More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Memar_1656 on replicon NC_009051
Organism: Methanoculleus marisnigri JR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009051  Memar_1656  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 
485 aa  965  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.00710078  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1023  preprotein translocase subunit SecD  59.34 
 
 
507 aa  555  1e-157  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3176  preprotein translocase subunit SecD  57.58 
 
 
484 aa  545  1e-154  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1797  preprotein translocase subunit SecD  55.62 
 
 
486 aa  520  1e-146  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0601908  normal  0.730674 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0280  preprotein translocase subunit SecD  56.63 
 
 
497 aa  438  1e-121  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0895  preprotein translocase subunit SecD  40.32 
 
 
558 aa  367  1e-100  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.433485  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0851  preprotein translocase subunit SecD  49.37 
 
 
566 aa  349  6e-95  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1987  preprotein translocase subunit SecD  48.69 
 
 
564 aa  298  1e-79  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000381338  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0744  SecD/SecF/SecDF export membrane protein  32.71 
 
 
537 aa  229  1e-58  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1964  preprotein translocase subunit SecD  32.84 
 
 
529 aa  206  7e-52  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.94592  normal  0.207837 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2707  preprotein translocase subunit SecD  31.06 
 
 
549 aa  189  1e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2689  preprotein translocase subunit SecD  29.59 
 
 
510 aa  183  5e-45  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0836  preprotein translocase subunit SecD  35.73 
 
 
388 aa  181  3e-44  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1017  preprotein translocase subunit SecD  34.91 
 
 
391 aa  179  9e-44  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.562711  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1147  preprotein translocase subunit SecD  36.16 
 
 
388 aa  177  4e-43  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0771  preprotein translocase subunit SecD  35.67 
 
 
388 aa  175  1e-42  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0052  preprotein translocase subunit SecD  35.03 
 
 
388 aa  173  8e-42  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1322  preprotein translocase subunit SecD  28.68 
 
 
546 aa  172  1e-41  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.776168  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2738  protein-export membrane protein SecD  28.22 
 
 
406 aa  82  2e-14  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  31.19 
 
 
531 aa  80.1  8e-14  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09291  preprotein translocase subunit SecD  24.92 
 
 
487 aa  80.1  9e-14  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1769  protein-export membrane protein SecD  24.86 
 
 
512 aa  78.6  2e-13  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10121  preprotein translocase subunit SecD  23.61 
 
 
486 aa  78.2  3e-13  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1571  protein-export membrane protein SecD  32 
 
 
503 aa  77.8  4e-13  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  25.38 
 
 
530 aa  77  8e-13  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0563  protein-export membrane protein SecD  25.98 
 
 
473 aa  76.6  9e-13  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0870  preprotein translocase subunit SecD  24.18 
 
 
489 aa  76.3  1e-12  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.451271  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1279  preprotein translocase subunit SecD  27.51 
 
 
495 aa  75.9  2e-12  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.221382  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0067  protein-export membrane protein SecD  26.15 
 
 
465 aa  75.5  2e-12  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09311  preprotein translocase subunit SecD  24.34 
 
 
489 aa  74.7  3e-12  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.483137  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1028  preprotein translocase subunit SecD  28.68 
 
 
471 aa  72.8  1e-11  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.016566 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12260  protein-export membrane protein SecD  25.48 
 
 
403 aa  72.8  1e-11  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  7.64404e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  30.28 
 
 
554 aa  73.2  1e-11  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0067  protein-export membrane protein SecD  25.93 
 
 
465 aa  72.4  2e-11  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1425  preprotein translocase subunit SecD  26.98 
 
 
403 aa  72.4  2e-11  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  2.90493e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2188  protein-export membrane protein SecD  28.71 
 
 
534 aa  72  2e-11  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521622  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0935  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  26.45 
 
 
750 aa  71.2  3e-11  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2491  protein-export membrane protein SecD  28.39 
 
 
534 aa  72  3e-11  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.743414  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  24.68 
 
 
524 aa  71.2  4e-11  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  3.11445e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1191  preprotein translocase subunit SecD  26.74 
 
 
493 aa  71.2  4e-11  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  26.28 
 
 
554 aa  70.9  5e-11  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  26.28 
 
 
554 aa  70.9  5e-11  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1285  protein-export membrane protein SecD  26.44 
 
 
423 aa  70.5  6e-11  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0952765  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2276  protein-export membrane protein SecD  24.49 
 
 
534 aa  70.1  9e-11  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  22.91 
 
 
533 aa  69.7  1e-10  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1490  preprotein translocase subunit SecD  31.46 
 
 
474 aa  69.3  1e-10  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3127  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27.54 
 
 
752 aa  68.6  2e-10  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1116  protein-export membrane protein SecD  24.55 
 
 
472 aa  69.3  2e-10  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.887298  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  24.86 
 
