More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mesil_0736 on replicon NC_014212
Organism: Meiothermus silvanus DSM 9946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014212  Mesil_0736  pseudouridine synthase  100 
 
 
245 aa  490  9.999999999999999e-139  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000262919  decreased coverage  0.00132516 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0183  pseudouridine synthase  69.67 
 
 
257 aa  318  7e-86  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000206046  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  46.81 
 
 
239 aa  216  2.9999999999999998e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2249  16S pseudouridylate synthase  46.38 
 
 
239 aa  216  4e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4537  pseudouridine synthase  48.68 
 
 
242 aa  206  4e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  49.12 
 
 
242 aa  205  7e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4823  RNA pseudouridine synthase family protein  47.37 
 
 
242 aa  202  3e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  47.81 
 
 
242 aa  202  4e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  47.81 
 
 
242 aa  202  4e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  47.37 
 
 
242 aa  201  7e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  47.37 
 
 
242 aa  201  9e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  47.37 
 
 
242 aa  201  9e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  47.37 
 
 
242 aa  201  9e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  42.5 
 
 
240 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0675  pseudouridine synthase  48.71 
 
 
248 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  46.98 
 
 
242 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3219  pseudouridine synthase  47.83 
 
 
249 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2791  pseudouridine synthase  46.93 
 
 
240 aa  199  3e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2171  pseudouridine synthase  43.7 
 
 
245 aa  199  3.9999999999999996e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100732  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  46.58 
 
 
240 aa  199  5e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  49.57 
 
 
243 aa  197  1.0000000000000001e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4602  RNA pseudouridylate synthase  46.36 
 
 
233 aa  189  2e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2374  pseudouridine synthase  43.48 
 
 
233 aa  187  2e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2545  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  44.26 
 
 
242 aa  184  8e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0096  RNA-binding S4 domain protein  42.32 
 
 
243 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.110386  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2588  pseudouridine synthase  46.55 
 
 
245 aa  182  5.0000000000000004e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  41.26 
 
 
231 aa  182  6e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  41.26 
 
 
231 aa  182  6e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0744  pseudouridine synthase  39.83 
 
 
230 aa  181  8.000000000000001e-45  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1696  RNA-binding S4 domain protein  40.69 
 
 
244 aa  180  2e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  42.79 
 
 
230 aa  179  2.9999999999999997e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1312  pseudouridine synthase family 1 protein  41.36 
 
 
230 aa  179  4e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0766504  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  41.13 
 
 
233 aa  177  1e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3161  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  45.85 
 
 
244 aa  176  3e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  41.05 
 
 
239 aa  174  8e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  41.48 
 
 
239 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1222  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related pseudouridylate synthase  41.81 
 
 
245 aa  171  7.999999999999999e-42  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000251934  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1466  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  42.31 
 
 
243 aa  171  7.999999999999999e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000808741  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  44.44 
 
 
273 aa  170  1e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  44.89 
 
 
229 aa  170  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  42.98 
 
 
251 aa  169  3e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  44.44 
 
 
235 aa  169  5e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0843  pseudouridine synthase, Rsu  42.67 
 
 
229 aa  167  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2704  pseudouridine synthase  45.12 
 
 
245 aa  167  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.960401  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3746  pseudouridine synthase  43.56 
 
 
256 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3555  pseudouridine synthase  43.56 
 
 
250 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114028  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  44 
 
 
235 aa  166  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3623  pseudouridine synthase  43.56 
 
 
246 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3176  pseudouridine synthase  43.11 
 
 
230 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3452  pseudouridine synthase  47.26 
 
 
246 aa  165  5e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.33811  normal  0.805038 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  44.44 
 
 
230 aa  165  5e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3507  pseudouridine synthase  42.22 
 
 
256 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107621  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3730  pseudouridine synthase  43.56 
 
 
230 aa  164  9e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754242  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.95 
 
 
237 aa  164  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0687  pseudouridine synthase  42.67 
 
 
246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.302513  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  41.15 
 
 
271 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.7 
 
 
252 aa  163  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1090  pseudouridine synthase, Rsu  41.33 
 
 
229 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000837656  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  44.35 
 
 
259 aa  164  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3178  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  43.56 
 
 
235 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021025  normal  0.1902 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  43.78 
 
 
274 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0016  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  42.61 
 
 
235 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.162823 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  45.13 
 
 
232 aa  161  9e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.3 
 
 
235 aa  161  9e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.3 
 
 
235 aa  161  9e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0955  pseudouridine synthase, Rsu  40.62 
 
 
237 aa  161  1e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.256039  normal  0.742007 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1099  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.62 
 
 
237 aa  161  1e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.95 
 
 
247 aa  160  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  43.56 
 
 
230 aa  160  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  42.79 
 
 
239 aa  159  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  42.08 
 
 
309 aa  160  3e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.86 
 
 
235 aa  159  5e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  45.18 
 
 
231 aa  158  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  45.18 
 
 
231 aa  158  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  45.18 
 
 
231 aa  158  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  45.18 
 
 
231 aa  158  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0860  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.76 
 
 
245 aa  158  7e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.98 
 
 
231 aa  158  9e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.54 
 
 
232 aa  158  9e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.74 
 
 
231 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.98 
 
 
258 aa  157  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.51 
 
 
240 aa  157  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2237  pseudouridine synthase  41.7 
 
 
255 aa  157  1e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.588412 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.93 
 
 
237 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.57 
 
 
235 aa  157  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0704  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  42.61 
 
 
251 aa  156  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.74 
 
 
231 aa  156  3e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1494  pseudouridine synthase  37.83 
 
 
232 aa  155  4e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0779  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.96 
 
 
240 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.549423  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  44.3 
 
 
238 aa  155  5.0000000000000005e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2105  pseudouridine synthase  44.64 
 
 
244 aa  155  7e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00908459 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  44.74 
 
 
231 aa  154  9e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  44.74 
 
 
231 aa  154  9e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.74 
 
 
231 aa  154  9e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.74 
 
 
231 aa  154  9e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.74 
 
 
231 aa  154  9e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.74 
 
 
231 aa  154  9e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.74 
 
 
231 aa  154  9e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  44.74 
 
 
231 aa  154  9e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.54 
 
 
231 aa  154  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>