58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0027 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_0027  malonate decarboxylase, gamma subunit  100 
 
 
238 aa  464  1e-130  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.2409  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0028  malonate decarboxylase, gamma subunit  97.06 
 
 
238 aa  449  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.31944  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0049  malonate decarboxylase, gamma subunit  90.76 
 
 
238 aa  421  1e-117  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.210818  normal  0.0466048 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6854  malonate decarboxylase, gamma subunit  88.66 
 
 
238 aa  416  1e-115  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3154  malonate decarboxylase, gamma subunit  82.35 
 
 
238 aa  395  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0170  malonate decarboxylase, gamma subunit  73.18 
 
 
238 aa  293  1e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.212333  normal  0.869946 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2800  malonate decarboxylase, gamma subunit  64.32 
 
 
241 aa  259  3e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.176554  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1162  malonate decarboxylase, gamma subunit  58.44 
 
 
235 aa  256  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.166916 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3189  malonate decarboxylase, gamma subunit  57.85 
 
 
245 aa  256  2e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.620399 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1272  malonate decarboxylase gamma subunit  59.31 
 
 
235 aa  255  3e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00955431  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0791  malonate decarboxylase gamma subunit  59.31 
 
 
235 aa  255  3e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.107283  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1150  malonate decarboxylase gamma subunit  58.44 
 
 
235 aa  256  3e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.945666  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2047  malonate decarboxylase, gamma subunit  58.87 
 
 
235 aa  255  4e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1244  malonate decarboxylase, gamma subunit  58.87 
 
 
235 aa  252  3e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.58858  normal  0.076268 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4415  malonate decarboxylase gamma subunit  57.14 
 
 
235 aa  249  2e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.664444  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1455  malonate decarboxylase, gamma subunit  62.24 
 
 
241 aa  245  5e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0490368  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1259  malonate decarboxylase, gamma subunit  62.24 
 
 
241 aa  245  5e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.341202  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0611  malonate decarboxylase, gamma subunit  62.24 
 
 
241 aa  245  5e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.345802  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0542  malonate decarboxylase, gamma subunit  62.24 
 
 
241 aa  245  5e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.960263  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3034  malonate decarboxylase, gamma subunit  62.24 
 
 
241 aa  245  5e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1485  malonate decarboxylase, gamma subunit  61.83 
 
 
241 aa  244  1e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.359721  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1585  malonate decarboxylase, gamma subunit  61.83 
 
 
241 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.911971  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4289  malonate decarboxylase gamma subunit  59.75 
 
 
240 aa  234  8e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.399455  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1078  malonate decarboxylase, gamma subunit  40.69 
 
 
236 aa  162  6e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0791  malonate decarboxylase gamma subunit  40.27 
 
 
239 aa  155  4e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0107616  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5371  malonate decarboxylase, gamma subunit  39.22 
 
 
233 aa  155  8e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0278339  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0076  malonate decarboxylase, gamma subunit  36.64 
 
 
233 aa  142  6e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.658515 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1765  malonate decarboxylase, gamma subunit  37.61 
 
 
233 aa  138  6e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.928487  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1846  malonate decarboxylase gamma subunit  38.35 
 
 
232 aa  137  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.336793  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2495  hypothetical protein  30.84 
 
 
239 aa  137  2e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2892  malonate decarboxylase gamma subunit  36.21 
 
 
233 aa  136  3e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.473236  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2893  malonate decarboxylase gamma subunit  41.27 
 
 
226 aa  131  1e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.187079  normal  0.0693579 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1143  putative malonate decarboxylase gamma subunit  31.51 
 
 
238 aa  130  2e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.216529  normal  0.546838 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4017  malonate decarboxylase gamma subunit  36.67 
 
 
240 aa  129  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2471  malonate decarboxylase gamma subunit  30.04 
 
 
499 aa  63.9  2e-09  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.719653  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1243  malonate decarboxylase, gamma subunit  32.21 
 
 
267 aa  63.2  3e-09  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0296  malonate decarboxylase subunit gamma  32.26 
 
 
268 aa  62.4  6e-09  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.526825  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2442  malonate decarboxylase, gamma subunit  34.33 
 
 
263 aa  62.4  7e-09  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.556713  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5298  malonate decarboxylase gamma subunit  31.07 
 
 
261 aa  61.2  1e-08  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.47948  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5083  malonate decarboxylase, gamma subunit  30.65 
 
 
266 aa  60.8  2e-08  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1325  hypothetical protein  29.24 
 
 
297 aa  60.5  2e-08  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3295  malonate decarboxylase gamma subunit  26.05 
 
 
294 aa  60.8  2e-08  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2608  malonate decarboxylase, gamma subunit  31.64 
 
 
266 aa  60.5  2e-08  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0803004  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3775  malonate decarboxylase gamma subunit  34.15 
 
 
266 aa  60.8  2e-08  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0108609 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02590  malonate decarboxylase gamma subunit  32.26 
 
 
268 aa  60.1  3e-08  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0619996  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0446  malonate decarboxylase gamma subunit  31.5 
 
 
266 aa  60.1  3e-08  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1060  malonate decarboxylase gamma subunit  25.9 
 
 
294 aa  60.1  3e-08  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0857455  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10320  Malonate decarboxylase gamma subunit  33.06 
 
 
268 aa  58.5  8e-08  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.056312  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4929  malonate decarboxylase gamma subunit  31.97 
 
 
273 aa  56.2  4e-07  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.616549  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0950  malonate decarboxylase gamma subunit  33.33 
 
 
268 aa  55.5  7e-07  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4817  malonate decarboxylase, gamma subunit  26.19 
 
 
272 aa  55.5  8e-07  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0587607  normal  0.0256459 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2879  malonate decarboxylase, gamma subunit  28.75 
 
 
263 aa  53.5  3e-06  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.994306 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3656  malonate decarboxylase gamma subunit  30.65 
 
 
264 aa  52.4  6e-06  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1848  putative malonate decarboxylase gamma subunit  26.32 
 
 
272 aa  50.4  2e-05  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.415688  normal  0.0801286 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4589  malonate decarboxylase gamma subunit  26.67 
 
 
280 aa  50.1  3e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5083  malonate decarboxylase, gamma subunit  26.14 
 
 
272 aa  50.1  3e-05  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172964  normal  0.178528 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3867  malonate decarboxylase, gamma subunit  32.23 
 
 
276 aa  46.2  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4943  malonate decarboxylase, gamma subunit  32.23 
 
 
276 aa  46.2  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0583911 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>