143  1e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  6.55056e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  33.33 
 
 
635 aa  142  2e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  28.13 
 
 
686 aa  142  2e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  27.61 
 
 
686 aa  142  2e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  27.61 
 
 
686 aa  142  2e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  32.08 
 
 
716 aa  142  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  33.22 
 
 
771 aa  142  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  31.45 
 
 
710 aa  142  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  32.57 
 
 
777 aa  142  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  30.7 
 
 
781 aa  140  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  30.82 
 
 
717 aa  139  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  33.73 
 
 
753 aa  140  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.56806e-05 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  25 
 
 
748 aa  138  4e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0062  general secretion pathway protein D  33.33 
 
 
774 aa  137  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348368  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0008  Type II secretion system gspD  33.33 
 
 
774 aa  137  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3936  general secretion pathway protein D  32.86 
 
 
791 aa  137  6e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.765741 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  32.42 
 
 
803 aa  137  8e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  5.55876e-05  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  30.67 
 
 
747 aa  137  9e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  34.38 
 
 
636 aa  137  1e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.68391e-06  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  31.25 
 
 
757 aa  137  1e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  31.67 
 
 
783 aa  135  2e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  32.34 
 
 
630 aa  135  2e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  32.79 
 
 
632 aa  136  2e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  31.25 
 
 
750 aa  135  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  31.25 
 
 
757 aa  135  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  30.92 
 
 
757 aa  134  5e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  30.92 
 
 
757 aa  134  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  30.92 
 
 
757 aa  134  5e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  32.08 
 
 
803 aa  134  5e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  30.92 
 
 
757 aa  134  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  27.97 
 
 
697 aa  134  6e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3020  Type II secretory pathway component PulD-like protein  28.67 
 
 
696 aa  133  1e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000150174  decreased coverage  7.99268e-09 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  30.67 
 
 
775 aa  132  2e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  30.86 
 
 
658 aa  132  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2024  general secretion pathway protein D  33.07 
 
 
779 aa  132  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0993324 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>