295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_3559 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_1442  ABC sugar transporter, periplasmic sugar-binding protein  75.25 
 
 
418 aa  640    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0515377  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3559  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
421 aa  870    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.725882  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0091  extracellular solute-binding protein  76.28 
 
 
418 aa  642    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1090  extracellular solute-binding protein family 1  26.4 
 
 
436 aa  76.3  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.667729  normal  0.0232634 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1055  extracellular solute-binding protein  25.12 
 
 
418 aa  76.3  0.000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.404897  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0289  extracellular solute-binding protein  24.12 
 
 
437 aa  75.5  0.000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000019091  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0721  extracellular solute-binding protein  30.17 
 
 
437 aa  72.8  0.00000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.540981  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  21.8 
 
 
411 aa  70.5  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0358  extracellular solute-binding protein family 1  22.93 
 
 
441 aa  70.1  0.00000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12078  sugar-binding lipoprotein  24.13 
 
 
439 aa  67.4  0.0000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0127  extracellular solute-binding protein family 1  24.68 
 
 
442 aa  66.2  0.0000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0523  extracellular solute-binding protein  30.81 
 
 
416 aa  66.6  0.0000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2709  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  28.93 
 
 
441 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0116  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 
420 aa  64.7  0.000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3290  ABC glycerol-3-phosphate transporter, periplasmic binding protein, UgpB  29.17 
 
 
431 aa  64.7  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27350  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.02 
 
 
444 aa  64.7  0.000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.404715  normal  0.481515 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4022  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 
431 aa  64.7  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3285  hypothetical protein  31.97 
 
 
431 aa  64.7  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.339711  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0118  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 
420 aa  64.3  0.000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2731  extracellular solute-binding protein family 1  28.84 
 
 
454 aa  64.7  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  25.83 
 
 
435 aa  63.9  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1264  glycerol-3-phosphate-binding periplasmic lipoprotein signal peptide  30.53 
 
 
438 aa  62.8  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.400828  normal  0.517414 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0063  extracellular solute-binding protein family 1  27.84 
 
 
475 aa  62.8  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2832  extracellular solute-binding protein family 1  23.74 
 
 
417 aa  62  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617934  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3685  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 
432 aa  61.2  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  27.75 
 
 
427 aa  61.6  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  25.86 
 
 
422 aa  61.2  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1485  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  24.73 
 
 
429 aa  60.5  0.00000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0448  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  29.47 
 
 
441 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0753  extracellular solute-binding protein  27.65 
 
 
437 aa  60.1  0.00000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3509  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  28.95 
 
 
441 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.839022  normal  0.0272066 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  22.54 
 
 
415 aa  58.9  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0753  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
429 aa  59.3  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00037903  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0516  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.97 
 
 
419 aa  58.5  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367443  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.97 
 
 
407 aa  58.9  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2052  extracellular solute-binding protein  30.39 
 
 
438 aa  58.9  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0298  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  27.16 
 
 
444 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4419  extracellular solute-binding protein family 1  23.89 
 
 
456 aa  58.9  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3492  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  27.69 
 
 
444 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3226  Transcriptional regulator  21.86 
 
 
410 aa  57.8  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.101031  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3021  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  25.21 
 
 
441 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1696  extracellular solute-binding protein  22.16 
 
 
436 aa  58.2  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00506774  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3422  ABC-type sugar transport systems permease component  21.86 
 
 
410 aa  57.8  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2146  extracellular solute-binding protein  24.36 
 
 
414 aa  58.2  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0174  extracellular solute-binding protein  25.77 
 
 
426 aa  57.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.396862  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2662  extracellular solute-binding protein  23.96 
 
 
433 aa  57.4  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.377519  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  23.83 
 
 
423 aa  57.8  0.0000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2846  extracellular solute-binding protein family 1  24.4 
 
 
435 aa  57.4  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.687638 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1185  extracellular solute-binding protein family 1  23.64 
 
 
438 aa  57.4  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.276437  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4693  extracellular solute-binding protein family 1  27.27 
 
 
457 aa  57  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.363745 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0449  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.69 
 
