192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_4169 on replicon NC_008242
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  100 
 
 
678 aa  1391    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  69.93 
 
 
699 aa  855    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  63.6 
 
 
699 aa  888    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  61.46 
 
 
695 aa  854    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  30.92 
 
 
714 aa  262  1e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  32.98 
 
 
648 aa  228  4e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  29.25 
 
 
714 aa  224  4e-57  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  28.84 
 
 
723 aa  223  9e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  29.83 
 
 
641 aa  222  1.9999999999999999e-56  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  33.13 
 
 
651 aa  222  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  31.84 
 
 
670 aa  222  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  27.86 
 
 
648 aa  212  2e-53  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  30.22 
 
 
559 aa  209  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  32.25 
 
 
557 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  32.25 
 
 
570 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  32.03 
 
 
570 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  29.73 
 
 
687 aa  194  4e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  29.4 
 
 
713 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08203  conjugal transfer protein TraK  28.07 
 
 
592 aa  191  5e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  30.23 
 
 
662 aa  189  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0023  conjugal transfer protein  26.01 
 
 
673 aa  189  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  28.14 
 
 
758 aa  188  3e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  30.58 
 
 
662 aa  187  4e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  30.55 
 
 
664 aa  187  5e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3794  TRAG protein  27.8 
 
 
668 aa  187  8e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  30.13 
 
 
669 aa  187  8e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  30.23 
 
 
666 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  30.87 
 
 
669 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  29.33 
 
 
663 aa  186  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  29.19 
 
 
633 aa  185  3e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3655  TRAG family protein  27.52 
 
 
667 aa  185  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291322  decreased coverage  0.00000244512 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3988  TRAG family protein  29.61 
 
 
670 aa  185  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.420427  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  30.45 
 
 
662 aa  184  4.0000000000000006e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  29.17 
 
 
677 aa  184  4.0000000000000006e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  30.59 
 
 
665 aa  184  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  29.53 
 
 
669 aa  184  6e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  30.52 
 
 
665 aa  184  6e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  30.26 
 
 
659 aa  184  6e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  28.98 
 
 
633 aa  183  7e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  30.74 
 
 
666 aa  184  7e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  31.22 
 
 
700 aa  183  8.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  30.57 
 
 
666 aa  183  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  30.52 
 
 
668 aa  182  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  28.6 
 
 
663 aa  183  1e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  28.6 
 
 
663 aa  183  1e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  30.6 
 
 
670 aa  183  1e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  28.81 
 
 
664 aa  182  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  29.69 
 
 
594 aa  182  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  29.04 
 
 
676 aa  182  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  30.6 
 
 
673 aa  182  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  30.62 
 
 
666 aa  181  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  29.54 
 
 
687 aa  181  4e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  29.54 
 
 
667 aa  181  4.999999999999999e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  30.65 
 
 
669 aa  180  5.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  30.35 
 
 
661 aa  180  7e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  30.43 
 
 
675 aa  180  8e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  28.76 
 
 
661 aa  180  8e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  31.51 
 
 
660 aa  180  9e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  28.55 
 
 
678 aa  179  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  30 
 
 
663 aa  179  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  29.27 
 
 
723 aa  179  1e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  29.11 
 
 
666 aa  178  2e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  29.89 
 
 
593 aa  179  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  28.86 
 
 
661 aa  179  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  31.57 
 
 
573 aa  178  2e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  29 
 
 
664 aa  178  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  30.38 
 
 
660 aa  178  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  31.44 
 
 
659 aa  178  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  30.3 
 
 
661 aa  177  5e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  31.29 
 
 
660 aa  177  6e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  29.76 
 
 
674 aa  177  6e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  30.45 
 
 
665 aa  177  7e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  29.25 
 
 
661 aa  176  9.999999999999999e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  30.06 
 
 
661 aa  176  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  29.7 
 
 
661 aa  176  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  30.27 
 
 
660 aa  175  2.9999999999999996e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  29.82 
 
 
576 aa  175  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  30.43 
 
 
665 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  29.61 
 
 
583 aa  175  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  29.04 
 
 
575 aa  173  9e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0040  cmgD4  27.33 
 
 
603 aa  172  1e-41  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6215  TRAG family protein  29.52 
 
 
902 aa  173  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.371474 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  29.65 
 
 
548 aa  172  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  30.39 
 
 
630 aa  171  4e-41  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  29.69 
 
 
672 aa  170  8e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  27.67 
 
 
663 aa  170  9e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  30.62 
 
 
664 aa  167  8e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  29.03 
 
 
627 aa  165  2.0000000000000002e-39  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0017  conjugal transfer protein TraK  25.42 
 
 
655 aa  165  3e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a021  conjugal transfer protein TraG/VirD4  25.45 
 
 
598 aa  164  5.0000000000000005e-39  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7522  TRAG family protein  28.31 
 
 
601 aa  159  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.445518  normal  0.175078 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0170  cmgd4  26.83 
 
 
658 aa  159  1e-37  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.035471  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0047  TraG/TraD family protein  25.66 
 
 
620 aa  159  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1316  TRAG family protein  30.62 
 
 
670 aa  159  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  27.01 
 
 
756 aa  156  1e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  26.77 
 
 
828 aa  153  8.999999999999999e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  26.62 
 
 
834 aa  151  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  27.01 
 
 
809 aa  152  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  27.04 
 
 
661 aa  151  5e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  26.92 
 
 
554 aa  149  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>