More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_1733 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 
197 aa  400  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.63 
 
 
193 aa  282  2.0000000000000002e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384724  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1228  cold-shock family protein  68.18 
 
 
193 aa  278  3e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1266  cold-shock family protein  67.68 
 
 
193 aa  275  2e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2286  cold shock protein  69.23 
 
 
192 aa  258  3e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00549771  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.33 
 
 
192 aa  254  5e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0373427  hitchhiker  0.000349803 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  71.6 
 
 
192 aa  254  6e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  72.56 
 
 
192 aa  253  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  65.17 
 
 
217 aa  243  1.9999999999999999e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.16 
 
 
220 aa  238  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  63.16 
 
 
179 aa  238  4e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.17 
 
 
217 aa  235  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.04 
 
 
204 aa  234  8e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  66.09 
 
 
219 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.95 
 
 
217 aa  233  1.0000000000000001e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  62.23 
 
 
189 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.52 
 
 
221 aa  231  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.33 
 
 
201 aa  231  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.36 
 
 
192 aa  229  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  62.86 
 
 
181 aa  228  6e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  61.5 
 
 
235 aa  226  1e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  60.45 
 
 
202 aa  219  9.999999999999999e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  60.45 
 
 
181 aa  218  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  59.76 
 
 
189 aa  203  2e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.06 
 
 
205 aa  182  3e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.16 
 
 
199 aa  172  3.9999999999999995e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.3 
 
 
201 aa  138  4.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2557  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.18 
 
 
198 aa  134  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.557959  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1498  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.61 
 
 
174 aa  121  8e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.919918  normal  0.868857 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.04 
 
 
181 aa  115  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  39.25 
 
 
204 aa  106  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1788  putative cold shock protein  37.5 
 
 
173 aa  103  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000033725  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1149  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.47 
 
 
179 aa  102  3e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000107907  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.34 
 
 
180 aa  99.8  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.34 
 
 
180 aa  99.8  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.2 
 
 
197 aa  98.6  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384047  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.34 
 
 
180 aa  98.6  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  35.4 
 
 
217 aa  87  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  32.29 
 
 
242 aa  85.5  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.96 
 
 
242 aa  84.3  9e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.15 
 
 
241 aa  82.4  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.3 
 
 
259 aa  79.7  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.98 
 
 
224 aa  79.3  0.00000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3200  cold-shock DNA-binding domain protein  29.44 
 
 
279 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.693924  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  30.73 
 
 
268 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  33.14 
 
 
311 aa  73.2  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.41 
 
 
267 aa  73.6  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.5 
 
 
179 aa  72.8  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.93 
 
 
249 aa  73.2  0.000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2974  cold-shock protein DNA-binding  29.15 
 
 
281 aa  72.4  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.372989 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  32.9 
 
 
317 aa  63.5  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3078  cold-shock DNA-binding domain protein  45.45 
 
 
67 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1002  cold-shock domain-contain protein  46.97 
 
 
67 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229308  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2463  cold shock protein CspA  40.58 
 
 
70 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.222592  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  42.42 
 
 
67 aa  61.6  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.58 
 
 
70 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.751558  normal  0.890411 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  30.53 
 
 
310 aa  61.6  0.000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  45.45 
 
 
67 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  45.45 
 
 
67 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  45.45 
 
 
67 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  45.45 
 
 
67 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  45.45 
 
 
67 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  45.45 
 
 
67 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2256  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.18 
 
 
68 aa  61.2  0.000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  45.45 
 
 
67 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.13 
 
 
70 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000020659  normal  0.0130883 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3483  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.03 
 
 
70 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207055  normal  0.0338515 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
67 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1112  cold shock transcription regulator protein  42.25 
 
 
81 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170415  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.94 
 
 
67 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0761  cold-shock domain-contain protein  42.25 
 
 
81 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.00000000000025188  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
67 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2269  cold-shock DNA-binding domain protein  43.48 
 
 
73 aa  61.2  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3615  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.76 
 
 
84 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00635954  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
67 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
67 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
67 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.42 
 
 
67 aa  60.1  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2058  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 
68 aa  59.7  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0186622  normal  0.543357 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1685  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.05 
 
 
89 aa  60.1  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000048024  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0913  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.94 
 
 
67 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.587921  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2369  cold-shock DNA-binding domain protein  44.93 
 
 
73 aa  59.7  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  47.46 
 
 
70 aa  59.7  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  30.52 
 
 
418 aa  60.1  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2229  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.91 
 
 
68 aa  59.3  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.205522  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2628  stress response protein CspD  40.91 
 
 
68 aa  59.3  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0942  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.97 
 
 
71 aa  59.3  0.00000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1929  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.58 
 
 
70 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237274  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3462  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.55 
 
 
210 aa  59.7  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1751  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.91 
 
 
68 aa  59.3  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00123105  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.59 
 
 
71 aa  59.7  0.00000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5888  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 
67 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232235  normal  0.225892 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5524  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 
67 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337597  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0712  cold shock-like protein CspD  41.43 
 
 
76 aa  59.7  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1646  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.91 
 
 
68 aa  59.3  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000452654  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1721  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.91 
 
 
68 aa  59.3  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000154262  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6397  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 
67 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.257839 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  45.59 
 
 
70 aa  59.3  0.00000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.42 
 
 
67 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 
69 aa  59.3  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>