 
419 aa  57  0.0000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3151  extracellular solute-binding protein  25.73 
 
 
426 aa  56.6  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.345086 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0117  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  25.8 
 
 
444 aa  57  0.0000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0770  extracellular solute-binding protein family 1  25.24 
 
 
444 aa  56.6  0.0000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1092  extracellular solute-binding protein family 1  23.33 
 
 
438 aa  56.2  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0503452  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0323  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  27.06 
 
 
444 aa  56.2  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.839712 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19900  extracellular solute-binding protein family 1  24.43 
 
 
415 aa  55.8  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1099  extracellular solute-binding protein  28.15 
 
 
457 aa  55.8  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5137  extracellular solute-binding protein  24.26 
 
 
433 aa  55.8  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319423  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0314  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  27.06 
 
 
444 aa  56.2  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  22.05 
 
 
430 aa  56.2  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3697  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  28.64 
 
 
441 aa  56.2  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0129  extracellular solute-binding protein family 1  27.32 
 
 
426 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.57996  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2744  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  24.66 
 
 
441 aa  55.1  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3726  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  24.66 
 
 
441 aa  55.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.268589  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3317  extracellular solute-binding protein  25.58 
 
 
492 aa  55.1  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000142443  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6751  extracellular solute-binding protein family 1  21.66 
 
 
441 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1095  extracellular solute-binding protein family 1  30.22 
 
 
530 aa  55.5  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3209  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  24.66 
 
 
441 aa  55.1  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0248662  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1760  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  24.66 
 
 
441 aa  55.1  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2794  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  24.66 
 
 
441 aa  55.1  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5331  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  23.38 
 
 
431 aa  55.1  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.998389  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02930  carbohydrate-binding protein  26.53 
 
 
426 aa  54.7  0.000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3755  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  28.14 
 
 
441 aa  54.7  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2365  extracellular solute-binding protein family 1  25.93 
 
 
416 aa  54.7  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.618021 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3858  extracellular solute-binding protein  29.93 
 
 
449 aa  54.3  0.000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000022263  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1680  extracellular solute-binding protein family 1  25.15 
 
 
430 aa  54.3  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.173253  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0781  extracellular solute-binding protein  23.64 
 
 
395 aa  54.3  0.000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000729506  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0374  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  27.09 
 
 
444 aa  53.9  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3732  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  30.56 
 
 
438 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2712  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  27.41 
 
 
443 aa  53.9  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.290307  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0395  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  27.41 
 
 
443 aa  53.9  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.954301  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3553  hypothetical protein  22.89 
 
 
427 aa  53.9  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03302  glycerol-3-phosphate transporter subunit  30.56 
 
 
438 aa  53.9  0.000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0262  extracellular solute-binding protein family 1  30.56 
 
 
438 aa  53.9  0.000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4767  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  30.56 
 
 
438 aa  53.9  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.552805 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3650  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  30.56 
 
 
438 aa  53.9  0.000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3931  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  30.56 
 
 
438 aa  53.9  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03255  hypothetical protein  30.56 
 
 
438 aa  53.9  0.000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0263  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  30.56 
 
 
438 aa  53.9  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5673  extracellular solute-binding protein family 1  29.07 
 
 
435 aa  53.5  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0285739  normal  0.0925972 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0203  extracellular solute-binding protein family 1  27.54 
 
 
441 aa  53.5  0.000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.346278  normal  0.123927 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1963  extracellular solute-binding protein family 1  23.86 
 
 
449 aa  53.5  0.000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.734467  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3651  hypothetical protein  26.9 
 
 
437 aa  53.5  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.943877  normal  0.0762923 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1262  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 
408 aa  53.1  0.000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.953049  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0125  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  24.84 
 
 
444 aa  53.1  0.000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3276  extracellular solute-binding protein family 1  24.18 
 
 
420 aa  52.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  0.336546 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4190  extracellular solute-binding protein  27.67 
 
 
431 aa  52.8  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.224886 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2114  extracellular solute-binding protein family 1  24.37 
 
 
428 aa  52.4  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2173  extracellular solute-binding protein family 1  23.53 
 
 
445 aa  53.1  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00822083  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>