More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_3006 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008254  Meso_3006  phosphoribosyltransferase  100 
 
 
270 aa  539  1e-152  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1028  competence protein F, putative  59.62 
 
 
262 aa  306  2e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1808  putative competence protein F  62.6 
 
 
262 aa  301  5e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.640197  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1878  competence protein F, putative  62.6 
 
 
262 aa  288  7e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3532  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  53.02 
 
 
258 aa  254  1e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3823  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  52.59 
 
 
258 aa  250  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0367  comF family protein  52.17 
 
 
251 aa  238  8e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3970  competence protein F  52.19 
 
 
236 aa  234  8e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0480  phosphoribosyltransferase  51.95 
 
 
270 aa  233  3e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0385  phosphoribosyltransferase  51.95 
 
 
271 aa  225  5e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543655  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2510  phosphoribosyltransferase  54.59 
 
 
258 aa  221  7e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.277662 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2675  competence protein F  51.63 
 
 
253 aa  221  9e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1736  phosphoribosyltransferase  47.83 
 
 
258 aa  220  2e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7594  putative competence protein F (COMF)  52.38 
 
 
267 aa  219  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0419159 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0107  phosphoribosyltransferase  47.71 
 
 
272 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0601  phosphoribosyltransferase  47.31 
 
 
271 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0307  competence protein F  47.41 
 
 
255 aa  209  3e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.387643 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3090  phosphoribosyltransferase  45.6 
 
 
255 aa  204  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318018  normal  0.255488 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0026  phosphoribosyltransferase  49.78 
 
 
254 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1140  phosphoribosyltransferase  43.03 
 
 
264 aa  202  3e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0794906  normal  0.739937 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0383  competence protein F  47.64 
 
 
255 aa  200  2e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366991  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0351  competence protein F  47.41 
 
 
255 aa  197  2e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.733482  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0520  phosphoribosyltransferase  47.24 
 
 
269 aa  197  2e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  48.07 
 
 
246 aa  194  9e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2971  phosphoribosyltransferase  41.02 
 
 
268 aa  185  7e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.566762 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4814  phosphoribosyltransferase  47.96 
 
 
279 aa  183  3e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.727604  decreased coverage  8.49043e-05 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1708  phosphoribosyltransferase  49.6 
 
 
264 aa  179  3e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0852956  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2264  phosphoribosyltransferase  41.1 
 
 
255 aa  173  3e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.200709  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1195  competence protein F  41.81 
 
 
240 aa  169  5e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2633  amidophosphoribosyltransferase-like protein  42.24 
 
 
240 aa  165  9e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0295  competence protein F, putative  41.15 
 
 
242 aa  159  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2856  competence protein F  42.24 
 
 
240 aa  158  7e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0143  putative competence protein F  31.44 
 
 
230 aa  154  1e-36  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0559  phosphoribosyltransferase  41.38 
 
 
248 aa  154  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.230828  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0939  phosphoribosyltransferase  44.55 
 
 
215 aa  148  8e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.430972 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  38.49 
 
 
259 aa  146  3e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0126  putative phosphoribosyltransferase  39.04 
 
 
260 aa  142  6e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0837099  normal  0.0454325 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1495  phosphoribosyltransferase  39.45 
 
 
217 aa  141  1e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2902  competence protein F, putative  37.89 
 
 
243 aa  138  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0093  competence protein F  31.44 
 
 
230 aa  138  1e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2585  competence protein F  39.58 
 
 
245 aa  133  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  35.68 
 
 
229 aa  129  5e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3771  phosphoribosyltransferase  37.79 
 
 
239 aa  128  8e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  37.56 
 
 
247 aa  127  2e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  36.36 
 
 
242 aa  127  3e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3855  phosphoribosyltransferase  37.21 
 
 
239 aa  126  5e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00709027 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  35.45 
 
 
238 aa  125  7e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  38.14 
 
 
238 aa  124  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  1.02342e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2108  phosphoribosyltransferase  37.12 
 
