More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Memar_0313 on replicon NC_009051
Organism: Methanoculleus marisnigri JR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009634  Mevan_0672  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  58.48 
 
 
611 aa  742    Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1204  DNA-directed RNA polymerase subunit B  52.81 
 
 
1124 aa  670    Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.074104  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1963  DNA-directed RNA polymerase subunit B  51.9 
 
 
1127 aa  645    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0313  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  100 
 
 
604 aa  1232    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0299  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  100 
 
 
604 aa  1232    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0106  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  61.59 
 
 
609 aa  773    Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.49863  normal  0.536815 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3693  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  67.72 
 
 
604 aa  878    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.256816 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0783  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  62.25 
 
 
608 aa  798    Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  56.19 
 
 
1201 aa  739    Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00610767  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1311  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  58.48 
 
 
611 aa  739    Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0051  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  81.73 
 
 
606 aa  1045    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0033  DNA-directed RNA polymerase subunit B  54.23 
 
 
1124 aa  674    Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000339757  normal  0.0488457 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2151  DNA-directed RNA polymerase subunit B  62.91 
 
 
609 aa  812    Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1178  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  66.72 
 
 
604 aa  846    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000367699  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0790  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  58.13 
 
 
611 aa  743    Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0607  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  58.15 
 
 
611 aa  735    Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1933  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  84.44 
 
 
604 aa  1058    Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2321  DNA-directed RNA polymerase subunit B  52.23 
 
 
1127 aa  655    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.388752  hitchhiker  0.000074653 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  51.66 
 
 
1127 aa  647    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0352  DNA-directed RNA polymerase subunit B  62.25 
 
 
609 aa  801    Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0028  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  66.39 
 
 
604 aa  861    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.274287  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0216  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  58.48 
 
 
611 aa  738    Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0703  DNA-directed RNA polymerase subunit B  51.49 
 
 
1127 aa  652    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.347908  decreased coverage  0.0027158 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2160  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  81.95 
 
 
604 aa  1043    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0554265  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0514  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  61.59 
 
 
608 aa  807    Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1162  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  75.39 
 
 
637 aa  998    Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.595392 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0449  DNA-directed RNA polymerase subunit B  50.74 
 
 
1131 aa  625  1e-178  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.00000490732  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0286  DNA-directed RNA polymerase subunit B  50.33 
 
 
1130 aa  627  1e-178  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0347  DNA-directed RNA polymerase subunit B  48.18 
 
 
1115 aa  616  1e-175  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_13673  predicted protein  42.74 
 
 
1174 aa  503  1e-141  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.320085  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34146  DNA-dependent RNA polymerase II  42.79 
 
 
1232 aa  505  1e-141  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.19062  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND03540  DNA-dependent RNA polymerase II RPB140, putative  41.93 
 
 
1193 aa  497  1e-139  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.85133  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09120  DNA-directed RNA polymerase Fragment (EC 2.7.7.6) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV95]  41.58 
 
 
1252 aa  483  1e-135  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.596222  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39835  predicted protein  41.36 
 
 
1146 aa  485  1e-135  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.695228  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_11441  predicted protein  41.04 
 
 
1212 aa  478  1e-133  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.41683  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00321  DNA-directed RNA polymerase III, beta subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G02460)  41.24 
 
 
1225 aa  466  9.999999999999999e-131  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0578929  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00420  DNA-directed RNA polymerase, putative  41.83 
 
 
1129 aa  468  9.999999999999999e-131  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87381  DNA-directed RNA polymerase III  42.43 
 
 
1155 aa  465  1e-129  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.200295  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_54289  predicted protein  40.51 
 
 
1211 aa  457  1e-127  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03933  DNA-directed RNA polymerase I subunit beta (Rpa2), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G08300)  39.57 
 
 
1231 aa  320  3e-86  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9235  predicted protein  34.21 
 
 
1147 aa  310  2.9999999999999997e-83  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF04080  DNA-directed RNA polymerase i polypeptide 2, putative  31.3 
 
 
1193 aa  308  3e-82  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0866247  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_77977  DNA-directed RNA polymerase I  37.17 
 
