More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0006 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_0004  ATP-dependent DNA helicase RecQ  80.19 
 
 
615 aa  1010  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.49802 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0006  ATP-dependent DNA helicase RecQ  95.61 
 
 
615 aa  1144  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0007  ATP-dependent DNA helicase RecQ  98.86 
 
 
615 aa  1242  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.334789 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1128  ATP-dependent DNA helicase RecQ  85.81 
 
 
613 aa  1045  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.438623  normal  0.28159 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0005  ATP-dependent DNA helicase RecQ  79.71 
 
 
616 aa  999  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6085  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0006  ATP-dependent DNA helicase RecQ  100 
 
 
615 aa  1252  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.354235  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0089  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.74 
 
 
629 aa  613  1e-174  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0181751  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4306  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51 
 
 
607 aa  576  1e-163  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.227101  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3491  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.31 
 
 
635 aa  575  1e-162  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.394167  normal  0.250752 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1290  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.15 
 
 
616 aa  554  1e-156  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.289447  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1395  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.51 
 
 
715 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4022  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.25 
 
 
715 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0251984 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3805  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.02 
 
 
714 aa  554  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.824216  hitchhiker  3.05051e-06 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2656  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.23 
 
 
790 aa  554  1e-156  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343812  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4516  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.51 
 
 
715 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121492  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1931  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.23 
 
 
711 aa  550  1e-155  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.161576  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2984  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.56 
 
 
600 aa  548  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.31482 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5313  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.93 
 
 
616 aa  549  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2993  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.15 
 
 
633 aa  548  1e-154  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.768661  normal  0.830913 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0015  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.7 
 
 
656 aa  548  1e-154  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1786  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.92 
 
 
711 aa  542  1e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3103  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.67 
 
 
601 aa  543  1e-153  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.69477  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20810  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.17 
 
 
712 aa  543  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3439  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.48 
 
 
599 aa  544  1e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.833511  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0870  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.87 
 
 
611 aa  539  1e-152  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1359  DEAD/DEAH box helicase  47.4 
 
 
681 aa  538  1e-152  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1812  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.26 
 
 
710 aa  541  1e-152  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.646087  normal  0.880119 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0017  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.24 
 
 
681 aa  540  1e-152  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.571196  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1468  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.85 
 
 
709 aa  541  1e-152  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2659  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46 
 
 
679 aa  541  1e-152  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1644  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.59 
 
 
709 aa  538  1e-151  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.273045  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3738  ATP-dependent DNA helicase RecQ:ATP-requiring DNA helicase RecQ  45.42 
 
 
709 aa  536  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.145176  normal  0.0175539 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4701  ATP-dependent DNA helicase, RecQ  47.59 
 
 
618 aa  535  1e-151  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0443  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.64 
 
 
685 aa  536  1e-151  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0027  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.4 
 
 
681 aa  538  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0879817  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32800  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.1 
 
 
707 aa  534  1e-150  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0953  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.15 
 
 
611 aa  533  1e-150  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.645427 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01576  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.09 
 
 
598 aa  533  1e-150  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1097  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.15 
 
 
611 aa  533  1e-150  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1438  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.18 
 
 
625 aa  531  1e-149  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2226  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.23 
 
 
647 aa  529  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2961  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.62 
 
 
622 aa  529  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.303637 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0896  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.4 
 
 
598 aa  525  1e-148  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0153  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.19 
 
 
633 aa  525  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4412  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.14 
 
 
619 aa  525  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.659664  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0913  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.83 
 
 
617 aa  527  1e-148  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.631203  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0579  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.11 
 
 
601 aa  526  1e-148  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3334  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.54 
 
 
679 aa  527  1e-148  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.729539 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0839  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.64 
 
 
626 aa  525  1e-147  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.305009 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0898  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.17 
 
 
603 aa  525  1e-147  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.109686  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2702  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.79 
 
 
621 aa  523  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3175  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.14 
 
 
763 aa  523  1e-147  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0819328  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1918  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.14 
 
 
658 aa  523  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0352657  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3752  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.14 
 
 
615 aa  524  1e-147  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3472  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.14 
 
 
615 aa  524  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.290967  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1604  ATP-dependent DNA helicase  45.11 
 
 
601 aa  523  1e-147  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2638  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.14 
 
 
615 aa  524  1e-147  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.923469  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6924  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.85 
 
 
625 aa  524  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.286849 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3810  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.14 
 
 
615 aa  524  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0224  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.46 
 
 
611 aa  522  1e-147  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3783  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.14 
 
 
647 aa  523  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0410934  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2101  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.56 
 
 
625 aa  519  1e-146  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2380  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.91 
 
 
596 aa  521  1e-146  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.12665e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3074  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.65 
 
 
644 aa  519  1e-146  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0876032  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3186  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.27 
 
 
615 aa  521  1e-146  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4154  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.18 
 
 
608 aa  520  1e-146  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00653276  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0243  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.14 
 
 
615 aa  519  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.621272  normal  0.120365 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4046  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.58 
 
 
609 aa  517  1e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0084  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.04 
 
 
623 aa  517  1e-145  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4289  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.58 
 
 
609 aa  517  1e-145  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5263  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.58 
 
 
611 aa  517  1e-145  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.695622 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4189  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.41 
 
 
611 aa  516  1e-145  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00948478 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0193  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.77 
 
 
599 aa  518  1e-145  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372053  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03650  hypothetical protein  45.41 
 
 
609 aa  516  1e-145  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.738686  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3025  ATP-dependent DNA helicase protein  45.9 
 
 
637 aa  516  1e-145  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0062287  normal  0.0101494 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0242  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.79 
 
 
607 aa  518  1e-145  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4157  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  45.58 
 
 
611 aa  517  1e-145  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33130  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.67 
 
 
607 aa  517  1e-145  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0486618  normal  0.887985 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4186  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.58 
 
 
609 aa  516  1e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.802851 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0103  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.88 
 
 
623 aa  515  1e-145  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6077  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.04 
 
 
618 aa  516  1e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.9148  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0193  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.36 
 
 
614 aa  518  1e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.486098  normal  0.649708 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0170  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.01 
 
 
633 aa  516  1e-145  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03701  ATP-dependent DNA helicase  45.41 
 
 
611 aa  516  1e-145  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.644555  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3964  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.02 
 
 
608 aa  518  1e-145  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0695  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.04 
 
 
612 aa  514  1e-144  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0299  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.26 
 
 
609 aa  513  1e-144  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.236448  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0342  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.15 
 
 
615 aa  512  1e-144  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0731  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.86 
 
 
625 aa  513  1e-144  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0649  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.56 
 
 
600 aa  513  1e-144  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1868  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.01 
 
 
719 aa  512  1e-144  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0321  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.15 
 
 
615 aa  512  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0467683 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4343  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.41 
 
 
609 aa  515  1e-144  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3328  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.45 
 
 
630 aa  514  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.554418  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0114  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.62 
 
 
639 aa  514  1e-144  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.186389 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0734  ATP-dependent DNA helicase  44.72 
 
 
600 aa  513  1e-144  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.792164  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2446  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.11 
 
 
739 aa  513  1e-144  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.772322  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2765  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.15 
 
 
615 aa  512  1e-144  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3974  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.74 
 
 
609 aa  509  1e-143  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.172016  normal  0.841537 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2846  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.65 
 
 
615 aa  511  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.551557 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>