More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0022 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  100 
 
 
228 aa  454  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 
230 aa  453  1e-126  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  93.39 
 
 
231 aa  419  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  91.59 
 
 
242 aa  410  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  88.74 
 
 
222 aa  397  1e-110  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  77.62 
 
 
222 aa  326  2e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  74.77 
 
 
237 aa  320  1e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  75 
 
 
222 aa  314  7e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2445  transcriptional regulator, GntR family  70.72 
 
 
230 aa  298  4e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  45.71 
 
 
226 aa  178  7e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  4.58154e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  47.45 
 
 
240 aa  173  2e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  47.42 
 
 
248 aa  172  3e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  46.67 
 
 
220 aa  167  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  9.0483e-07  n/a   
 
 
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  46.91 
 
 
239 aa  167  1e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  46.39 
 
 
243 aa  167  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  46.38 
 
 
223 aa  166  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  46.38 
 
 
223 aa  166  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  45.73 
 
 
244 aa  166  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  46.97 
 
 
251 aa  166  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  45.73 
 
 
237 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  48.72 
 
 
218 aa  160  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  41.95 
 
 
224 aa  159  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  44.9 
 
 
226 aa  158  7e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  44.93 
 
 
221 aa  157  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  45.1 
 
 
238 aa  154  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  40.51 
 
 
223 aa  150  1e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1381  transcriptional regulator, GntR family  46.38 
 
 
223 aa  150  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  43.72 
 
 
216 aa  149  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  45.89 
 
 
221 aa  149  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  41.45 
 
 
218 aa  148  8e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  42.21 
 
 
216 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  41.24 
 
 
221 aa  145  6e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  41.1 
 
 
216 aa  144  9e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2908  GntR family transcriptional regulator  46.15 
 
 
217 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  40.19 
 
 
218 aa  141  8e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  41.75 
 
 
219 aa  140  1e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  42.27 
 
 
230 aa  139  4e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  44.75 
 
 
216 aa  137  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  41.24 
 
 
248 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  44.21 
 
 
227 aa  135  4e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  41.4 
 
 
227 aa  135  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  38.12 
 
 
231 aa  130  2e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
234 aa  129  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  37.02 
 
 
223 aa  128  9e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  40.8 
 
 
224 aa  125  5e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0520  GntR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
225 aa  124  9e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.656964  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4473  transcriptional regulator, GntR family  45.86 
 
 
224 aa  122  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.729614 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  34.36 
 
 
214 aa  122  4e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  36.27 
 
 
223 aa  114  9e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  36.41 
 
 
227 aa  114  9e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  39.18 
 
 
218 aa  114  1e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
242 aa  111  1e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
223 aa  108  7e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
241 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4792  GntR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
240 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.815698  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
241 aa  105  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  34.43 
 
 
212 aa  105  7e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
212 aa  104  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
222 aa  104  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
233 aa  104  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 
224 aa  104  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
239 aa  103  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 
226 aa  103  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  37.62 
 
 
237 aa  103  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 
233 aa  102  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  34.7 
 
 
229 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
226 aa  103  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
227 aa  102  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  35.75 
 
 
216 aa  102  5e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  35.57 
 
 
216 aa  102  7e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  34.17 
 
 
223 aa  101  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  32.2 
 
 
241 aa  101  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4691  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 
233 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.517604  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
234 aa  100  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
229 aa  100  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 
223 aa  99.4  4e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 
241 aa  99.8  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 
222 aa  99.4  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
223 aa  99.4  4e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 
218 aa  99.4  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  34.01 
 
 
238 aa  99.4  4e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
222 aa  99.4  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 
211 aa  99  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  30.69 
 
 
228 aa  99.4  5e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
244 aa  99  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
229 aa  99  5e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1244  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 
229 aa  98.6  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.376161 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4357  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
240 aa  99  6e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.899298  normal  0.198787 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4670  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 
239 aa  98.6  8e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2268  GntR family transcriptional regulator  32.96 
 
 
239 aa  98.2  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 
231 aa  97.4  1e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  1.18605e-05  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6033  transcriptional regulator, GntR family  32.96 
 
 
239 aa  97.4  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  32.06 
 
 
219 aa  97.8  1e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1379  transcriptional regulator, GntR family  31.6 
 
 
227 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.163127  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3622  GntR family transcriptional regulator  32.6 
 
 
239 aa  97.1  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
230 aa  96.7  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4345  GntR family transcriptional regulator  35.94 
 
 
242 aa  96.7  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
235 aa  96.7  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
235 aa  96.3  3e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1218  GntR domain-containing protein  31.6 
 
 
250 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.415589 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>