More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0021 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_0022  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  98.8 
 
 		 332 aa  659    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.939722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0021  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 332 aa  664    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.867274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  89.12 
 
 		 332 aa  533  1e-150  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.15937  normal  0.0190305 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  82.48 
 
 		 333 aa  514  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.264514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.61 
 
 		 337 aa  476  1e-133  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.460239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.44 
 
 		 333 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1056  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.6 
 
 		 332 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.843879 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.9 
 
 		 332 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6955  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.84 
 
 		 332 aa  358  6e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0416972 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1014  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.42 
 
 		 336 aa  343  2e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.77 
 
 		 336 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.945072  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.42 
 
 		 336 aa  342  7e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.31 
 
 		 336 aa  337  1.9999999999999998e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.753592 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.52 
 
 		 334 aa  323  2e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000382267 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.7 
 
 		 355 aa  304  2.0000000000000002e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.07 
 
 		 369 aa  302  6.000000000000001e-81  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5078  short chain dehydrogenase  48.64 
 
 		 337 aa  290  2e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5454  short chain dehydrogenase  51.13 
 
 		 342 aa  288  7e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420602 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1371  short chain dehydrogenase  50.8 
 
 		 342 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.103888  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6458  short chain dehydrogenase  50.8 
 
 		 342 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.859122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5638  short chain dehydrogenase  49.52 
 
 		 342 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.731163  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6386  short chain dehydrogenase  49.52 
 
 		 342 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.875817  normal  0.430331 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6050  short chain dehydrogenase  50.48 
 
 		 342 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.057993 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1374  short chain dehydrogenase  51.13 
 
 		 343 aa  276  3e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.271507  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3026  short chain dehydrogenase  51.13 
 
 		 343 aa  276  3e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.327343  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3155  short chain dehydrogenase  51.13 
 
 		 343 aa  276  5e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1975  short chain dehydrogenase  50.8 
 
 		 343 aa  275  8e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.509548  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2259  short chain dehydrogenase  50.8 
 
 		 343 aa  275  8e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.153923  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0996  short chain dehydrogenase  50.8 
 
 		 343 aa  275  8e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.663659  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1284  short chain dehydrogenase  50.8 
 
 		 343 aa  275  8e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.524856  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1489  short chain dehydrogenase  47.39 
 
 		 296 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5076  short chain dehydrogenase  38.32 
 
 		 339 aa  218  1e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.5503 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.45 
 
 		 331 aa  214  9.999999999999999e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.317151 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0579  short chain dehydrogenase  39.27 
 
 		 336 aa  207  3e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 		 295 aa  186  4e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.617433  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 		 299 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.297651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.17 
 
 		 326 aa  173  3.9999999999999995e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3685  short chain dehydrogenase  35.14 
 
 		 346 aa  161  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5503  short chain dehydrogenase  38.64 
 
 		 327 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.148603  normal  0.0783647 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20190  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.79 
 
 		 336 aa  158  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2604  short chain dehydrogenase  34.5 
 
 		 441 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.155527 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2427  short chain dehydrogenase  39.84 
 
 		 442 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.15313  normal  0.413243 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3105  short chain dehydrogenase  35.32 
 
 		 325 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0188574  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4439  short chain dehydrogenase  36.52 
 
 		 336 aa  152  8e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0197504  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2986  short chain dehydrogenase  39.44 
 
 		 441 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889744  normal  0.40482 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0472  short chain dehydrogenase  34.09 
 
 		 328 aa  150  4e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.57 
 
 		 334 aa  150  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.774727  normal  0.848233 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.95 
 
 		 335 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6285  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 		 327 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306501  hitchhiker  0.00902289 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 		 341 aa  150  4e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3972  short chain dehydrogenase  38.8 
 
 		 441 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6571  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 		 327 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3170  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  35.95 
 
 		 544 aa  149  8e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0745281 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 		 355 aa  149  9e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.453841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3688  short chain dehydrogenase  33.78 
 
 		 335 aa  146  5e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000592094  normal  0.0665627 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7903  short chain dehydrogenase  34.81 
 
 		 331 aa  146  6e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.943386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 		 327 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2751  short chain dehydrogenase  36.19 
 
 		 345 aa  145  1e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.13 
 
 		 330 aa  144  3e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.415615 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 		 332 aa  143  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3900  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.41 
 
 		 327 aa  141  9.999999999999999e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.155231 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2751  short chain dehydrogenase  34.19 
 
 		 336 aa  140  3e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.186259  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 		 330 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0961773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0273  short chain dehydrogenase  32.21 
 
 		 334 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.698832 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1984  short chain dehydrogenase  36.68 
 
 		 346 aa  138  1e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4176  short chain dehydrogenase  36.44 
 
 		 331 aa  138  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333846  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0291  short chain dehydrogenase  32.33 
 
 		 334 aa  138  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2660  short chain dehydrogenase  33.46 
 
 		 336 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.76 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0208567  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5897  short chain dehydrogenase  35.63 
 
 		 328 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2310  short chain dehydrogenase  38.62 
 
 		 371 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.604961  normal  0.538846 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 		 260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.56 
 
 		 332 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.261589  normal  0.281891 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.54 
 
 		 336 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.136897 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2083  short chain dehydrogenase  32.58 
 
 		 332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.244735  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.01 
 
 		 334 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0134131 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0149  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.28 
 
 		 326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2357  short chain dehydrogenase  32.39 
 
 		 325 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.486705  decreased coverage  0.000279789 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.91 
 
 		 334 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.223195 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 		 261 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6867  short chain dehydrogenase  35.1 
 
 		 333 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0343  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 		 314 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4566  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 		 350 aa  129  8.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.48 
 
 		 334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.496064  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1302  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.92 
 
 		 258 aa  126  6e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.12307  hitchhiker  0.00977234 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0353  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.1 
 
 		 262 aa  126  6e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.61 
 
 		 247 aa  126  6e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3554  short chain dehydrogenase  36.33 
 
 		 336 aa  125  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.68 
 
 		 266 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.871012  hitchhiker  0.000000000383418 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0420  short chain dehydrogenase  33.6 
 
 		 331 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.64097  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1184  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2831  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.95 
 
 		 264 aa  123  3e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5733  short chain dehydrogenase  31.82 
 
 		 333 aa  123  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.329288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2182  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 		 332 aa  123  5e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1086  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  38.73 
 
 		 247 aa  122  7e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.144372  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3967  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 		 264 aa  122  8e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0321162  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3844  short chain dehydrogenase  33.84 
 
 		 267 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000447473 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4040  short chain dehydrogenase  33.84 
 
 		 267 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1657  short chain dehydrogenase  35.97 
 
 		 332 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0430692 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>