 
269 aa  123  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.227962  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3500  competence protein F  37.71 
 
 
258 aa  122  4e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1733  ComF family protein  36.29 
 
 
299 aa  120  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00110223  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  34.63 
 
 
245 aa  119  7e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  2.43751e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  33.06 
 
 
243 aa  114  2e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1907  phosphoribosyltransferase  37.16 
 
 
279 aa  113  3e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  7.54112e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  32.75 
 
 
227 aa  113  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  1.80305e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  35.05 
 
 
239 aa  113  4e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3978  amidophosphoribosyltransferase  35.29 
 
 
247 aa  111  1e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  2.28235e-09  hitchhiker  2.30998e-07 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3527  competence protein F, putative  33.19 
 
 
244 aa  110  2e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  38.63 
 
 
237 aa  111  2e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1977  hypothetical protein  34.64 
 
 
231 aa  111  2e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  33.61 
 
 
227 aa  109  4e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  33.47 
 
 
233 aa  105  5e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0109  phosphoribosyltransferase  30.38 
 
 
245 aa  105  6e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0864582 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  33.92 
 
 
251 aa  105  6e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0235  gluconate periplasmic binding protein  33.9 
 
 
239 aa  105  7e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  35.24 
 
 
230 aa  104  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  35.07 
 
 
247 aa  104  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2183  competence protein F  33.06 
 
 
256 aa  103  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0808644  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0416  putative competence protein F  26.69 
 
 
270 aa  100  2e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0225  phosphoribosyltransferase  35.52 
 
 
222 aa  100  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  5.13263e-07  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0317  gluconate periplasmic binding protein  33.77 
 
 
233 aa  100  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3081  phosphoribosyltransferase  35.05 
 
 
237 aa  99.8  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  2.95242e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  34.05 
 
 
262 aa  99.4  5e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  27.35 
 
 
245 aa  99.4  6e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  25.88 
 
 
234 aa  99.4  6e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  34.91 
 
 
246 aa  99  7e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2240  phosphoribosyltransferase  31.54 
 
 
230 aa  98.2  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  38.42 
 
 
230 aa  97.8  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  27.16 
 
 
234 aa  96.7  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4118  gluconate periplasmic binding protein  33.82 
 
 
233 aa  96.3  5e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3540  ComF family protein  34.75 
 
 
242 aa  95.9  6e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1236  ComF  32.02 
 
 
233 aa  95.5  9e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.105721  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0200  competence protein  29.88 
 
 
269 aa  95.1  9e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0258  amidophosphoribosyltransferases-like protein  34.8 
 
 
279 aa  95.1  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3693  amidophosphoribosyl-transferase  31.94 
 
 
230 aa  95.1  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.303537 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3925  gluconate periplasmic binding protein  33.82 
 
 
233 aa  94.4  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  35.41 
 
 
239 aa  94.4  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2863  phosphoribosyltransferase  34.75 
 
 
242 aa  94.7  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3826  gluconate periplasmic binding protein  33.17 
 
 
227 aa  94.7  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0875  hypothetical protein  31.76 
 
 
255 aa  93.6  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.656742  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2183  phosphoribosyltransferase  30.58 
 
 
230 aa  93.6  3e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  7.15358e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  33.76 
 
 
241 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_002936  DET1458  comF family protein, putative  32.46 
 
 
233 aa  93.2  5e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  1.15929e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0040  competence protein F  31.02 
 
 
241 aa  92.8  5e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.648348  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5199  hypothetical protein  29.73 
 
 
243 aa  92.4  6e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  39.44 
 
 
243 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3880  gluconate periplasmic binding protein  33.5 
 
 
227 aa  92  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2248  phosphoribosyltransferase  27.85 
 
 
220 aa  92  9e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  7.9712e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3712  gluconate periplasmic binding protein  33.5 
 
 
227 aa  91.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3495  amidophosphoribosyltransferase  26.96 
 
 
236 aa  91.7  1e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.552167 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>