More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_1648 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  100 
 
 
327 aa  669    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  76.69 
 
 
326 aa  525  1e-148  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  76.38 
 
 
326 aa  527  1e-148  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  76.1 
 
 
318 aa  512  1e-144  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  71.73 
 
 
330 aa  491  9.999999999999999e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  68.2 
 
 
329 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  69.57 
 
 
330 aa  470  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  67.07 
 
 
330 aa  462  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  65.53 
 
 
327 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  55.79 
 
 
468 aa  379  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  55.79 
 
 
468 aa  379  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  56.7 
 
 
457 aa  380  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  56.88 
 
 
469 aa  377  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  55.18 
 
 
446 aa  373  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  55.08 
 
 
471 aa  369  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  54.43 
 
 
455 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  53.8 
 
 
458 aa  365  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  53.97 
 
 
501 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  53.65 
 
 
444 aa  364  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  52.45 
 
 
364 aa  365  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  54.11 
 
 
453 aa  364  1e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  53.75 
 
 
412 aa  361  1e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  53.48 
 
 
411 aa  355  7.999999999999999e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  50 
 
 
350 aa  333  3e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  48.22 
 
 
349 aa  317  2e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  51.07 
 
 
330 aa  300  2e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  46.06 
 
 
348 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  46.89 
 
 
325 aa  282  7.000000000000001e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.62 
 
 
436 aa  281  9e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.83 
 
 
330 aa  278  9e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  47.32 
 
 
324 aa  270  2e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.96 
 
 
330 aa  269  5e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.35 
 
 
354 aa  258  7e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.14 
 
 
368 aa  258  1e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  43.44 
 
 
346 aa  256  5e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  44.14 
 
 
329 aa  255  9e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.28 
 
 
348 aa  253  4.0000000000000004e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.86 
 
 
346 aa  250  2e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  42.57 
 
 
346 aa  248  7e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  42.49 
 
 
405 aa  248  1e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  42.86 
 
 
348 aa  237  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  34.63 
 
 
307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.17 
 
 
332 aa  183  3e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.98 
 
 
318 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  36.68 
 
 
362 aa  176  4e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  35.41 
 
 
333 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  34.7 
 
 
313 aa  175  8e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  34.98 
 
 
318 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  35.41 
 
 
333 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  35.41 
 
 
333 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000147946  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.85 
 
 
318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.17 
 
 
318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.54 
 
 
316 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.65 
 
 
320 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  35.15 
 
 
346 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  38.6 
 
 
278 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.22 
 
 
327 aa  171  1e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  36.56 
 
 
399 aa  171  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  36.62 
 
 
339 aa  170  4e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.33 
 
 
328 aa  167  2e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4787  RluA family pseudouridine synthase  36.56 
 
 
334 aa  166  5e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.12 
 
 
329 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.12 
 
 
329 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  35.69 
 
 
370 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.89 
 
 
326 aa  164  3e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  33.33 
 
 
330 aa  163  3e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  35.25 
 
 
312 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  33.12 
 
 
329 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.81 
 
 
329 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.33 
 
 
352 aa  162  6e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  42.79 
 
 
286 aa  162  8.000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  32.81 
 
 
329 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  34.66 
 
 
331 aa  161  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  32.48 
 
 
364 aa  161  1e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  34.94 
 
 
344 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.22 
 
 
338 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122309  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  33.12 
 
 
318 aa  162  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  32.81 
 
 
329 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.7 
 
 
315 aa  161  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  34.94 
 
 
344 aa  161  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  32.5 
 
 
330 aa  160  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  32.81 
 
 
319 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.79 
 
 
315 aa  160  3e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  36.18 
 
 
315 aa  159  5e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.32 
 
 
319 aa  159  5e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  33.23 
 
 
319 aa  159  5e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  36.18 
 
 
315 aa  159  6e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.32 
 
 
319 aa  159  6e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3085  RluA family pseudouridine synthase  34.13 
 
 
398 aa  159  6e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.780286  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  35.99 
 
 
353 aa  159  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  34.32 
 
 
319 aa  159  7e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  34.32 
 
 
319 aa  159  7e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.32 
 
 
319 aa  159  7e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.28 
 
 
314 aa  159  7e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.32 
 
 
319 aa  159  7e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.33 
 
 
319 aa  159  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  34.32 
 
 
319 aa  159  7e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.32 
 
 
319 aa  159  7e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.99 
 
 
308 aa  158  9e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.33 
 
 
319 aa  159  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>