More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0001 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_0002  chromosomal replication initiation protein  95.41 
 
 
501 aa  936  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0002  chromosomal replication initiation protein  82.46 
 
 
498 aa  781  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0002  chromosomal replication initiation protein  100 
 
 
501 aa  1000  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.536334 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0001  chromosomal replication initiation protein  78.3 
 
 
499 aa  733  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00640124  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0001  chromosomal replication initiation protein  100 
 
 
501 aa  1000  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0001  chromosomal replication initiation protein  79.28 
 
 
494 aa  750  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.852723  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0001  chromosomal replication initiation protein  59.53 
 
 
506 aa  575  1e-163  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0003  chromosomal replication initiation protein  62.6 
 
 
510 aa  577  1e-163  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  unclonable  2.44231e-08  normal  0.247706 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0001  chromosomal replication initiation protein  60.08 
 
 
475 aa  562  1e-159  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.216398 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0001  chromosomal replication initiation protein  59.34 
 
 
473 aa  557  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.884369 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0001  chromosomal replication initiation protein  59.54 
 
 
472 aa  549  1e-155  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0001  chromosomal replication initiation protein  59.46 
 
 
472 aa  549  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206184  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0001  chromosomal replication initiation protein  59.38 
 
 
475 aa  551  1e-155  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0001  chromosomal replication initiation protein  59.54 
 
 
472 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.583954  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0001  chromosomal replication initiation protein  60.21 
 
 
475 aa  547  1e-154  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0001  chromosomal replication initiation protein  52.23 
 
 
506 aa  491  1e-137  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0129481  hitchhiker  1.43408e-08 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0001  chromosomal replication initiation protein  48.39 
 
 
516 aa  436  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0192779 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0391  chromosomal replication initiation protein  48.86 
 
 
524 aa  434  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246214  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0001  chromosomal replication initiation protein  48.05 
 
 
516 aa  435  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.962631  hitchhiker  0.00495499 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0001  chromosomal replication initiation protein  46.49 
 
 
479 aa  431  1e-119  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0301114  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0002  chromosomal replication initiation protein  48.96 
 
 
481 aa  428  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0480088  hitchhiker  1.32312e-05 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0003  chromosomal replication initiator protein DnaA  46.2 
 
 
519 aa  404  1e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  1.18183e-08  unclonable  1.22456e-24 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1279  chromosomal replication initiation protein  45.09 
 
 
524 aa  402  1e-111  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  5.04678e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0003  chromosomal replication initiation protein  45.71 
 
 
520 aa  404  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  2.73847e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0001  chromosomal replication initiation protein  45.44 
 
 
496 aa  398  1e-109  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  8.69739e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0001  chromosomal replication initiation protein  45.44 
 
 
496 aa  398  1e-109  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00276825  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0001  chromosomal replication initiation protein  42.28 
 
 
509 aa  373  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2833  chromosomal replication initiation protein  40.54 
 
 
448 aa  369  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0001  chromosomal replication initiation protein  39.92 
 
 
470 aa  370  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0703594  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0002  chromosomal replication initiation protein  42.52 
 
 
461 aa  371  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.020385  hitchhiker  6.03983e-07 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0011  chromosomal replication initiation protein  42.09 
 
 
455 aa  360  4e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1342  chromosomal replication initiation protein  42.09 
 
 
455 aa  360  4e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0809  chromosomal replication initiation protein  38.26 
 
 
464 aa  358  1e-97  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.54082  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0270  chromosomal replication initiation protein  39.87 
 
 
452 aa  357  2e-97  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.43885  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3373  chromosomal replication initiation protein  40.7 
 
 
460 aa  355  1e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0001  chromosomal replication initiation protein  39.48 
 
 
477 aa  352  8e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.839498  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  41.46 
 
 
477 aa  347  2e-94  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0001  chromosomal replication initiation protein  38.56 
 
 
460 aa  347  4e-94  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.335135  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0001  chromosomal replication initiation protein  39.76 
 
 
482 aa  344  2e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0259  chromosomal replication initiator protein DnaA  38.6 
 
 
474 aa  336  5e-91  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0001  chromosomal replication initiation protein  37.92 
 
 
475 aa  332  8e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  40.04 
 
 
482 aa  328  1e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  4.60391e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0001  chromosomal replication initiation protein  39.8 
 
 
498 aa  308  1e-82  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  38.67 
 
 
464 aa  303  6e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0001  chromosomal replication initiation protein  35 
 
 
446 aa  302  8e-81  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  4.25777e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0001  chromosomal replication initiation protein  35 
 
 
446 aa  302  8e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.63866e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0001  chromosomal replication initiation protein  35 
 
 
446 aa  302  8e-81  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0001  chromosomal replication initiation protein  35 
 
 
446 aa  302  8e-81  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  4.59109e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0001  chromosomal replication initiation protein  35 
 