 
1167 aa  303  5.000000000000001e-81  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.481222 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119522  DNA-directed RNA polymerase I polypeptide 2  34.22 
 
 
1145 aa  283  9e-75  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.050944  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1825  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  30.44 
 
 
1202 aa  213  1e-53  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01090  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  30.14 
 
 
1090 aa  212  2e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000929297  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.35 
 
 
1246 aa  205  2e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2468  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.12 
 
 
1141 aa  204  3e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716537 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0708  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  34.45 
 
 
1203 aa  202  9.999999999999999e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1981  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.72 
 
 
1196 aa  202  9.999999999999999e-51  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1492  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.76 
 
 
1202 aa  202  1.9999999999999998e-50  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0216  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.48 
 
 
1183 aa  200  5e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.846031  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2719  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  33.33 
 
 
1176 aa  200  6e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2724  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  36.49 
 
 
1250 aa  200  7e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.280863  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1532  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  33.81 
 
 
1126 aa  199  9e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0804  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.41 
 
 
1228 aa  199  1.0000000000000001e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0442499  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1375  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit/140 kD subunit  36.06 
 
 
1197 aa  198  3e-49  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0284  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  28.47 
 
 
1212 aa  198  3e-49  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000140323 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  28.36 
 
 
1145 aa  197  4.0000000000000005e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000841151  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0859  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.6 
 
 
1238 aa  196  9e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.111826  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0481  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  27.93 
 
 
1152 aa  195  2e-48  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0186  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  33.33 
 
 
1174 aa  196  2e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.648806 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0278  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.99 
 
 
1227 aa  195  2e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00054451  hitchhiker  0.000191986 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0414  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  28.76 
 
 
1115 aa  195  3e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0178041  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2722  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.73 
 
 
1234 aa  194  4e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.304828  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2408  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.73 
 
 
1234 aa  194  4e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0154863  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0579  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.25 
 
 
1183 aa  194  5e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0565  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.25 
 
 
1183 aa  194  6e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0974  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  32.02 
 
 
1070 aa  193  6e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000799261  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0183  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.25 
 
 
1183 aa  193  7e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0702536  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0099  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.33 
 
 
1190 aa  193  9e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1598  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.23 
 
 
1245 aa  193  1e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0310456  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1958  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  36.16 
 
 
1173 aa  192  1e-47  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2341  DNA-directed RNA polymerase  30.16 
 
 
1107 aa  191  2e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.7 
 
 
1177 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.907147  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0098  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.7 
 
 
1177 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0096  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.7 
 
 
1177 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.33 
 
 
1185 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000686573  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5203  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.7 
 
 
1177 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000890566  unclonable  1.148e-23 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0123  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.7 
 
 
1177 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00273838  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0133  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.7 
 
 
1177 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000446144  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1265  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.99 
 
 
1229 aa  191  4e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.7 
 
 
1177 aa  191  4e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.7 
 
 
1177 aa  191  4e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2949  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  29.48 
 
 
1148 aa  190  5e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0097  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.84 
 
 
1177 aa  190  5e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0114  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.7 
 
 
1130 aa  191  5e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.65239e-57 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0160  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.65 
 
 
1191 aa  189  9e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0741  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.07 
 
 
1096 aa  187  4e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0636  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.54 
 
 
1152 aa  187  4e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0244  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.5 
 
 
1217 aa  187  5e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1845  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.96 
 
 
1193 aa  187  7e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2707  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.01 
 
 
1227 aa  186  8e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.608751  normal 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf212  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.99 
 
 
1197 aa  186  1.0000000000000001e-45  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2939  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.84 
 
 
1102 aa  184  3e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0391  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.59 
 
 
1155 aa  184  5.0000000000000004e-45  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18861  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.43 
 
 
1095 aa  184  5.0000000000000004e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.816976  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2162  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  34.27 
 
 
1141 aa  183  6e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.906254  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1016  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.43 
 
 
1095 aa  183  8.000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0988562  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1192  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  28.16 
 
 
1201 aa  183  9.000000000000001e-45  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>