279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_2956 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008254  Meso_2956  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 
456 aa  917  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  37.7 
 
 
546 aa  342  9e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  36.05 
 
 
553 aa  333  5e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1144  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.47 
 
 
512 aa  332  9e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.260838  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0052  RNA polymerase factor sigma-54  44.27 
 
 
548 aa  332  9e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15874  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  36.35 
 
 
545 aa  331  1e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.6 
 
 
526 aa  330  2e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0177  RNA polymerase factor sigma-54  36.17 
 
 
543 aa  330  5e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.570335  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3667  RNA polymerase factor sigma-54  36.59 
 
 
493 aa  328  1e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.68 
 
 
520 aa  325  1e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3935  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.9 
 
 
503 aa  324  2e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2420  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.33 
 
 
524 aa  323  4e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.481883  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0655  RNA polymerase factor sigma-54  42.93 
 
 
546 aa  322  8e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2724  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.65 
 
 
511 aa  318  9e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.174199 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2429  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.38 
 
 
511 aa  318  1e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0481489  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  35.38 
 
 
504 aa  318  1e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0170  RNA polymerase factor sigma-54  35.36 
 
 
513 aa  318  1e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  36.2 
 
 
500 aa  318  1e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2501  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  45.65 
 
 
511 aa  317  2e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423834  normal  0.389615 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  41.3 
 
 
546 aa  317  4e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  36 
 
 
500 aa  317  4e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2182  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.53 
 
 
518 aa  316  6e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0296118  normal  0.759233 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  36.42 
 
 
513 aa  314  2e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0159  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.01 
 
 
516 aa  314  2e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69641 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.05 
 
 
515 aa  303  3e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4958  RNA polymerase factor sigma-54  38.11 
 
 
502 aa  303  3e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2015  RNA polymerase factor sigma-54  38.35 
 
 
490 aa  295  9e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.427751  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  38.3 
 
 
484 aa  295  1e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0297  RNA polymerase factor sigma-54  35.7 
 
 
498 aa  292  7e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0064  RNA polymerase factor sigma-54  33.4 
 
 
519 aa  292  8e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  35.12 
 
 
500 aa  292  9e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0404  RNA polymerase sigma-54 factor  39.04 
 
 
482 aa  291  1e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0157372  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0048  RNA polymerase factor sigma-54  38.76 
 
 
520 aa  284  3e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2907  RNA polymerase factor sigma-54  36 
 
 
507 aa  283  4e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.332311  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5028  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.17 
 
 
528 aa  271  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0338  RNA polymerase factor sigma-54  36.6 
 
 
458 aa  267  3e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0175077  normal  0.141122 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1582  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.67 
 
 
466 aa  265  1e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1657  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.1 
 
 
441 aa  255  1e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.108649  normal  0.937056 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.99 
 
 
510 aa  246  8e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2965  RNA polymerase factor sigma-54  35.59 
 
 
437 aa  240  5e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  2.25777e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1704  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.38 
 
 
438 aa  237  3e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  2.94974e-07 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0068  sigma-54 factor (RpoN2)  35.38 
 
 
444 aa  237  3e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.370469  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1618  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.09 
 
 
453 aa  236  8e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  31.49 
 
 
485 aa  234  3e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  31.47 
 
 
481 aa  231  2e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  29.61 
 
 
480 aa  231  3e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.57 
 
 
474 aa  230  4e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.19 
 
 
472 aa  225  2e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  32.32 
 
 
482 aa  223  4e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.08 
 
 
477 aa  223  5e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  31.87 
 
 
477 aa  221  1e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  31.87 
 
 
477 aa  221  1e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  31.87 
 
 
477 aa  221  1e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  31.87 
 
 
477 aa  221  1e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  31.87 
 
 
477 aa  221  1e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  31.87 
 
 
477 aa  221  1e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  31.87 
 
 
477 aa  221  1e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  31.87 
 
 
477 aa  221  1e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  31.45 
 
 
477 aa  220  4e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  31.45 
 
 
477 aa  220  4e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  31.45 
 
 
477 aa  220  4e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  31.45 
 
 
477 aa  220  4e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  37.62 
 
 
505 aa  219  6e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  31.03 
 
 
477 aa  219  6e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  31.45 
 
 
477 aa  219  8e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  38.06 
 
 
513 aa  218  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.86 
 
 
497 aa  217  3e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  37.62 
 
 
503 aa  217  4e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  37.62 
 
 
505 aa  217  4e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1283  sigma-54 (RpoN)  30.25 
 
 
483 aa  216  5e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  9.90086e-07 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  33.4 
 
 
501 aa  216  6e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  33.4 
 
 
501 aa  216  7e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  31.45 
 
 
477 aa  216  8e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  33.33 
 
 
501 aa  215  1e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0778  sigma-54 (RpoN)  31.83 
 
 
530 aa  215  1e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  31.34 
 
 
493 aa  215  1e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3685  RNA polymerase factor sigma-54  32.57 
 
 
435 aa  216  1e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4934  RNA polymerase factor sigma-54  32.05 
 
 
454 aa  214  2e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0337  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.3 
 
 
525 aa  215  2e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.411531  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  37.41 
 
 
513 aa  214  2e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0348  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.19 
 
 
525 aa  214  2e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  33.2 
 
 
498 aa  215  2e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  37.41 
 
 
513 aa  214  2e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  33.2 
 
 
498 aa  215  2e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  37.75 
 
 
501 aa  214  2e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0954  RNA polymerase factor sigma-54  34.29 
 
 
474 aa  214  2e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.550779 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  37.41 
 
 
502 aa  214  3e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  37.41 
 
 
502 aa  214  3e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  37.41 
 
 
502 aa  214  3e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4719  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.14 
 
 
467 aa  214  3e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00408234  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  37.41 
 
 
502 aa  214  4e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  37.5 
 
 
501 aa  214  4e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4348  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.6 
 
 
520 aa  213  7e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0382133 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  37.16 
 
 
513 aa  213  7e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5291  RNA polymerase factor sigma-54  32.35 
 
 
435 aa  213  8e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  31.2 
 
 
461 aa  212  1e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  28.77 
 
 
505 aa  212  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5696  RNA polymerase factor sigma-54  32.35 
 
 
435 aa  212  1e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4821  RNA polymerase factor sigma-54  32.35 
 
 
435 aa  211  1e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  34.6 
 
 
493 aa  211  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>