 
446 aa  302  8e-81  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  2.44098e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  32.65 
 
 
453 aa  301  2e-80  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  2.08022e-10  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0001  chromosomal replication initiation protein  34.58 
 
 
446 aa  301  3e-80  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  1.84902e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0001  chromosomal replication initiation protein  34.58 
 
 
446 aa  301  3e-80  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000594007  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3033  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.6 
 
 
442 aa  298  1e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.949168  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2507  chromosomal replication initiation protein  38.27 
 
 
472 aa  298  1e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.51721e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0032  chromosomal replication initiation protein  38.05 
 
 
463 aa  298  1e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  2.17775e-05  normal  0.251102 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2553  chromosomal replication initiation protein  40 
 
 
451 aa  297  2e-79  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000248403  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  37.11 
 
 
462 aa  298  2e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  37.11 
 
 
462 aa  298  2e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  5.10804e-08  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0001  chromosomal replication initiation protein  35.21 
 
 
446 aa  297  3e-79  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000585905  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0001  chromosomal replication initiation protein  34.58 
 
 
453 aa  296  4e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  7.95473e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0001  chromosomal replication initiation protein  35.34 
 
 
524 aa  296  4e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0237228  normal  0.131634 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0001  chromosomal replication initiation protein  34.58 
 
 
453 aa  296  4e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.101414  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0001  initiation of chromosome replication  34.58 
 
 
436 aa  296  4e-79  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5319  chromosomal replication initiation protein  35.07 
 
 
446 aa  296  6e-79  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.679479  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.08 
 
 
449 aa  296  7e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.41272e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.04 
 
 
483 aa  295  1e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  3.28329e-05  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0001  chromosomal replication initiation protein  36.51 
 
 
452 aa  295  1e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0001  chromosomal replication initiation protein  36.51 
 
 
452 aa  295  1e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0001  chromosomal replication initiation protein  34.03 
 
 
459 aa  294  2e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  3.86226e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.27 
 
 
462 aa  294  2e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138659  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4066  chromosomal replication initiation protein  37.65 
 
 
466 aa  294  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  8.44177e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4172  chromosomal replication initiation protein  37.65 
 
 
466 aa  294  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.049293  normal  0.324603 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4123  chromosomal replication initiation protein  37.65 
 
 
466 aa  294  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00889574  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0000.1  chromosomal replication initiation protein  33.61 
 
 
445 aa  294  3e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.159401  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0001  chromosomal replication initiation protein  37.42 
 
 
465 aa  294  3e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00156244  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4050  chromosomal replication initiation protein  37.65 
 
 
466 aa  294  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0553543  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  37.24 
 
 
467 aa  293  4e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  5.58594e-06  normal  0.0494414 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0001  chromosomal replication initiation protein  36.49 
 
 
452 aa  293  5e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.98376e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0001  chromosomal replication initiation protein  38.61 
 
 
462 aa  293  6e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.11976e-10  n/a   
 
 
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.04 
 
 
467 aa  293  7e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  1.36922e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  37.04 
 
 
467 aa  293  7e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  1.02031e-05  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  37.04 
 
 
467 aa  293  7e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  37.04 
 
 
467 aa  293  7e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  2.01887e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  37.04 
 
 
467 aa  293  7e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  37.04 
 
 
467 aa  293  7e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.26813e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  37.04 
 
 
467 aa  292  9e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4223  chromosomal replication initiation protein  37.04 
 
 
467 aa  292  1e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  6.6194e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0001  chromosomal replication initiation protein  37.03 
 
 
450 aa  291  1e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  6.34969e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4230  chromosomal replication initiation protein  37.45 
 
 
466 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00725647  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00442  chromosomal replication initiation protein  38.41 
 
 
468 aa  292  1e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0009  chromosomal replication initiation protein  37.6 
 
 
468 aa  291  1e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00184157  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0001  chromosomal replication initiation protein  37.8 
 
 
462 aa  290  3e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  2.81438e-07  unclonable  1.18337e-08 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0001  chromosomal replication initiation protein  38.53 
 
 
461 aa  290  4e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  2.63579e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002009  chromosomal replication initiator protein dnaA  37.98 
 
 
468 aa  290  5e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  5.52796e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0001  chromosomal replication initiation protein  33.88 
 
 
457 aa  290  5e-77  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  5.97417e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0001  chromosomal replication initiation protein  36.98 
 
 
465 aa  290  6e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00429077  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0001  chromosomal replication initiation protein  33.47 
 
 
446 aa  289  8e-77  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  3.25337e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0001  chromosomal replication initiation protein  37.16 
 
 
451 aa  289  8e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  7.64641e-07  normal  0.435321 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0001  chromosomal replication initiation protein  37.15 
 
 
460 aa  289  9e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.79736e-07  unclonable  3.13535e-11 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0001  chromosomal replication initiation protein  33.61 
 
 
446 aa  289  9e-77  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.562714  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>