More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Memar_1297 on replicon NC_009051
Organism: Methanoculleus marisnigri JR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
458 aa  917    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  53 
 
 
462 aa  436  1e-121  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  49.13 
 
 
457 aa  367  1e-100  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  43.66 
 
 
454 aa  312  1e-83  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  33.96 
 
 
279 aa  155  1e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 
280 aa  151  2e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  37.86 
 
 
289 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  37.18 
 
 
287 aa  146  7.0000000000000006e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4662  shikimate 5-dehydrogenase  38.78 
 
 
274 aa  145  1e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4283  shikimate 5-dehydrogenase  38.78 
 
 
274 aa  144  3e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4369  shikimate 5-dehydrogenase  38.78 
 
 
274 aa  144  3e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.969771  normal  0.143944 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  31.7 
 
 
280 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2599  shikimate 5-dehydrogenase  39.42 
 
 
265 aa  142  9.999999999999999e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000020342 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  38.04 
 
 
286 aa  142  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  39.45 
 
 
613 aa  142  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  40.08 
 
 
279 aa  141  3e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 
277 aa  141  3e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  34.06 
 
 
284 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1310  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.76 
 
 
274 aa  140  3.9999999999999997e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.428593  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  37.31 
 
 
286 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2889  shikimate 5-dehydrogenase  38.21 
 
 
276 aa  139  8.999999999999999e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0619869  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  34.34 
 
 
277 aa  139  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 
286 aa  138  2e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  30.15 
 
 
278 aa  138  2e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4475  shikimate 5-dehydrogenase  34.08 
 
 
270 aa  138  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.685728  normal  0.485924 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  31.87 
 
 
277 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  40.82 
 
 
271 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 
277 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  32.22 
 
 
277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 
277 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 
277 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  35.19 
 
 
280 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 
308 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3294  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.98 
 
 
272 aa  134  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  36.65 
 
 
295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
277 aa  134  5e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 
261 aa  133  5e-30  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  31.72 
 
 
277 aa  133  6.999999999999999e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  32.68 
 
 
273 aa  133  7.999999999999999e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  31.48 
 
 
277 aa  133  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  37.11 
 
 
286 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.06 
 
 
290 aa  130  5.0000000000000004e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3445  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.23 
 
 
271 aa  130  6e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.226729 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  45.06 
 
 
171 aa  129  9.000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  38.06 
 
 
270 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2418  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 
271 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  31.76 
 
 
269 aa  128  2.0000000000000002e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  35.06 
 
 
283 aa  128  3e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 
279 aa  128  3e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  27.94 
 
 
298 aa  127  5e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  29.04 
 
 
288 aa  126  6e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4140  shikimate 5-dehydrogenase  33.9 
 
 
272 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0682871  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46700  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  38.52 
 
 
271 aa  126  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  33.92 
 
 
295 aa  126  1e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  42.24 
 
 
171 aa  125  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4068  shikimate 5-dehydrogenase  33.9 
 
 
272 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4084  shikimate 5-dehydrogenase  33.9 
 
 
272 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3002  shikimate 5-dehydrogenase  32.23 
 
 
272 aa  125  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.293843  normal  0.794372 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4190  shikimate 5-dehydrogenase  33.9 
 
 
272 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.901815  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4248  shikimate 5-dehydrogenase  33.9 
 
 
272 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2685  shikimate 5-dehydrogenase, putative  36.52 
 
 
258 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 
315 aa  124  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  31.18 
 
 
271 aa  124  4e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 
284 aa  123  6e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  27.88 
 
 
284 aa  123  8e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  30.59 
 
 
268 aa  123  8e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  30.59 
 
 
268 aa  123  8e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7058  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.33 
 
 
272 aa  122  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.228193  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  30.31 
 
 
273 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0229  shikimate 5-dehydrogenase  30.61 
 
 
262 aa  122  1.9999999999999998e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 
296 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1839  3-dehydroquinate dehydratase, type I  35.47 
 
 
517 aa  122  1.9999999999999998e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0172427  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  30.48 
 
 
271 aa  120  3.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
290 aa  120  3.9999999999999996e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  27.05 
 
 
294 aa  120  4.9999999999999996e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  30.86 
 
 
271 aa  120  4.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3713  shikimate 5-dehydrogenase  34.45 
 
 
272 aa  120  6e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  31.06 
 
 
289 aa  120  7e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  37.21 
 
 
301 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39392  predicted protein  33.21 
 
 
526 aa  119  9e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.541352 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  36.67 
 
 
290 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2789  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.5 
 
 
271 aa  119  9.999999999999999e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.557365  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4817  shikimate 5-dehydrogenase  34.96 
 
 
273 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.130348  normal  0.928656 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 
293 aa  118  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  26.92 
 
 
283 aa  117  3e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  36.9 
 
 
290 aa  117  3e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1640  3-dehydroquinate dehydratase, type 1, putative/shikimate 5-dehydrogenase, putative  30.82 
 
 
493 aa  117  3.9999999999999997e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  28.62 
 
 
285 aa  117  3.9999999999999997e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3768  shikimate 5-dehydrogenase  34.29 
 
 
273 aa  117  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.101055  hitchhiker  0.00148895 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  35.41 
 
 
296 aa  117  6e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  36 
 
 
285 aa  117  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  31.87 
 
 
276 aa  117  6e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2135  shikimate 5-dehydrogenase  34.62 
 
 
273 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893646  hitchhiker  0.00000286625 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  34.59 
 
 
288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 
288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  49.32 
 
 
169 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1587  shikimate 5-dehydrogenase  31.33 
 
 
272 aa  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00243762  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  27.14 
 
 
300 aa  115  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1695  shikimate 5-dehydrogenase  31.33 
 
 
272 aa  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2099  shikimate 5-dehydrogenase  33.06 
 
 
273 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.329153  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>