More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_3064 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  100 
 
 
195 aa  387  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  56.84 
 
 
200 aa  231  5e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  57.22 
 
 
217 aa  231  6e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  60.62 
 
 
206 aa  231  7.000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  62.86 
 
 
196 aa  229  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  62.07 
 
 
197 aa  227  1e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  59.2 
 
 
192 aa  217  8.999999999999998e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  60 
 
 
196 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  55.06 
 
 
593 aa  204  4e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  53.37 
 
 
206 aa  198  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  56.21 
 
 
579 aa  197  9e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  56.21 
 
 
604 aa  197  9e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  56.8 
 
 
579 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  53.76 
 
 
201 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  56.73 
 
 
200 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  51.96 
 
 
204 aa  191  7e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  57.56 
 
 
594 aa  190  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  54.71 
 
 
208 aa  186  1e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  54.02 
 
 
203 aa  186  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  51.43 
 
 
200 aa  184  5e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0038  shikimate kinase  46.99 
 
 
181 aa  184  6e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  53.8 
 
 
237 aa  181  6e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  49.71 
 
 
205 aa  181  8.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  50.52 
 
 
615 aa  174  6e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  48.13 
 
 
216 aa  172  1.9999999999999998e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  49.42 
 
 
188 aa  169  3e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  50.57 
 
 
193 aa  166  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  51.81 
 
 
181 aa  166  2e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  47.78 
 
 
198 aa  162  4.0000000000000004e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  50 
 
 
180 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  49.72 
 
 
224 aa  160  9e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  55.1 
 
 
196 aa  159  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  44.44 
 
 
191 aa  159  3e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  50.89 
 
 
178 aa  157  7e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  46.67 
 
 
187 aa  155  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  48.17 
 
 
591 aa  155  4e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  48.48 
 
 
552 aa  154  8e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0395  shikimate kinase  50.28 
 
 
214 aa  152  2.9999999999999998e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  50.68 
 
 
185 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2486  shikimate kinase  48.34 
 
 
190 aa  146  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0460027  normal  0.0259491 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  43.64 
 
 
179 aa  146  2.0000000000000003e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  43.29 
 
 
180 aa  131  6e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  42.07 
 
 
171 aa  129  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  42.68 
 
 
171 aa  129  3e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  42.07 
 
 
171 aa  129  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  42.07 
 
 
171 aa  129  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  42.07 
 
 
171 aa  129  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  41.46 
 
 
171 aa  129  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  42.68 
 
 
171 aa  129  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  42.68 
 
 
171 aa  129  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  42.68 
 
 
171 aa  129  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  42.68 
 
 
171 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  42.07 
 
 
171 aa  128  5.0000000000000004e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  40.85 
 
 
171 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  40.24 
 
 
171 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  41.46 
 
 
171 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  40.85 
 
 
171 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  45.95 
 
 
199 aa  125  5e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  45.95 
 
 
209 aa  124  7e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  45.95 
 
 
184 aa  124  9e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  45.95 
 
 
177 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  45.95 
 
 
177 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  45.95 
 
 
177 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  39.64 
 
 
174 aa  124  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  40.24 
 
 
171 aa  124  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  45.95 
 
 
177 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  45.95 
 
 
177 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  38.3 
 
 
199 aa  123  2e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  41.1 
 
 
174 aa  123  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  45.95 
 
 
183 aa  123  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  40.12 
 
 
190 aa  122  4e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  44.59 
 
 
183 aa  122  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  42.04 
 
 
190 aa  122  4e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  41.25 
 
 
170 aa  121  6e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  44.59 
 
 
183 aa  121  7e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  40 
 
 
207 aa  120  9e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  41.07 
 
 
172 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  46 
 
 
229 aa  120  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  45.27 
 
 
184 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  45.27 
 
 
184 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  42.17 
 
 
172 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  44.59 
 
 
184 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  40.49 
 
 
171 aa  119  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  44.67 
 
 
183 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  35.09 
 
 
171 aa  118  4.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  41.1 
 
 
172 aa  118  6e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  41.1 
 
 
172 aa  118  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  39.77 
 
 
179 aa  117  7.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  39.29 
 
 
172 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  39.26 
 
 
172 aa  117  9e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  38.41 
 
 
173 aa  117  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  38.41 
 
 
173 aa  117  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  38.41 
 
 
173 aa  117  9.999999999999999e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  38.92 
 
 
171 aa  116  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  39.76 
 
 
171 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  38.41 
 
 
173 aa  116  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  38.41 
 
 
173 aa  115  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  40.96 
 
 
192 aa  116  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  38.41 
 
 
173 aa  115  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  38.41 
 
 
173 aa  115  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>