 
530 aa  68.2  3e-10  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4144  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27.9 
 
 
754 aa  68.6  3e-10  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  27.65 
 
 
554 aa  68.2  3e-10  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4491  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27.9 
 
 
754 aa  68.6  3e-10  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.82789e-06 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4530  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.03 
 
 
754 aa  68.2  3e-10  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.566924  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16221  preprotein translocase subunit SecD  24.89 
 
 
495 aa  68.2  3e-10  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.130277 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  25.25 
 
 
532 aa  67.8  4e-10  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4306  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27.62 
 
 
754 aa  67.4  5e-10  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27.62 
 
 
754 aa  67.8  5e-10  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4545  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27.62 
 
 
754 aa  67.4  5e-10  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4641  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27.62 
 
 
754 aa  67.4  5e-10  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  25 
 
 
531 aa  67.4  5e-10  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  25.43 
 
 
614 aa  67.4  6e-10  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4155  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27.62 
 
 
754 aa  67  7e-10  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  23.25 
 
 
532 aa  66.6  8e-10  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07161  preprotein translocase subunit SecD  23.62 
 
 
489 aa  67  8e-10  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.145798 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0705  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.03 
 
 
754 aa  66.6  8e-10  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4598  protein-export membrane protein SecD  25.05 
 
 
532 aa  66.6  9e-10  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.278601  normal  0.122779 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2513  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  25.88 
 
 
750 aa  66.2  1e-09  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000183584  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1123  preprotein translocase subunit SecD  24.43 
 
 
416 aa  66.2  1e-09  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  3.01062e-07  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3212  preprotein translocase subunit SecD  27.31 
 
 
470 aa  65.5  2e-09  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.718211  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  25.37 
 
 
535 aa  65.5  2e-09  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  23.55 
 
 
533 aa  65.5  2e-09  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  25.45 
 
 
554 aa  65.5  2e-09  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2884  preprotein translocase subunit SecD  27.31 
 
 
470 aa  65.5  2e-09  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  22.8 
 
 
533 aa  65.5  2e-09  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1929  preprotein translocase subunit SecD  23.99 
 
 
526 aa  65.1  3e-09  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.991559  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  24.22 
 
 
530 aa  65.1  3e-09  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3824  protein-export membrane protein SecD  29.47 
 
 
656 aa  64.7  3e-09  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.221724  normal  0.729051 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2299  preprotein translocase subunit SecD  29.03 
 
 
585 aa  65.1  3e-09  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.844455  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  29.96 
 
 
533 aa  64.7  4e-09  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4228  protein-export membrane protein SecD  24.85 
 
 
532 aa  64.7  4e-09  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.250212  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4747  protein-export membrane protein SecD  25.41 
 
 
533 aa  64.3  5e-09  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122054  normal  0.0344397 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  23.36 
 
 
532 aa  64.3  5e-09  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4258  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27.54 
 
 
755 aa  63.9  5e-09  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3121  preprotein translocase subunit SecD  24.25 
 
 
615 aa  63.9  6e-09  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000987582  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3382  preprotein translocase subunit SecD  24.25 
 
 
615 aa  63.9  6e-09  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00120261  normal  0.627671 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1291  protein-export membrane protein SecD  25.54 
 
 
622 aa  63.9  6e-09  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  6.35694e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5077  preprotein translocase subunit SecD  28.14 
 
 
461 aa  63.9  6e-09  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1798  protein-export membrane protein SecD  28.03 
 
 
606 aa  63.9  6e-09  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.427171  normal  0.154883 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0877  preprotein translocase subunit SecD  23.72 
 
 
615 aa  63.9  6e-09  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3262  preprotein translocase subunit SecD  24.25 
 
 
604 aa  63.9  7e-09  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.103027  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0282  preprotein translocase subunit SecD  23 
 
 
496 aa  63.5  8e-09  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.621699  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4539  protein-export membrane protein SecD  28.46 
 
 
470 aa  63.2  9e-09  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.470079  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09521  preprotein translocase subunit SecD  22.65 
 
 
496 aa  63.2  9e-09  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.1601 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2197  preprotein translocase subunit SecD  24.36 
 
 
419 aa  63.5  9e-09  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  30.68 
 
 
533 aa  63.2  9e-09  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17550  protein-export membrane protein SecD  28.04 
 
 
714 aa  62.8  1e-08  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.122587 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0625  preprotein translocase subunit SecD  26.54 
 
 
415 aa  63.2  1e-08  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  4.18015e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  26.54 
 
 
532 aa  63.2  1e-08  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1063  preprotein translocase subunit SecD  23.51 
 
 
615 aa  62.8  1e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00256647 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1908  preprotein translocase subunit SecD  24.36 
 
 
419 aa  63.2  1e-08  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.154062  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>